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ChIP-CGH法の開発、骨軟部肉腫におけるクロマチン修飾の網羅的解析

开发ChIP-CGH方法，全面分析骨软组织肉瘤染色质修饰

基本信息

批准号：
17659469
负责人：
尾崎敏文
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Okayama University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2006
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17659469/
关键词：
ゲノムクロマチン免疫沈降 CGH クロマチン免疫沈降(ChIP)

项目摘要

昨年度はChIp(Chromatin Immuno-Precipitation)-CGH(comparative genomic hybridization)法の条件を元に、ChIp-CGHの条件および精度を確認するため、滑膜肉腫細胞株SYO-1を用いて実験を行った。SYO-1細胞にヒストンアセチル化阻害剤FK228を投与し、ヒストンのアセチル化を誘導し、ChIp-CGH法でヒストンアセチル化の検出を行えるか検証した。本年度は、ヒストンのアセチル化の状態をより詳細に検出するためにマイクロアレイを用いて、アレイCGHを行った。ChIp-CGH法で用いたDNAを用いて、DOP-PCR法を用いてDNAの増幅を行った後、Cydyeにて蛍光標識し(ChIp DNA とInput DNA)、Operon社製OpArrayにハイブリダイズさせた。その後Agilent DNA Microarray Scannerで取り込み後、Feature Extraction Softwareを用いて数値化した。Log ratio+/-2.0以上をgain(高アセチル化)、loss(低アセチル化)と判定した。アレイCGHでの結果は、ChIp-CGH法の結果と異なる傾向にあった。ChIp-CGH法ではメタファーゼ上で全染色体を網羅的に検索可能であるが、アレイCGHではすべての領域を網羅していないためと考えられる。そのため、ChIp-CGH法で検出された領域を選択したカスタムアレイを選択するべきである。ChIp-CGH法を用いてヒストンアセチル化領域の検出が可能であった、しかし検出感度の問題があり、遺伝子を特定するには至らない。そのため、より詳細に遺伝子を検出するためには、特定した領域のデレイCGHを行うべきである。

Last year, the conditions of ChIp(Chromatin Immuno-Precipitation)-CGH(comparative genomic hybridization) method, the conditions of ChIp-CGH and the accuracy of ChIp-CGH were confirmed. Synovial sarcoma cell line SYO-1 was used. SYO-1 cells are activated by FK228, which is a chemical inhibitor, and the detection of SYO-1 cells by ChIp-CGH is performed. This year, the company will continue to improve the quality of its products. ChIP-CGH, DOP-PCR, Cydye-DNA, Operon-OpArray After Agilent DNA Microarray Scanner is selected, Feature Extraction Software is used to calculate the number of samples. Log ratio+/-2.0 or more: gain(high loss), loss(low loss), judgment. The results of the ChIp-CGH method are different. ChIP-CGH method is used to detect the whole chromosome. The ChIp-CGH method is used to select the field. The ChIp-CGH method is used to detect possible, sensitive and specific problems. Whether you want to discover the details or not, you can also conduct digital CGH in specific fields.