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藻類の低温環境適応におけるmRNAの構造転移を誘導する蛋白質の構造機能相関の解析

藻类适应低温环境过程中诱导mRNA结构转变的蛋白质结构与功能关系分析

基本信息

批准号：
12780498
负责人：
森田勇人
金额：
$ 1.54万
依托单位：
Ehime University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至 2001
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、ラン藻Anabaena variabilis M3株のRNA結合蛋白質RbpAlがRNA分子上に存在する局所的な相補領域間で二次構造を形成するのを防ぐ分子機構を構造科学的に解明することを目的とした。RbpAlは2つの機能単位RRMとグリシンリッチドメインから構成され、安定同位体標識法を併用した多次元NMR分光法によるこれまでの研究結果から、RRMは1枚のベータシートと2本のαヘリックス構造から構成されるのに対し、グリシンリッチドメインは溶液中では明確な二次構造をとらないことを明らかにした。そこで、グリシンリッチをほとんど欠損したRbpAlや部位特異的変異を導入したRbpA1を作製し、そのRNA結合活性と立体構造の相関について、円偏光二色性(CD)スペクトルを測定することで解析した。その結果、グリシンリッチドメインを完全に欠損したRbpAlはRNA結合活性を失うが2アミノ酸残基余分に残したRbpAlでは活性が保持されていた。一方、これらのCDスペクトルにはほとんど差が無かったことから、グリシンリッチドメインのアミノ末端側の領域は、RRMの全体構造の安定化ではなく、RNA分子と直接相互作用する部位の安定化に重要であることが解った。また、ベータシート構造のアミノ末端側のタイロシンやその側鎖の向きを決定していると考えられる46番目のフェニルアラニンに変異を導入しても、RNAの結合活性が大幅に低下したが、必ずしもRRMの二次構造が大きく変化するとは限らなかった。以上の結果から、RRMの二次構造を維持するのに重要なアミノ酸ならびにRRMがRNA分予を認識するのに重要なアミノ酸残基を同定し、RNA分子と相互作用するRRMの部位を推定した。

The purpose of this study is to clarify the existence of RNA-binding protein RbpAl on RNA molecules and the formation of complementary domains between RNA molecules and molecular mechanisms. RbpAl has two functional units, RRM and stable isotope identification, and multiple element NMR spectroscopy. The results show that RRM has two functional units, RRM and stable isotope identification. RbpAl site-specific variation is introduced into the system, RNA binding activity and stereostructural correlation are determined, and polarization dichroism (CD) is determined. As a result, the RNA binding activity of RbpAl was completely lost, but the activity of RbpAl was maintained. On the one hand, the stability of the whole structure of RRM is important for the stability of the part where RNA molecules interact directly. The binding activity of RNA was greatly reduced due to the introduction of different RNA binding activities into the terminal side of the RRM structure, which was determined by the orientation of the side locks of the RRM structure. These results indicate that the secondary structure of RRM is important for the identification of acid residues and RNA molecules, and the location of RRM interactions is estimated.