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都市構造の変化が結核罹患構造へおよぼす影響に関する研究

城市结构变化对结核病发病结构的影响研究

基本信息

批准号：
22K17318
负责人：
山本香織
金额：
$ 3万
依托单位：
Osaka Institute of Public Health
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17318/
关键词：
結核感染伝播遺伝子型別クラスター地区類型都市部地域差

项目摘要

地域内の感染伝播を検証するためのゲノム解析対象サンプルセットを抽出する方法として、遺伝子型別によるスクリーニングを行うが、その際のクラスター定義を検討するために以下の分析を行った。結核分子疫学調査における遺伝子型別法はJATA12領域のVNTR型別が主流である。一方、サーベイランス調査ではJATA12領域に追加領域を加え、菌株識別能を高める必要がある。現状では菌株間のVNTR型の1領域違いを遺伝子型一致とするか、明確な判定基準は無い。2012-20年の大阪市新登録結核患者由来の結核菌505株について24領域のVNTR型別を行い、23領域が一致した菌株群（23領域クラスター）内で、不一致となった領域の分布を検討した。結果、199株が70パターンの23領域クラスターを形成した。23領域クラスター内で不一致であった領域は、多様度が高いとされているVNTR3820(14.3%)、QUB-3232(10.0%)、VNTR4120(8.6%)、QUB-26(8.6%)の順に多く、多様度が低いとされているMIRU40(7.1％)が続いた。23領域クラスターにおける、不一致領域の違いが菌株の異同判定の参考情報となり得るか、ゲノム解析での検証が必要であることを確認した。本研究では対象とする菌株が多く、ゲノム解析対象株のサンプルセットを選出するための検討を引き続き行う。また、本研究対象となる2017年から2021年までに大阪市の新登録結核患者から分離された結核菌2,316株について、遺伝子型別(VNTR法）を進めた。

The following analysis was conducted for the detection of infection in a geographical area and for the extraction of sub-types. In tuberculosis molecular epidemiological investigation, VNTR typing in JATA12 domain is the main method. On the one hand, it is necessary to add additional areas to the JATA12 field for investigation and to increase the ability to identify strains. The status quo is that the VNTR type among strains is consistent with the sub-type in the first domain, and the criteria for determination are clear. 2012-20 505 strains of tuberculosis from newly registered tuberculosis patients in Osaka City in 2008 were investigated for distribution in 24 areas and 23 areas with consistent VNTR types (23 areas). As a result, 199 strains were formed in 23 fields. VNTR3820(14.3%), QUB-3232(10.0%), VNTR4120(8.6%), QUB-26(8.6%), and MIRU40(7.1%) are among the highest and lowest in the field. 23. Reference information for identification of differences and similarities between strains in inconsistent fields In this study, we analyzed the diversity of the target strains and selected the target strains. This study focused on 2,316 strains of tuberculosis isolated from newly registered tuberculosis patients in Osaka City from 2017 to 2021, and further developed the VNTR method.