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次世代シーケンサを活用した微生物検査室の分子疫学ネットワーク構築による耐性菌制御

使用下一代测序仪在微生物实验室中建立分子流行病学网络来控制耐药细菌

基本信息

批准号：
18H00486
负责人：
髙橋智映
金额：
$ 0.34万
依托单位：
Akita University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18H00486/
关键词：
耐性菌 ESBL産生大腸菌地域微生物検査室ネットワーク

项目摘要

○研究目的 : 臨床上問題となる耐性菌の中には、世界規模での伝播が示唆されている世界流行系統の存在が明らかにされつつある。耐性大腸菌においてはST(sequence type)131-fimH30が注目されている。耐性菌の地域内伝播の制御には微生物検査室ネットワークが重要な役割を果たす可能性があるが、耐性菌の地域内伝播の実態は十分解明されていない。本研究では、秋田県の地域微生物検査室ネットワークAkita-ReNICSを活用し、ネットワーク内の二施設間の菌株を分子疫学的手法で比較することで、耐性菌の地域内伝播の実態を明らかにすることを目的として実施された。○研究方法 : (A)秋田大学医学部附属病院(秋田県秋田市)と(B)由利組合総合病院(秋田県由利本荘市)で臨床分離されたESBL(基質特異性拡張型βラクタマーゼ)産生大腸菌を対象として、fumC、fimHの両遺伝子の塩基配列解析による型決定およびESBL遺伝子の同定を行った。(A)は2017年4月から9月に分離された22菌株、(B)は2017年1月から2018年5月に分離された70菌株を対象とした。○研究成果 : fumC40(ST131と推定される型)-fimH30系統は(A)で12菌株(55%)、(B)で38菌株(54%)とほぼ同程度存在した。一方、この系統が保有するESBL遺伝子は、CTX-M-9群が(A)で10菌株(83%)、(B)で22菌株(58%)、CTX-M-1群が(A)で1菌株(8%)、(B)では13菌株(34%)と、傾向の相違がみられた。現在、両施設の菌株同士のドラフト全ゲノム解析の準備を進めており、ゲノムデータベース上の菌株情報との比較も含めた、解像度の高い系統解析による地域内の伝播経路の推定を計画している。

Objective: to demonstrate that there is a problem in the world epidemic system that there is a problem in the world epidemic system. ST (sequence type) 131-fimH30 pays attention to the presence of tolerant bacteria. The control of tolerant bacteria in the area, the room of microorganisms, the importance of service, the possibility of cutting, and the state of planting in the area of tolerant bacteria is very clear. In this study, the methods of molecular epidemiology of strains in the microbiological laboratory, the microbiological laboratory, the Akita-ReNICS laboratory, the microbiological laboratory, the microbe room, the microbe 0 Research methods: (a) the affiliated Hospital of Akita University Medical Department (Akita Akita City) (B) was separated from the bed of Akita University Medical affiliated Hospital (Akita Hiroshima City). The beds of Akita University Medical College (Hiroyuki Hiroyuki City) were separated from the beds of Akida University Medical affiliated Hospital (Akita Hiroku City). ESBL (β-phenotype β-phenotype) were separated from each other. (a) the genetic alignment of Akida University Medical College affiliated Hospital (Akita Akita City) (Akita Akita City) (Akita University Medical College) (Akita Akita City) (Akita University Medical College) (Akita Akita City) (Akita University Medical College affiliated Hospital (Akita Akita City) (Akita Akita City) (Akita University Medical College Akita City) (Akita Akita (a) April 2017, September 2017, isolation of strains 22, (B) January 2017, May 2018, isolation of strains 70, isolates, isolates, isolates, 0 research results: fumC40 (ST131 presumptive typhoid type)-fimH30 system (A) 12 strains (55%), (B) 38 strains (54%). On the one hand, the parent system retains ESBL spores, CTX-M-9 group (A) strain 10 (83%), (B) strain 22 (58%), CTX-M-1 group (A) strain 1 (8%), (B) strain 13 (34%). At present, the same strain of the system is ready to be tested, and the conditions of the strains in the system are more accurate than those in the system with high resolution.