Factors affecting X-chromosome microhaplotype typing: investigation and countermeasures

影响X染色体微单倍型分型的因素：调查与对策

基本信息

批准号：
22K17416
负责人：
福田真未子
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K17416/
关键词：
DNA多型個人識別血縁鑑定マイクロハプロタイプ X染色体

项目摘要

個人識別等に用いられる新たな遺伝マーカーにおいて，既存のSTRによる方法の欠点を補うものとしてマイクロハプロタイプが注目されている。これまで報告の少ないX染色体に着目し，新規マイクロハプロタイプ10座位について日本人739人のポピュレーションデータを収集・解析し，その有用性を見出した。一方，解析経過において座位によっては「顕著なアリルインバランス」ないし「男性ヘミ接合体における複数アリル」を認める試料が存在した。これらは法医学において混合試料解析の基礎となるものであり，原因の究明はマイクロハプロタイプのマーカーとして安定的な利用に必須である。そこで本研究ではその原因についてDNA試料・実験系・解析系の3つの観点から検討を行い，どのような要素が影響しているのかを検討する。DNA試料を原因とするものとして，一部の試料ではコピーナンバーバリアントにより男性試料でも複数の型が検出されていることがわかった。一方，実験系に原因を見出す観点からアリルインバランスを認めた試料の一部につき再実験したところ，再現性が得られなかった。したがって実験過程において何らかのアリルインバランスを生じる要因があったものと考えられた。また，異なるポリメラーゼを利用した解析でもアリルインバランスは認められなかった。解析プログラムによる違いは，臨床向けのプログラムを使用した場合には，法医学的な多型性の高い箇所に適用する際にはパラメータを変更しなければ，型判定に偏りが生じうることがわかった。

微塑料吸引了人们的注意，以弥补用于个人识别的新遗传标记中现有STR方法的缺点。专注于X染色体，到目前为止尚未报道，我们收集并分析了来自739个日本日本人的人口数据，用于新的Microhaplotype 10 Locus，并发现了其有用性。另一方面，一些样品根据轨迹显示了雄性半合子中的“明显的烯丙基失衡”或“多个等位基因”。这些是法医医学中混合样品分析的基础，对原因的研究对于稳定用作微糖型标记至关重要。因此，在这项研究中，我们将从三个角度研究这些因素的原因：DNA样本，实验系统和分析系统，并检查哪些因素影响它们。发现由于拷贝数变异，在某些样品中在男性样品中检测到了多种类型，这是DNA样品的原因。另一方面，为了在实验系统中找到原因，我们重新体验了观察到的一些烯丙基失衡的样本，并且没有获得可重复性。因此，人们认为存在一个因素在实验过程中引起某些Allyl失衡的因素。此外，即使在使用不同的聚合酶进行分析中，也没有观察到Allyl失衡。发现分析程序之间的差异在使用临床程序时可能会导致键入，而在不改变参数的情况下将程序应用于具有较高法证的多态性的领域。