权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

大規模な解析による深海性環形動物の生息水深と遺伝的多様性の関連の解明

通过大规模分析阐明深海环节动物栖息地深度与遗传多样性之间的关系

基本信息

批准号：
22K15174
负责人：
小林元樹
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Ishinomaki Senshu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15174/
关键词：
深海遺伝的多様性水深 DNAバーコーディング環形動物

项目摘要

海洋、とくに深海において、種の分布水深の範囲はどのようであるか、種内の遺伝的多様性が水深方向にどのように分布しているか、といった課題に取り組む多様性研究は遅れているのが現状である。本研究では、次世代シーケンサーを用いて深海性環形動物について網羅的にミトコンドリアDNAの遺伝子配列を標本と紐付けて決定し、種の分布水深の範囲および水深方向に関する種内の遺伝的多様性の分布を解明するとともに、塩基配列をデータベースに登録しDNAバーコーディングに資する情報を蓄積することを目指す。研究1年目である2022年度は、潮間帯から簡単に得られるサンプルを活用し、次世代シーケンサーを用いて安価かつ簡便に特定の複数遺伝子領域の塩基配列を取得する手法を検討した。一部の種については、次世代シーケンサーを用いてミトコンドリアDNAの全長配列を決定し、公開データベースの登録配列と合わせて、新規のプライマーを作成する際の参照配列とした。今回検討した手法により、環形動物のみならず他の海産底生無脊椎動物も含む110個体について、ミトコンドリア遺伝子と核遺伝子の6領域2700塩基対程の塩基配列を取得した。また、深海性環形動物1科について重点的に遺伝子解析を行い、水深方向の水深分布を検討した。当該の科の複数種についてトランスクリプトーム解析を行い、得られた塩基配列の解析を進めている。なお、ミトコンドリアDNA全長配列の解析結果について、1編の論文として発表した。

Ocean, deep sea, species distribution, diversity of species, diversity of species. This study aims to determine the diversity of intraspecific DNA sequences in the distribution of species at water depths and in the direction of water depths, and to provide information on the accumulation of DNA sequences in deep-sea ring fauna. In the first year of the study, the method of obtaining the basic arrangement of specific multiple transmission sub-fields was discussed in the year of 2022. For this purpose, we will determine the full-length configuration of the next-generation Cisco server's core core DNA, make public the registration configuration and integration of data events, and make reference configurations for new regulations. In this paper, we have studied the methods of ring animals and other marine invertebrates, including 110 individuals, 6 domains of 2700 basic pairs of nuclear genes, and obtained the basic sequence. 1 family of deep-sea ring animals, the analysis of key elements, the direction of water depth and the distribution of water depth are discussed. When a plurality of species of the subject are analyzed, the analysis of the base arrangement is performed. The analysis results of DNA full-length alignment are presented in this paper.