糖蛋白質ヒトαガラクトシダーゼのX線結晶構造解析

糖蛋白人α-半乳糖苷酶的X射线晶体结构分析

• 批准号: 10771268
• 负责人: 野口 修二
• 金额: $ 1.02万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 1999
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-10771268/
• 关键词: αガラクトシダーゼ; X線結晶構造解析; 糖蛋白質; 蛋白質X線結晶構造解析

ヒトαガラクトシダーゼを発現する酒精酵母をファメンターで培養してヒトαガラクトシダーゼを大量に発現させ、ブルーカラムとConAカラムを用いて粗精製試料を得た。ヒトαガラクトシダーゼのアスパラギン結含型糖鎖をエンドグリコシダーゼHfにより短鎖化し、HPLCによる精製を進めて結晶化用試料を得た。ポリエチレングリコールを結晶化の沈殿剤として用いたところ、ヒトαガラクトシダーゼの斜方晶系結晶が析出した。斜方晶系結晶を種々の重原子試薬溶液に浸潤して重原子誘導体結晶の作成条件を検索し、白金または水銀が結合した良好な重原子誘導体結晶を得た。斜方晶系結晶と白金及び水銀誘導体結晶のX線回折強度データから重原子同型置換法により位相を決定し、分解能3.0Åの斜方晶系結晶の電子密度を計算した。得られた電子密度を基にして分子モデルを構築し、結晶学的構造精密化を進めたところ分解能2.5ÅでR因子は0.22に収束した。ヒトαガラクトシダーセのモノマーは約300アミノ酸残基からなるα/βバレル構造からなるドメインと約100アミノ酸残基からなる小さなドメインの二つからなる構造を形成しており、非対称単位にはモノマーが二個含まれている。二つのモノマー構造には分子表面を除いて大きな偏差は見られない。浸潤法により結晶内のヒトαガラクトシダーゼに結合させた基質類以阻害剤はα/βバレル構造のC末端側に存在する分子表面の窪みに結合した。したがって、ヒトαガラクドシダーゼの活性部位は他のα/βバレル構造を持つ酵素と同様にβバレル構造のC末端側に存在すると考えられる。

In the presence of alcohol yeast, it was found that a large number of raw materials were obtained by using coarse and fine materials, such as alcohol yeast, yeast In other words, you need to know more about the content of sugar. You need to know that the Hf is short, and the HPLC is refined. The results show that the results have been improved. The crystal structure of the rhombohedral system is characterized by the crystallization of the rhombohedral crystal system. Rhombohedral solution immersed in rhombohedral heavy atom alloy solution to form conditional heavy atom alloy, platinum alloy and water alloy combined with good heavy atom alloy structure. The crystal of rhombohedral system is characterized by X-ray bending strength, X-ray strength, heavy atom homomorphism, phase dependence, decomposition energy of 3.0 and electron density calculation of orthorhombic system. The precision analysis of electron density electron density, molecular spectroscopy and crystal analysis has been obtained, and the thermal decomposition energy is 2.5% R factor 0.22 μ m. There are about 300 yuan of acid residues in the system, and about 100 percent of the total acid residues in the system. There are two components in the system, that is, the two components of the system, and the other two are located in the system. The molecular surface is divided into two parts: the molecular surface, the deviation, the molecular surface. In the immersion method, there is a molecular surface affinity bond between the two molecules in order to prevent the formation of C-terminal DNA by means of the combination of basic molecules in order to prevent the formation of C-terminal DNA. The active part of the active part is the same as that of the enzyme, the enzyme is the same as that of the C-terminal part.