深層生成モデルを用いたグラフ自動補完アルゴリズムの開発
深層生成モデルを用いたグラフ自動補完アルゴリズムの開発
批准号:
21K17745
负责人:
胡 晟
金额:
$2.83万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份:
2021
资助国家:
日本
项目状态:
未结题
起止时间:
2021-04-01 至 2025-03-31
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英文摘要
本研究の目的であるGraph Neural Networkに基づく生成モデルを用いた自動補完アルゴリズムの開発について,3つのサブテーマのうち「①ユーザの編集を感知できるグラフ自動補完と補完結果のランキング」と「③システムとしての実装及び評価」を中心に取り組んだ.「①ユーザの編集を感知できるグラフ自動補完と補完結果のランキング」については,研究背景の調査及び創薬における分子特性最適化問題の分析に取り組んだ.分子特性最適化問題は,薬剤の効果を最大化するための非凸最適化問題であり,薬剤の特性に関するデータを収集して,最適な薬剤を設計するために使うことがわかった.その知見を踏まえ,GNN (Graph Neural Network)とMCTS (Monte Carlo Tree Search)を組み合わせたアイデアにより,分子生成においてユーザの意図をリアルタイムで反映できる手法を提案した.さらにユーザの編集操作を『add, adopt, erase, replace』で構成されたシーケンスと定義し,ユーザの嗜好をMCTSに反映する方法を提案した.ユーザの好みを知るために,操作から嗜好を把握するために,テキスト検索の分野で用いられているtext query reformulationの考え方に触発され,graph query reformulation操作でMCTSの挙動を左右するheuristic関数を提案した.「③システムとしての実装及び評価」については,ウェブ開発フレームワークFlaskを利用しRestfulなウェブアプリケーションを開発し,北海道大学学内のネットワークで公開し,実証実験を行った.
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深層生成モデルを用いた編集を意識した分子グラフ補完
使用深度生成模型进行编辑感知的分子图补全
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[胡晟, 瀧川一学, 肖川]
通讯作者:
肖川
Edit-aware generative molecular graph autocompletion for scaffold input
用于脚手架输入的编辑感知生成分子图自动完成
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
The AAAI'22 Workshop on Deep Learning on Graphs: Methods and Applications (DLG-AAAI'22)
影响因子:
--
作者:
[Hu S, Takigawa I, Xiao C]
通讯作者:
Xiao C
創薬のための分子グラフ推薦システム
用于药物发现的分子图推荐系统
DOI:
--
发表时间:
2023
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Sheng Hu, Ichigaku Takigawa, Chuan Xiao]
通讯作者:
Chuan Xiao
User-Interactive Molecular Graph Suggestion for Drug Discovery
用于药物发现的用户交互式分子图建议
DOI:
--
发表时间:
2022
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Sheng Hu, Ichigaku Takigawa, Chuan Xiao]
通讯作者:
Chuan Xiao
Sheng Hu homepage
胡胜主页
DOI:
--
发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
海外基金