Elucidation of glioma immune microenvironment heterogeneity based on immunogenomics by liquid biopsy

グリオーマ遺伝子解析：2021年WHO分類に対応した分子診断を44症例に継続した。新たにFGFR1に対しシークエンス、HRM法、MLPA法による遺伝子異常の検出が可能となった。髄液cell-free(cf) DNAを用いたMLPA法によるコピー数解析：術前に採取した髄液を用いてコピー数変化をMLPA法で解析した。髄液cfDNA濃度(中央値0.213 ng/uL)はMLPA法の推奨濃度を著しく下回ったが、条件を探索し濃度0.15ng/uL以上かつ100 bp以上のDNA長で反応することを確認した。条件を満たす症例では全例MLPAの反応は成功し、EGFR増幅、Ch 7+/10-、PDGFRA、CDK4増幅、CDKN2A欠失は明確に同定され、感度はそれぞれ75%，88.9%，100%，100%，75%であり特異度は100%であった。ヒト血液由来誘導ミクログリア様(iMG)細胞による評価：免疫微小環境のバイオマーカーとして有用であるiMG細胞における貪食能について検討した。グリオーマ25例、てんかん4例、髄膜種1例、GIST1例、そのうち11例に対し脳内ミクログリア（PMG）の貪食能も同時に解析した。同一患者でのPMG、iMGとの間には正の相関関係がみられ、機能面においてもiMGがPMGを反映している所見であった。また星細胞腫や膠芽腫は乏突起膠腫と比較して有意に貪食能が高かった。CDKN2A/Bヘミ欠失の評価：IDH変異型グリオーマでCDKN2A/Bのホモ欠失は強力な予後不良因子であるが、ヘミ欠失の効果は不明である。コピー数解析によりホモ欠失、ヘミ欠失、正常の3群に分類しOS/PFSを評価するとastrocytoma ではヘミ欠失は正常と比較して有意なOSの短縮をみとめた。さらにp16とMTAPに対する免疫染色でヘミ欠失を診断可能であることを見出した。

グリオーマ遺伝子解析：2021年WHO分類に対応した分子診断を44症例に継続した。新たにFGFR1に対しシークエンス、HRM法、MLPA法による遺伝子異常の検出が可能となった。髄液cell-free(cf) DNAを用いたMLPA法によるコピー数解析：術前に採取した髄液を用いてコピー数変化をMLPA法で解析した。髄液cfDNA濃度(中央値0.213 ng/uL)はMLPA法の推奨濃度を著しく下回ったが、条件を探索し濃度0.15ng/uL以上かつ100 bp以上のDNA長で反応することを確認した。条件を満たす症例では全例MLPAの反応は成功し、EGFR増幅、Ch 7+/10-、PDGFRA、CDK4増幅、CDKN2A欠失は明確に同定され、感度はそれぞれ75%，88.9%，100%，100%，75%であり特異度は100%であった。ヒト血液由来誘導ミクログリア様(iMG)細胞による評価：免疫微小環境のバイオマーカーとして有用であるiMG細胞における貪食能について検討した。グリオーマ25例、てんかん4例、髄膜種1例、GIST1例、そのうち11例に対し脳内ミクログリア（PMG）の貪食能も同時に解析した。同一患者でのPMG、iMGとの間には正の相関関係がみられ、機能面においてもiMGがPMGを反映している所見であった。また星細胞腫や膠芽腫は乏突起膠腫と比較して有意に貪食能が高かった。CDKN2A/Bヘミ欠失の評価：IDH変異型グリオーマでCDKN2A/Bのホモ欠失は強力な予後不良因子であるが、ヘミ欠失の効果は不明である。コピー数解析によりホモ欠失、ヘミ欠失、正常の3群に分類しOS/PFSを評価するとastrocytoma ではヘミ欠失は正常と比較して有意なOSの短縮をみとめた。さらにp16とMTAPに対する免疫染色でヘミ欠失を診断可能であることを見出した。