転写発現制御機構を解析するパーザ、文法、辞書の構築

构建解析器、语法和字典来分析转录表达控制机制

• 批准号: 11780251
• 负责人: 角田 達彦
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research (2000)The University of Tokyo (1999)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 2000
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-11780251/
• 关键词: 転写制御; 転写因子; 転写因子結合配列; p53; プロモータ; 転写因子間相互作用; SNP; マイクロアレイ; 転写抑制; 遺伝子発現; 相互作用; タンパク質; 組織特異性

この研究では,大量のプロモータ配列を用いた転写制御機構の解析方法の提案,転写因子間相互作用を中心とした転写因子の知識のデータベース化と整備,転写因子結合部位予測の精度向上,転写因子間相互作用に基づく転写制御構造の予測,そして実際の実験系でのプロモータ配列の解析を行なった.まず,文献検索では,医学生物学文献抄録データベースMEDLINE上で(A)(ヒトまたは脊椎動物)かつ(転写因子)かつ(タンパク相互作用)かつ(雑誌),(B)(転写因子)かつ(TAF),(C)(転写因子)かつ(TBP),そして一般学術雑誌のreview記事中の引用文献をもとに2165文献を得た.次に文献内でタンパク質名などの専門用語を我々によって既開発のパーザによって特定し,また文献内から,(a)相互作用の関係,(b)作用物質A,(c)作用物質B,(d)相互作用後の複合体名,(e)実験細胞名,(f)生物種,(g)その他コメントというフレームスロットを考慮し,上記2165文献から実際にファクトを抽出した.次に相互作用推論パーザの基礎的な部分を構築し,解析を試みた.転写開始点やTBPなど主となる転写因子結合および相互作用に関しては,系統的な解析が可能になった.さらにreview集などによって確立した知識と,speculativeな知識を分けることを行なった.またp53四量体の結合配列のように,因子どうしの構造が具体的にわかっている場合には,そのような知識を個別に整備し,より精度の高い推定を可能とした.その結果はマイクロアレイによる発現プロファイルの解析で,p53の上流制御遺伝子の推定という形に反映された.

こ の research で は, a large number of の プ ロ モ ー タ matched with column を い た planning write royal institution の の analytical solution proposal, planning to write factor interaction between を center と し た planning write factor の knowledge の デ ー タ ベ ー ス と development, planning to write factor binding site to upward の measurement and planning to write factor interaction between に base づ く planning write の suppression structure to measure, そ し て be interstate の be 験 department で の プ ロ モ ー タ match column line analytical を の な っ た. ま ず, literature 検 cable で は, transcribing medical biology literature デ ー タ ベ ー ス で on MEDLINE (A) (ヒ ト ま た は vertebrates) か つ (planning write factor) か つ (タ ン パ ク interaction) か つ (雑 volunteers), (B) (planning write factor) か つ (TAF), (C) (planning write factor) か つ ( (TBP),そ, て, general academic 雑 journal, <s:1> review notes, た cited references を, とに, とに, 2165 references を, た. で に literature once タ ン パ ク mass of な ど の 専 door language を I 々 に よ っ て both open 発 の パ ー ザ に よ っ て certain し ま た literature within か ら, (a) interaction の masato, (b) material a, b (c) function material, and (d) composite の interaction, (e) be 験 cells, (f) biological species, (g) そ の he コ メ ン ト と い Youdaoplaceholder0 うフレ ムスロットを ムスロットを consider うフレ, and note 2165 reference ら ら actual にファ トを トを トを extract た た. The に interaction inference パ に ザ ザ the な part of the <s:1> foundation を builds を, and the analysis を tries みた. Planning to write start や the TBP な ど main と な る planning write factor binding お よ び interaction に masato し て は, analytical が な system may に な っ た. さ ら に review set な ど に よ っ て establish し と た knowledge, speculative knowledge な を points け る こ と を line な っ た. ま た p53 four quantity body の combined with column の よ う に, factor ど う が し の structure concrete に わ か っ て い る occasions に は, そ の よ う な knowledge を gearing up individual に し, よ り high precision の い presumption を may と し た. そ の results は マ イ ク ロ ア レ イ に よ る 発 now プ ロ フ ァ イ ル の parsing で, p53 の high suppression heritage 伝 son の presumption と い う form に reflect さ れ た.

项目成果

Tatsuhiko TSUNODA,Yoshiaki HOJO,Chikashi KIHARA,Norihiko SHIRAISHI,Osamu KITAHARA,Kenji ONO,Toshihiro TANAKA,Toshihisa TAKAGI,and Yusuke NAKAMURA.: "Discrimination of Drug Sensitivity of Cancer Using cDNA Microarray and Multivariate Statistical Analysis."

Tatsuhiko TSUNODA、Yoshiaki HOJO、Chikashi KIHARA、Norihiko SHIRAISHI、Osamu KITAHARA、Kenji ONO、Toshihiro TANAKA、Toshihisa TAKAGI 和 Yusuke NAKAMURA.：“使用 cDNA 微阵列和多变量统计分析区分癌症的药物敏感性。”

T.Tsunoda,and T.Takagi.: "Generalized Local Over-representation Conserved in Evolution and Iterative Instance Dscriminating Algorithm Applied for Estimating Transcription Factor Bindability on DNA."The 4th Hamamatsu International Symposium on Biology(1999

T.Tsunoda，和 T.Takagi.：“进化中守恒的广义局部过度表示和迭代实例判别算法应用于估计 DNA 上转录因子的结合力。”第四届滨松国际生物学研讨会（1999 年）

Y.Suzuki,H.Taira,T.Tsunoda,J.Mizushima-Sugano,J.Sese,H.Hata,T.Ota,T.Isogai,T.Tanaka,S.Morishita,K.Okubo,Y.Sakaki,Y.Nakamura,A.Suyama,and S.Sugano: "Diverse Transcriptional Initiation Revealed by Fine, Large-Scale Mapping of the mRNA Start Sites"EMBO Repor

Y.Suzuki,H.Taira,T.Tsunoda,J.Mizushima-Sugano,J.Sese,H.Hata,T.Ota,T.Isogai,T.Tanaka,S.Morishita,K.Okubo,Y.Sakaki,

Y.Suzuki,T.Tsunoda,H.Taira,J.Mizushima-Sugano,J.Sese,H.Hata,T.Ota,T.Isogai,Y.Sakaki,T.Tanaka,Y.Nakamura,S.Morishita,K.Okubo,A.Suyama,and S.Sugano: "Identification and Characterization of the Potential Promoter Regions of 1031 Kinds of Human Genes"Genome R

Y.Suzuki,T.Tsunoda,H.Taira,J.Mizushima-Sugano,J.Sese,H.Hata,T.Ota,T.Isogai,Y.Sakaki,T.Tanaka,Y.Nakamura,S.Morishita,

T.Tsunoda,and T.Takagi.: "Estimating Transcription Factor Bindability on DNA"BIOINFORMATICS. Vol.15,No 7/8. 622-630 (1999)

T.Tsunoda 和 T.Takagi.：“估计转录因子对 DNA 的结合能力”生物信息学。