大規模多型・発現プロファイルからの多要因データマイニングによる疾患機序経路の解明

通过大规模多态性和表达谱的多因素数据挖掘阐明疾病机制途径

• 批准号: 13204090
• 负责人: 角田 達彦
• 金额: $ 2.88万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13204090/
• 关键词: 遺伝子; 遺伝学; ゲノム; マイクロアレイ; SNP; 遺伝子発現; 遺伝子多型; 相関解析

疾患の多要因・大規模・不完全な多型・発現プロファイルおよび細胞への薬物投与・放射線照射・遺伝子導入による遺伝子発現変化のデータから柔軟に推論するデータマイニング手法を確立し,実際に収集した疾患・発現変化データに適用し疾患機序経路および個人の薬剤応答性を解明する研究を行った.遺伝的要因に環境要因を加えた多要因の現象を一度に扱うアルゴリズムと理論的枠組を構築し,大規模で不完全なタイピング・発現データの中から有意な部分空間を切り出し仮説を立てる手法を確立した.それらを慢性関節リウマチ,IgA腎症,心筋梗塞,糖尿病といった生活習慣病や癌,白血病などの薬剤感受性に適用し,疾患遺伝子や疾患原因ネットワーク・パスウエイを解明した.具体的な研究成果として,大腸癌の発現プロファイルの解析による癌関連遺伝子候補の抽出と考察,食道癌の抗癌剤感受性遺伝子の抽出と診断のためのスコアリングと評価,PTENの下流の癌関連分子ネットワークの抽出,肝癌でのMARK1遺伝子の特異性同定と機能解析,日本人集団のSNPタイピング結果による連鎖不平衡距離の見積もりと細胞遺伝学的連鎖不平衡地図の作成,ベイジアンネットワークによる遺伝子ネットワーク自動推定の検討,環境要因・複合要因などの多要因を扱う多型・発現相関解析の枠組の検討,多種抗癌剤感受性遺伝子の網羅的抽出,ゲノムワイドSNP探索アプローチとハプロタイプ解析によるIgA腎症原因遺伝子の特定,などである.これらの具体的な解析を行うことを通じて,マイクロアレイによる発現プロファイルの解析およびSNPによる多型相関解析といったゲノム医科学の主軸となる網羅的解析技術のスタンダードとなるフローおよび解析システムを構築し,汎用性を確立した.

The main causes of disease, large-scale, incomplete, multi-type, development, and cellular drug delivery, radiation exposure, and gene introduction were established, and the methods for the development of gene evolution, soft inference, and the study of the application of disease mechanism and individual drug response were carried out. The main causes of genetic evolution are environmental factors, multiple factors, phenomena, etc., and the theoretical framework is constructed. The large-scale incomplete development of genetic evolution is realized in the middle of the intentional partial space. Chronic joint diseases,IgA kidney disease, myocardial infarction, diabetes mellitus, lifestyle diseases, cancer, leukemia, susceptibility to diseases, diseases, and causes of diseases. Specific research results include: extraction and investigation of candidate cancer-related genes in colorectal cancer development, extraction and diagnosis of anticancer agent receptor in esophageal cancer, extraction and evaluation of downstream cancer-related molecular genes in PTEN, specificity and function analysis of MARK1 gene in liver cancer, The linkage disequilibrium distance between SNP and gene expression in Japanese population was determined by molecular genetics. The genetic disequilibrium distance between SNP and gene expression in Japanese population was determined by molecular genetics. The genetic disequilibrium distance between SNP and gene expression in Japanese population was determined by molecular genetics. The analysis of IgA kidney disease causes and genetic characteristics of IgA kidney disease. The specific analysis method of this paper is to construct a multiple-type correlation analysis method, which is the main axis of medical science, and establish the universality of the analysis method.

项目成果

Zembutsu, H., et al.: "Genome-wide cDNA microarray screening to correlate gene expression profiles with sensitivity of 85 human cancer xenografts to anticancer drugs"Cancer Research. 62(2). 518-527 (2002)

Zembutsu, H. 等人：“全基因组 cDNA 微阵列筛选，将基因表达谱与 85 个人类癌症异种移植物对抗癌药物的敏感性相关联”癌症研究。

Ishiguro, H., et al.: "Identification of AXUD1, a novel human gene induced by AXIN1 and its reduced expression in human carcinomas of the lung, liver, colon and kidney"Onocogene. 20(36). 5062-5066 (2001)

Ishiguro, H. 等人：“AXUD1 的鉴定，这是一种由 AXIN1 诱导的新型人类基因，及其在人类肺癌、肝癌、结肠癌和肾癌中的表达降低”Onocogene。

Yanagawa, R., et al.: "Genome-wide screening of genes showing altered expression in liver metastasis of human colorectal cancers by cDNA microarray"Neoplasia. 3(5). 395-401 (2001)

Yanakawa, R. 等人：“通过 cDNA 微阵列对显示人类结直肠癌肝转移中表达改变的基因进行全基因组筛选”肿瘤。

Fujita, M., et al.: "Up-regulation of the ectodermal-neural cortex1(ENC1)gene, a downstream target of the beta-catenin/T-cell factor complex, in colorectal carcinomas"Cancer Research. 61(21). 7722-7726 (2001)

Fujita, M., 等人：“结直肠癌中外胚层神经皮质 1 (ENC1) 基因（β-连环蛋白/T 细胞因子复合物的下游靶标）的上调”癌症研究。

Takei, T., et al.: "Association between Single-Nucleotide Polymorphisms in Selectin Genes and Immunoglobulin A Nephropathy"American Journal of Human Genetics. 70(3). 781-786 (2002)

Takei，T.等人：“选择素基因中的单核苷酸多态性与免疫球蛋白A肾病之间的关联”美国人类遗传学杂志。