一塩基多型を用いた10番染色体の解析-新規がん抑制遺伝子同定への試み-

Affimetrix Mapping 50K SNP arrayを用い、14例のglioblastomaサンプルを解析し、全ゲノム上のLOH部位を網羅的に解析した。Laser capture micro dissection法を用い、精度の高い腫瘍DNAを抽出し解析を行い信頼度の高い結果を得た。我々が確立したPLACE-SSCP法におけるSNPマーカーの間隔が1.5Mbp以下であるのに対し、SNP arrayは平均23.6Kbpと高密度SNPマーカーを有しており、より高精度、高密度の解析を可能にした。10番染色体には、これまでの報告同様、高頻度にLOH部位を同定することができた。本法を用い10番染色体短腕の共通欠失部位の絞り込みを行い、10p12.1領域に563Kbpの共通欠失部位を同定した。この領域はこれまでの報告のややcentromea側で、今回新たに3つの遺伝子(APBB1IP,PDSS1,ABI1)を同定した。これらがグリオーマにおける新たながん抑制遺伝子の候補として絞り込まれた。さらにLOH解析とコピー数を同時に解析することが可能となった為、uniparental disomy(UPD)というコピー数の変化を伴わないLOHの同定が可能となり、10番染色体においても遺伝子不活性化の機序としてUPDの関与が示唆された。これらの研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在投稿準備中である。さらにPLACE-SSCP法の解析法を改良し正常DNAなしでLOH判定をおこなうAverage Control Method(AcoM)を開発し、130例の髄膜種における1p36領域の解析を行った。1p36.32と1p36.11に19.3Mbpと2.02Mbpの共通欠失部位を同定し、髄膜種の悪性度に関与していることを証明した。この研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在Clinical Chemistryに投稿中である。

Affimetrix Mapping 50K SNP arrayを用い、14例のglioblastomaサンプルを解析し、全ゲノム上のLOH部位を網羅的に解析した。Laser capture micro dissection法を用い、精度の高い腫瘍DNAを抽出し解析を行い信頼度の高い結果を得た。我々が確立したPLACE-SSCP法におけるSNPマーカーの間隔が1.5Mbp以下であるのに対し、SNP arrayは平均23.6Kbpと高密度SNPマーカーを有しており、より高精度、高密度の解析を可能にした。10番染色体には、これまでの報告同様、高頻度にLOH部位を同定することができた。本法を用い10番染色体短腕の共通欠失部位の絞り込みを行い、10p12.1領域に563Kbpの共通欠失部位を同定した。この領域はこれまでの報告のややcentromea側で、今回新たに3つの遺伝子(APBB1IP,PDSS1,ABI1)を同定した。これらがグリオーマにおける新たながん抑制遺伝子の候補として絞り込まれた。さらにLOH解析とコピー数を同時に解析することが可能となった為、uniparental disomy(UPD)というコピー数の変化を伴わないLOHの同定が可能となり、10番染色体においても遺伝子不活性化の機序としてUPDの関与が示唆された。これらの研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在投稿準備中である。さらにPLACE-SSCP法の解析法を改良し正常DNAなしでLOH判定をおこなうAverage Control Method(AcoM)を開発し、130例の髄膜種における1p36領域の解析を行った。1p36.32と1p36.11に19.3Mbpと2.02Mbpの共通欠失部位を同定し、髄膜種の悪性度に関与していることを証明した。この研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在Clinical Chemistryに投稿中である。