高分解能NMRによるHIV-2のヌクレオキャプシドタンパク質の構造活性相関の解明

通过高分辨率 NMR 阐明 HIV-2 核衣壳蛋白的构效关系

• 批准号: 08780633
• 负责人: 小寺 義男
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: Kitasato University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08780633/
• 关键词: HIV-2; nucleocapsid protein; NMR; zinc finger motif; structure

当研究は,HIV-2のヌクレオキャプシドタンパク質(NCp8:zinc finger motifを2つ含む49アミノ酸残基のぺプチド)を対象とし,その構造とウイルスRNA認識機構の関係を解明することを最終的な目的としている。本年度は,その初年度として1つのzinc finger motif(AFMと略称)を含むN端側の29残基(NCp8-f1)の立体構造を決定し,活性に重要な部分の構造がHIV-1の対応する部分の構造と相違することを得た.詳細を如何に記す.1.Zn^<2+>配位の確認およびNCp8-f1の水溶液中での構造決定(1)NCp8-f1へのZn^<2+>の配位をCDおよび1次元NMRで確認した.(2)2次元NMR(COSY,TOCSY,NOESY)の測定より,分子内の全ての水素核のスペクトルの帰属を行った.(3)2次元NMR(NOESY)から得られる距離制限情報を用いて,simulated annealing法によりZn^<2+>配位下での立体構造を決定した.その結果,14残基からなるZFMに関してはNIV-1の同領域と非常に近い構造を示した.しかし,C端側の7残基(basic region)に関してはHIV-1にはないループ様の構造をもっていることがわかった.この部分は活性研究からもHIV-2特有の働きがあることが報告されており,今回の結果はRNA認識が立体構造と大きな相関があることを裏付けている.2.C端側のZFMを含む27アミノ酸残基のペプチド(NCp8-f2:上記のbasic regionをN端側に持つ)を合成した.これに関しても2次元NMR測定結果を解析し,既に主鎖の水素核の帰属を完了した.また,今後RNAとの結合時の構造を求めるために窒素核を安定同位体標識したNCp8を大量調製することが必要である.本年度はNCp8をコードするDNAを大腸菌の発現ベクターに組み込むことを終了した.

When you study the HIV-2, you need to know that the NCp8:zinc finger motif 2 contains 49 acid residues and acid residues. This is the most important reason for the understanding of the most important purpose of the RNA system. At the beginning of this year, the zinc finger motif (AFM) contains N-terminal residues 29 (NCp8-f1), and the activity of the important part is HIV-1. How to remember. 1. Zn ^ & lt;2+> Coordination confirm the formation of zinc in NCp8-f1 aqueous solution (1) NCp8-f1 zinc ^ & lt;2+&gt (2) two-dimensional NMR (COSY,TOCSY,NOESY) determination, intramolecular full-dimensional NMR (NOESY) determination, (3) two-dimensional NMR (NOESY) determination, simulated annealing method for Zn ^ & lt;2+> coordination. The results show that 14 residues are highly sensitive to ZFM and NIV-1 in the same field. The C-terminal has 7 residues (basic region), which is called basic region, HIV-1, HIV-1, and so on. Part of the activity study is based on the specific characteristics of HIV-2. This time, the results show that RNA is responsible for the synthesis of acid residues (NCp8-f2: n-terminal acid residues). This time, the results show that the results show that there is no significant difference between the two groups. C-terminal ZFM contains 27-amino acid residues. In this paper, the results of the two-dimensional NMR test are analyzed, and the results show that the water radionuclide is finished. In the future, when the RNA system is combined, it is necessary to determine whether the asphyxiant, nuclear and diazepam isotope tag is necessary for NCp8. This year, NCp8 has reported a major increase in the number of DNA bacteria.