都市構造の変化が結核罹患構造へおよぼす影響に関する研究

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地域内の感染伝播を検証するためのゲノム解析対象サンプルセットを抽出する方法として、遺伝子型別によるスクリーニングを行うが、その際のクラスター定義を検討するために以下の分析を行った。結核分子疫学調査における遺伝子型別法はJATA12領域のVNTR型別が主流である。一方、サーベイランス調査ではJATA12領域に追加領域を加え、菌株識別能を高める必要がある。現状では菌株間のVNTR型の1領域違いを遺伝子型一致とするか、明確な判定基準は無い。2012-20年の大阪市新登録結核患者由来の結核菌505株について24領域のVNTR型別を行い、23領域が一致した菌株群（23領域クラスター）内で、不一致となった領域の分布を検討した。結果、199株が70パターンの23領域クラスターを形成した。23領域クラスター内で不一致であった領域は、多様度が高いとされているVNTR3820(14.3%)、QUB-3232(10.0%)、VNTR4120(8.6%)、QUB-26(8.6%)の順に多く、多様度が低いとされているMIRU40(7.1％)が続いた。23領域クラスターにおける、不一致領域の違いが菌株の異同判定の参考情報となり得るか、ゲノム解析での検証が必要であることを確認した。本研究では対象とする菌株が多く、ゲノム解析対象株のサンプルセットを選出するための検討を引き続き行う。また、本研究対象となる2017年から2021年までに大阪市の新登録結核患者から分離された結核菌2,316株について、遺伝子型別(VNTR法）を進めた。