Establishment and clinical application of a method for estimating pathogen transmission routes based on whole genome sequences and patient epidemiological information

基于全基因组序列和患者流行病学信息估算病原体传播途径方法的建立及临床应用

• 批准号: 21K17280
• 负责人: 藤倉 雄二
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: National Defense Medical College
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K17280/
• 关键词: 分子疫学解析; 全ゲノムシーケンス; 次世代シーケンサー; ベイズ推定; ベイズ理論; 分子疫学; アウトブレイク

2022年度は、院内感染の原因微生物としてアシネトバクターと新型コロナウイルスを対象に引き続き研究を進めた。2021年度にレビューしたアシネトバクターについては、論文化し査読ありの国際雑誌に受理され既に公開されている（Antimicrob Steward Healthc Epidemiol. 2022 Aug 8;2(1):e136）。この際に抽出した薬剤耐性アシネトバクターについては全ゲノム解析が終了し、さらに伝播経路予測図の作成をするために検体採取日や入院時期などの患者情報の収集を終了した。現状ではベイズ推定を用いた数理モデルを採り入れたプログラムパッケージ（BadTrIPとBEAST2）により検証を行う予定であるが、アウトブレイクに関連する疫学情報が処理可能な範囲を超えているため、予測図を作成するためのパラメーター設定に工夫が必要な状態である。本手法以外の方法も幅広く検証し、最適な手法を確立する必要がある。また、本研究の重点項目として設定した新型コロナウイルス感染症のクラスターについては、複数のクラスターについて検体を収集し陽性者からの聞き取りを行った。そのうち一部については解析を実施し、関連学会にて報告を行った（Polymorphism-aware phylogenetic modelとベイズ推定を用いた新型コロナウイルス感染伝播経路予測、第71回日本感染症学会東日本地方会学術集会・第69回日本化学療法学会東日本支部総会 合同学会、2022年10月）。クラスターを構成した陽性者から聞き取った内容から推定される感染経路を概ね支持するような予測図が作成できているが、今後、このモデルの頑健性を検証しつつ、さらに複数の事例を組み入れ、関連雑誌に投稿予定である。

2022 annual は, cause of nosocomial infection の microbial と し て ア シ ネ ト バ ク タ ー と new コ ロ ナ ウ イ ル ス を like に lead き seaborne 続 を き research into め た. 2021 annual に レ ビ ュ ー し た ア シ ネ ト バ ク タ ー に つ い て は, theory of culture し 読 あ り の international 雑 tzu に accept さ れ に public さ れ て い る (Antimicrob Steward Healthc Epidemiol. 2022 Aug 8, 2 (1) : e136). こ の interstate に spare し た 薬 tonic patience ア シ ネ ト バ ク タ ー に つ い て は full ゲ ノ ム parsing が し, the end of さ ら に 伝 sowing 図 経 road to test の made を す る た め に や 検 body take days hospitalized period な ど の patients intelligence の 収 set を end し た. Status quo で は ベ イ ズ presumption を with い た mathematical モ デ ル を mining り into れ た プ ロ グ ラ ム パ ッ ケ ー ジ (BadTrIP と BEAST2) に よ り 検 line card を う designated で あ る が, ア ウ ト ブ レ イ ク に masato even す る epidemiology intelligence が 処 principle may な van 囲 を super え て い る た め, be 図 を made す る た め の パ ラ メ ー タ ー set に effort Youdaoplaceholder0 necessary な state である. This technique, apart from the other several methods, is widely used to く検 prove <s:1>, and the most suitable な technique を establishes する necessity がある. ま た, this study の key projects と し て set し た new コ ロ ナ ウ イ ル ス adapting just-in-time inventory の ク ラ ス タ ー に つ い て は, plural の ク ラ ス タ ー に つ い て 検 body を 収 set し was か ら の smell き take り を line っ た. そ の う ち a に つ い て は parsing を be し, masato even learn に を line っ て report た (Polymorphism - aware phylogenetic modelとベ ズ ズ presumed を using a た た novel コロナウ ス ス ス to infect 伝 broadcasting route for pre-testing, 71st Academic meeting of the East Japan Branch of the Japanese Society of Infectious Diseases · 69th 総 reunion meeting of the east Japan Branch of the Japanese Society of Chemotherapy, October 2022. ク ラ ス タ ー を constitute し た positie か ら smell き take っ た content か ら presumption さ れ る infection を 経 road shall support ね す る よ う な be 図 が made で き て い る が, in the future, こ の モ デ ル の operations, sexual を 検 card し つ つ, さ ら に plural の examples み を group into れ, masato even 雑 に will contribute to the で あ る.

项目成果

Polymorphism-aware phylogenetic modelとベイズ推定を用いた新型コロナウイルス感染伝播経路予測

利用多态性感知系统发育模型和贝叶斯估计预测新型冠状病毒感染传播途径

• 发表时间: 2022
• 作者: 藤倉雄二;濱本隆明;大野智裕;野村祥加;芹沢悠介;加來浩器;川名明彦
• 通讯作者: 川名明彦