一塩基多型を用いた10番染色体の解析-新規がん抑制遺伝子同定への試み-

利用单核苷酸多态性分析10号染色体 - 尝试鉴定新的肿瘤抑制基因 -

• 批准号: 17659450
• 负责人: 溝口 昌弘
• 金额: $ 1.73万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2006
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17659450/
• 关键词: グリオーマ; SNPs; LOH; 10番染色体; がん抑制遺伝子

Affimetrix Mapping 50K SNP arrayを用い、14例のglioblastomaサンプルを解析し、全ゲノム上のLOH部位を網羅的に解析した。Laser capture micro dissection法を用い、精度の高い腫瘍DNAを抽出し解析を行い信頼度の高い結果を得た。我々が確立したPLACE-SSCP法におけるSNPマーカーの間隔が1.5Mbp以下であるのに対し、SNP arrayは平均23.6Kbpと高密度SNPマーカーを有しており、より高精度、高密度の解析を可能にした。10番染色体には、これまでの報告同様、高頻度にLOH部位を同定することができた。本法を用い10番染色体短腕の共通欠失部位の絞り込みを行い、10p12.1領域に563Kbpの共通欠失部位を同定した。この領域はこれまでの報告のややcentromea側で、今回新たに3つの遺伝子(APBB1IP,PDSS1,ABI1)を同定した。これらがグリオーマにおける新たながん抑制遺伝子の候補として絞り込まれた。さらにLOH解析とコピー数を同時に解析することが可能となった為、uniparental disomy(UPD)というコピー数の変化を伴わないLOHの同定が可能となり、10番染色体においても遺伝子不活性化の機序としてUPDの関与が示唆された。これらの研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在投稿準備中である。さらにPLACE-SSCP法の解析法を改良し正常DNAなしでLOH判定をおこなうAverage Control Method(AcoM)を開発し、130例の髄膜種における1p36領域の解析を行った。1p36.32と1p36.11に19.3Mbpと2.02Mbpの共通欠失部位を同定し、髄膜種の悪性度に関与していることを証明した。この研究成果は第65回日本脳神経外科学会総会で報告し、現在Clinical Chemistryに投稿中である。

Affimetrix Mapping 50K SNP arrayを using を, 14 cases of <s:1> glioblastomaサ プ プ を を analysis of <s:1>, and に analysis of を snore of the <s:1> LOH site over the entire ゲノム た. The Laser capture micro dissection method を uses を with high precision <s:1> to extract <s:1> abscess DNAを, and the <s:1> analysis を line has high <s:1> reliability <e:1>. The <s:1> result を is た. I 々 が establish し た PLACE - SSCP method に お け る SNP マ ー カ ー の interval が below 1.5 Mbp で あ る の に し seaborne, SNP array は average 23.6 Kbp と high-density SNP マ ー カ ー を have し て お り, よ り high precision, high density の resolution を may に し た. Chromosome 10 reports isomorphism in に and <s:1> れまで れまで <s:1>, and the high-frequency にLOH site を isomorphism in する とがで とがで た た た た た. This method を uses the common missing site <s:1> of the short wrist of chromosome 10 of the を chromosome to reposition the 込みを line 込みを and the common missing site を of the に563Kbp chromosome in the 10p12.1 domain to determine the <s:1> た. こ の field は こ れ ま で の report の や や centromea side で, now back to new た に 3 つ の heritage 伝 child (APBB1IP PDSS1, ABI1) with fixed し を た. Youdaoplaceholder6 れらがグリ れらがグリ れらがグリ における における における new たながん inhibitory successor 伝 <s:1> alternate と て て 込まれた 込まれた. さ ら に LOH parsing と コ ピ ー number を に parsing す る こ と が may と な っ た for, uniparental disomy (UPD) と い う コ ピ ー number の variations change を with わ な い LOH の with fixed が may と な り, 10 times chromosome に お い て も heritage 伝 son not activeness の machine sequence と し て UPD の masato and が in stopping さ れ た. The research results of 総 the 65th report of the 脳 neurosurgical society of Japan 総 is now being prepared for submission である. さ ら に PLACE - SSCP Method の analytic Method modified し を normal DNA な し で LOH determine を お こ な う business Control Method (AcoM) を open 発 し, 130 cases of の marrow membrane of に お け る line 1 p36 field analytical を の っ た. 1 p36. 32 と 1 p36. 11 に 19.3 Mbp と 2.02 Mbp の owe を lost parts with common し, marrow membrane of の 悪 sex degrees に masato and し て い る こ と を prove し た. The research results of <s:1> に will be presented at the 65th session of the 総 Society of Neurosurgery in Japan で and are currently under submission in Clinical Chemistryに である.

项目成果

Allelic losses of chromosome 10 in glioma tissue detected by quantitative single-stranc conformation polymorphism analysis

通过定量单链构象多态性分析检测神经胶质瘤组织中 10 号染色体的等位基因丢失

• 发表时间: 2006
• 期刊: Clinical Chemistry 52:3
• 作者: Yoshii Y; Nishiura Y; Ochiai N;et. al.;Nobuhiro Hata et al.
• 通讯作者: Nobuhiro Hata et al.