The Elucidation of Driver-oncogene Independent Oncogenic Genome Aberrations Induced by Interstitial Pneumonia
间质性肺炎引起的驱动癌基因独立致癌基因组畸变的阐明
基本信息
- 批准号:22K16166
- 负责人:
- 金额:$ 3万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2025-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本研究は、間質性肺炎合併肺癌(UIP_LADC)に高頻度に認めるゲノム異常の同定と、腫瘍促進的な微小環境の本態の解明を目指したものである。先行研究から得られた知見であるNKX2-1含む肺サーファクタント関連遺伝子群の発現量低下を及ぼす遺伝子異常を全ゲノム解析により染色体構造異常(SV)のレベルも含めて解析を目指している。当院の臨床手術検体症例を2例WGSに追加解析を行い、共同研究者が有するデータと統合を行っているところである。また、WGSによって得られる解析のメリットとして、1)点変異のみならず、挿入欠失を含むSVの検出が可能になること、2)エクソン領域以外における高頻度ゲノム異常の検出、が可能になることである。しかし、特に1)については、解析ソフトウェアによるばらつきが存在するため、いくつかのソフトウェアの比較を行い、本研究で用いる解析ソフトウェアの決定と検出基準等の設定のための予備的検討も行った。他研究で解析したWGSをコントロールとして検討したところSVの検出方法としては、Manta(Bioinformatics. 2016 Apr 15;32(8):1220-2)とGridds(Genome Res. 2017 Dec; 27(12): 2050–2060)を用いることにした。UIP_LADCの点変異情報から変異プロセスを推定するMutational Signature解析からは、喫煙者と同じ変異プロセスが示唆されたが、全変異数は重喫煙者と比較して少なく、別な発がん経路の存在が示唆された。
This study identified the high frequency of interstitial pneumonia associated with lung cancer (UIP_LADC), and the role of tumor promoter in the microenvironment. NKX2 -1 contains low levels of chromosomal abnormalities and chromosomal abnormalities. The analysis of chromosomal structural abnormalities (SV) and chromosomal abnormalities (SV) indicates that NKX2 - 1 has been identified. There were 2 additional cases of WGS in the clinical operation of the hospital, and the co-investigators had no information about the integration of the two cases. 1) Point variation, input failure, including SV detection, is possible; 2) High frequency, abnormal detection, is possible; 3) High frequency, abnormal detection, is possible; and 4) High frequency, abnormal detection, is possible. In this study, we will use the analysis of the determination of the software and the preparation of the setting of benchmarks to analyze the existence of the software and compare it with the software. He studied the analysis of WGS and its detection methods, Manta(Bioinformatics). 2016 Apr 15;32(8):1220-2) Gridds(Genome Res. 2017 Dec; 27(12): 2050 2060) UIP_LADC's point difference information changes from different to different, and it is estimated that Mutational Signature analysis changes from smoke eaters to different to different, and all differences change from heavy smoke eaters to different, and it is estimated that Mutational Signature analysis changes from different to different.
项目成果
期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
肺発生系表上の転写因子TTF-1/NKX2-1の変異と間質性肺炎合併肺腺がんの関連性肺発生系表上の転写因子TTF-1/NKX2-1の変異と間質性肺炎合併肺腺がんの関連性.
肺发育系统表转录因子TTF-1/NKX2-1突变与肺腺癌合并间质性肺炎的关联 肺发育系统表转录因子TTF-1/NKX2-1突变与间质性肺腺癌的关联患有性肺炎。
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:望月晶史;本多隆行;宮崎泰成
- 通讯作者:宮崎泰成
Whole genome sequencing of lung adenocarcinomas associated with usual interstitial pneumonia.
与普通间质性肺炎相关的肺腺癌的全基因组测序。
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Mochizuki A;Akifumi Mochizuki;Kouya Shiraishi;Takayuki Honda;Yukihiro Yoshida;Yasushi Yatabe;Syuzo Kaneko;Ryuji Hamamoto;Takashi Kohno
- 通讯作者:Takashi Kohno
Mutations of RAS Signaling Genes and TP53 in Combination Have a Negative Prognostic Impact on Pathological Stage Ⅰ Non-small Cell Lung Cancer
RAS信号基因和TP53联合突变对病理Ⅰ期非小细胞肺癌具有负面预后影响
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Takayuki Honda;Katsutoshi Seto;Satoshi Endo;Akira Takemoto;Kousuke Tanimoto;Rie Sakakibara;Takahiro Mitsumura; Masashi Kobayashi;Hironori Ishibashi;Johji Inazawa;Toshihiro Takana;Yasunari Miyazaki;Kenichi Okubo
- 通讯作者:Kenichi Okubo
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