ダウン症によるマイクロサテライトリピートによる21番染色体の由来検討

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ダウン症児とその両親100組300のDNAを抽出し、PCRを用いて多型を検索した。tetra-nucleotide repeatをはさむprimerを設計し、GeneAmp PCR Systen Model 9600によって増幅した。温度設定、増幅回数を決定し、安定したバンドが描出できるようになった。4%のAgarose-gelで電気泳動しポラロイド写真をスキャナーで取り込みNIH image softで半定量する事を試みた。tetra-nucleotide repeatではバンドが明瞭であり、多型の検出には効果的であった。しかし、repeat数が1〜5回と少なく、4baseの差は4%のAgasrose-gelでの分離ではポラロイド写真をスキャナーで取り込んだ際に2本のバンドと判別できず、半定量に関しても問題があり、Heterozygosityが低いため十分な情報が得られなかった。現在、多数のprimerが設定されているCA repeatで今回の方法を検討してみた。なるべくsize rangeの大きいものでPCRの条件を設定したがtetra-nucleotide repeatと比較して明瞭なバンドが得られにくくバンドがはしご状となり、コンピュータでのバンドの判別は難しかった。また、分離を明瞭にしようとgel濃度を上げるとhetero duplexを形成する。このバンドを明瞭にするためRIを用いたsecond PCRを行いdenature gelに泳動したところ比較的明瞭なバンドが得られた。そこでdenature gelを用いる事にした。RIを使用せずに、21番トリソミ-の3本のバンドの分離によっては1:2の分離を判別する半定量が行えるように蛍光primerを用いてオートシークエンサーを利用する方法を検討中である。現在、市販のPanelを用いて検討しているが、良好な結果が得られたら手持ちのprimerを蛍光標識して多型を検討していく。