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マルチオミックス解析による遺伝子発現制御領域内のがん化を導く変異の予測

使用多组学分析预测基因表达控制区域中导致癌症的突变

基本信息

批准号：
15F15385
负责人：
角田達彦
金额：
$ 1.47万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2015
资助国家：
日本
起止时间：
2015-11-09 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

がんのドライバー変異に関し、タンパク質アミノ酸変化を起こす変異と共に、調節領域上の変異を研究する必要がある。本研究では、まず、人の様々ながんで、2,000を超える因子のモチーフマトリックスを検索し、ヒトゲノム全体の上で、各転写因子の結合のしやすさを計算することで、転写因子結合部位の変異に伴う機能アノテーションのリストを作製した。続き、COSMICリポジトリを検索し、プロモーター領域上にある、アノテーション付き体細胞突然変異を網羅的に取得した。そして、上記の結合部位に体細胞突然変異を当てることによって、がん種ごとに、変異の蓄積の多い転写因子結合部位を調べた。その結果、プロモーター領域内の体細胞突然変異とゲノムとの相互作用が、そしてがんごとに高度に突然変異した因子が認められた。さらに、がんの発症に関与する翻訳後修飾マーク「サクシニル化」を調べた。このために、サクシニル化リジンを含むというアノテーション付きのタンパク質のリストを検索し、各タンパク質について、アミノ酸の構造的および進化的特徴を計算した。その特性の計算には、アクセス可能な表面積、ねじれ角、二次構造、および位置特有のスコアリング行列を考慮した。各リシン残基は、その15個の下流のアミノ酸および15個の上流のアミノ酸を考慮したベクターとして表現される。このようにして、サクシニル化および非サクシニル化リジンの大きなデータセットを得て、サクシニル化部位を正確に予測することができる新しい計算法を実装し、論文化することができた。これらから得られた一連の結果を、Analytical Biochemistry、Journal of Theoretical Biology、BMC Genomicsなどの科学論文誌に掲載することができた。

It is necessary to study the differences in the field of environmental protection and environmental protection. In this study, we investigated the relationship between the number of factors in the human body and the number of factors in the 2,000-digit range. We also investigated the relationship between the number of factors in the human body and the number of factors in the 2,000-digit range. However, COSMIC's remote support services are being searched for, and in the field of mobile phones, the sudden changes in body cells have been achieved. The binding site of the somatic cell is suddenly changed, and the binding site of the multiple factors is changed. As a result, the somatic cells in the field suddenly change and interact with each other. The following is an example of how to adjust the "" after the " The structure and evolution characteristics of each component are calculated. The calculation of the characteristics of the system takes into account the possible surface area, angle, secondary structure, and position characteristics. Each residue contains 15 downstream amino acids and 15 upstream amino acids. A new method of calculation is used to calculate the correct location of the information in the database. The results were published in Analytical Biochemistry, Journal of Theoretical Biology, BMC Genomics and Scientific Papers.