環状逆配向性PIP-DNA複合体のX線結晶構造解析

环状反向PIP-DNA复合物的X射线晶体结构分析

• 批准号: 22KJ1706
• 负责人: 安倍 克彦
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2023
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2023-03-08 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22KJ1706/
• 关键词: X線結晶構造解析; ピロールイミダゾールポリアミド; CAGリピート配列; DNA; PIP

当該年度においては、その前年度に設定した、結晶化条件の最適化・適切な分解能の回折データの取得・構造モデルを当てはめることが可能な電子密度マップの取得といった目標を達成した。結晶化条件の最適化の段階においてはこれまでに得られいた結晶化条件の周囲の条件をより細かく探索していくことにより十分なサイズの結晶を得ることができた。回折データの取得時には次の電子密度マップを得る際により正確なマップが得られるようリダンダンシーの高いデータを用意した。加えて電子密度マップを得る際にはこれまで用いていたSAD法ではなく回折点の様子からMAD法が最適であると判断し、十分に解釈可能な電子密度マップを得ることに成功した。このことにより、当該年度の後半期以降は得られた電子密度マップに構造を当てはめ、適切な改良を加えていく段階に移ることができている。加えて、当該年度における「海外挑戦プログラム」と「若手研究者交流事業(スイス枠)」にシリカナノ粒子を用いたプローブ開発の研究テーマについて採択された。現在はスイスにてこれらの助成金を得ながら、研究を行っている。受け入れ先のAO research instituteでは様々な分野のプロフェッショナルの助言を受けつつ、設定したプローブ開発の計画を順調に遂行できている。具体的には、開発したプローブがまず細胞に正しく導入されるかについて調査し、これを確認している。次にそのプローブが機能発現を行っていることも確認しており、現在では最終段階である二つの遺伝子の同時検出の実験に移っている。

When the annual に お い て は, そ の set before the annual に し の た, crystallization conditions optimization, appropriate な can decompose の inflexion デ ー タ の obtained, tectonic モ デ ル を when て は め る こ と が may な electron density マ ッ プ の obtain と い っ た target を reached し た. の crystallization conditions optimization の Duan Jie に お い て は こ れ ま で に have ら れ い た crystallization conditions の weeks 囲 の conditions を よ り fine か く explore し て い く こ と に よ り very な サ イ ズ の crystallization を must る こ と が で き た. Contraflexure デ ー タ の as obtained に は times の electron density マ ッ プ を must る interstate に よ り right な マ ッ プ が must ら れ る よ う リ ダ ン ダ ン シ ー の high い デ ー タ を intention し た. Add え て electron density マ ッ プ を have る interstate に は こ れ ま で with い て い た SAD method で は な く inflexion point の others child か ら が MAD method optimum で あ る と judgment し, very 釈 に solution may な electron density マ ッ プ を must る こ と に successful し た. こ の こ と に よ り, when the second half year の to drop は ら れ た electron density マ ッ プ に tectonic を when て は め, appropriate modified を な plus え て い く Duan Jie に move る こ と が で き て い る. Add え て, when the annual に お け る "overseas pick 戦 プ ロ グ ラ ム" と "if hand exchange business (ス イ ス 枠)" に シ リ カ ナ を ノ particles with い た プ ロ ー ブ open 発 の research テ ー マ に つ い て mining 択 さ れ た. Now, れら ス スにて スにて れら れら を Soong-kim を deok ながら, research を って る る る. By け into れ の first AO research institute で は others 々 な eset の プ ロ フ ェ ッ シ ョ ナ ル を の help words by け つ つ, setting し た プ ロ ー ブ open 発 の project を suitable adjustable に carries out で き て い る. Specific に は, open 発 し た プ ロ ー ブ が ま に ず cells are し く import さ れ る か に つ い て investigation し, こ れ を confirm し て い る. Time に そ の プ ロ ー ブ が line function 発 now を っ て い る こ と も confirm し て お り, now で は eventually Duan Jie で あ る two つ の heritage 伝 son の simultaneously 検 の be 験 に move っ て い る.

项目成果

Construction of an optically controllable CRISPR-Cas9 system using a DNA origami nanostructure

• DOI: 10.1039/d1cc00876e
• 发表时间: 2021-05-07
• 期刊: CHEMICAL COMMUNICATIONS
• 影响因子: 4.9
• 作者: Abe, Katsuhiko;Sugiyama, Hiroshi;Endo, Masayuki
• 通讯作者: Endo, Masayuki

逆配向型結合環状 PIP-DNA 複合体の X 線結晶構造解析および順配向型複合体との構造比較

反向取向环状PIP-DNA复合物的X射线晶体结构分析及其与正向复合物的结构比较

• 发表时间: 2022
• 作者: Abe Katsuhiko;Sugiyama Hiroshi;Endo Masayuki;安倍 克彦 ・ 廣瀬 優希 ・ 浴 晴彦 ・ 竹田 一旗 ・ 遠藤 政幸 ・ 板東 俊和 ・ 杉山 弘
• 通讯作者: 安倍 克彦 ・ 廣瀬 優希 ・ 浴 晴彦 ・ 竹田 一旗 ・ 遠藤 政幸 ・ 板東 俊和 ・ 杉山 弘

Construction of Optical Control System for Functional Biomolecules using DNA Origami Structure

利用DNA折纸结构构建功能生物分子光控系统

• 发表时间: 2022
• 作者: Katsuhiko Abe;Ganesh N. Pandian;Hiroshi Sugiyama;Masayuki Endo
• 通讯作者: Masayuki Endo