16SrRNA解析を用いた検体からの細菌同定

使用 16S rRNA 分析对样本进行细菌鉴定

• 批准号: 16H00641
• 负责人: 坂井 優喜子
• 金额: $ 0.36万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
• 财政年份: 2016
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2016 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16H00641/
• 关键词: 感染症; 細菌同定; 16SrRNA解析

1. 研究目的細菌培養検査では感染症が強く疑われるにも関わらず培養陰性となることがある。この理由として、抗菌薬の影響、検体の輸送や保存中の菌の死滅、培養に特殊な条件を要する(ガス濃度、温度、時間、培地)、人工培地での発育が困難など考えられる。そこで本研究では、感染症を強く疑うが培養陰性であった検体から、細菌の検出と同定を行うことを目的とした。2. 研究方法感染症を疑うが細菌培養陰性であった検体24件を対象とした。検体の内訳は膿瘍5件、腹水5件、関節液4件、胸水4件、リコール2件、骨髄腔、骨、腎のう胞内容物、リンパ各1件であった。検体からDNAを抽出後(MORA-EXTRACT、極東)、16S rRNA領域をPCRにて増幅し、1%アガロースゲル電気泳動にて増幅産物(1.5kbp)の有無を確認した。1.5kbpのバンドを認めない場合はここまでとし、認めた場合は増幅産物の精製(Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System、プロメガ)、シーケンス、相同性検索(BLAST、BIBI、Ex Taxon)を行い微生物の同定を行った。3. 主な研究成果24件中9検体で微生物が同定された。検体の内訳は、膿瘍、腹水が各2件、胸水、関節液、骨髄腔、リコール、腎のう胞内容液が各1件であった。検出菌は、膿瘍からStaphylococcus sp. 、Streptococcus sp. 、腹水からParvimonas micra、Streptococcus sp. 、胸水からProteus sp. 、関節液からStaphylococcus sp. 、骨髄腔からActinomyces sp. 、腎のう胞内溶液からPropionibacterium acnes、リコールから腸内細菌が同定された。培養陰性要因として、検体採取前の抗菌薬投与が5件、55.6%を占めた。培養条件不適例や人工培地での発育困難例は認めず、他4件は培養陰性となった要因が不明であった。

1. Objective: To investigate bacterial culture and infection. The reasons for this are: influence of antibacterial agents, transportation of samples, death of bacteria during preservation, special conditions for culture (concentration, temperature, time, culture), difficulties in artificial culture, etc. This study was conducted in the presence of infectious agents. 2. Methods: 24 samples were collected from infected bacteria culture. There were 5 pustules, 5 ascites, 4 synovial fluid, 4 pleural effusion, 2 cysts, 1 bone cavity, 1 bone, 1 kidney cell content and 1 cyst. After DNA extraction (MORA-EXTRACT, extreme east), PCR amplification in 16S rRNA domain was confirmed, and the presence or absence of amplification product (1.5kbp) in 16S rRNA domain was confirmed. 1.5kbp DNA sequence identification, purification of amplification products (Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System, Primer), identification, identity search (BLAST, BIBI, Ex Taxon). 3. The main research results were 9 out of 24 samples. There were 2 cases each of abdominal cavity, pustules and ascites, 1 case each of pleural effusion, synovial fluid, bone cavity and renal cell fluid. Bacteria, pustules Staphylococcus sp., Streptococcus sp., ascites Parvimonas micra, Streptococcus sp., pleural effusion Proteus sp., synovial fluid Staphylococcus sp., bone cavity Actinomyces sp., intracellular solution of kidney Propionibacterium acnes, intestinal bacteria The number of antibacterial agents used before culture was 5, accounting for 55.6%. Culture conditions are not suitable for artificial culture, and the reasons for their development are unknown.