土壌における芳香族化合物分解の評価に機能遺伝子データを網羅的に用いる手法の開発
综合利用功能遗传数据评价土壤中芳香族化合物分解的方法的开发
基本信息
- 批准号:18651031
- 负责人:
- 金额:$ 2.24万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
- 财政年份:2006
- 资助国家:日本
- 起止时间:2006 至 2008
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本年度は、昨年度の成果であるプローブの設計条件とマイクロアレイとしての特異性についての知見に基づき、土壌中でのベンゼン分解に関与する遺伝子群網羅的にかつ特異的に検出するための検討を行った。さらに、実際の土壌試料に対して作成したマイクロアレイを適用し、土壌中におけるベンゼン分解遺伝子の網羅的検出を試みた。まず、昨年度までに扱ったベンゼンモノオキシゲナーゼと同様の手法で残りのベンゼン分解遺伝子であるベンゼンジオキシゲナーゼについてクローン解析を行い、ペンゼンジオキシゲナーゼの多様性と遺伝子データペースを拡充した。得られた遺伝子データベースをもとに、遺伝子プローブの網羅的設計を行った。この際の遺伝子プローブの設計条件として昨年度の成果を生かし、標的との相同塩基数が58/60塩基対以上、非標的とは相同性が54/60塩基対以下、ストレッチが20塩基対以下の条件下での設計を行うことで、より網羅的な設計を行うことができた。また、ベンゼンモノオキシゲナーゼ遺伝子についても同様の条件で再度設計を行うことにより、可能な限りのプローブを設計した。設計されたプローブ群をすべて1枚のマイクロアレイとして積載した、ベンゼン分解遺伝子全体を網羅的に検出するためのマイクロアレイを作成し、再度マイクロアレイの特異性についての検討を行った。これらの検討により、微生物の異化的代謝に関与する遺伝子をマイクロアレイで検出・解析する上で、網羅性と特異性を両立させるために上記の条件が適していることが示され、可能性と限界について提示することができた。また、ベンゼン汚染土壌などを含む実際の土壌試料数種類を用いて、設計したアレイによる解析を行った。その結果、土壌中のベンゼン分解遺伝子は非常に多様であることが示された反面、すべての試料で同一の遺伝子が検出され、土壌中のベンゼン分解において重要な役割を示すものであると考えられた。
This year's results are different from those of the previous year's results. The design conditions of the products are different from those of the previous year's results. The characteristics of the products are different from those of the previous years. In addition, the actual soil sample preparation method is suitable for the detection of soil samples. In the past year, the number of people in the United States has increased. In the past year, the number of people in the United States has increased. In the past year, the number of people in the United States has increased. In the past year, the number of people in the United States has increased. The design of the design The design conditions of this kind of inheritance are as follows: the results of last year are produced, the same base number of target is 58/60, the same base number of non-standard is 54/60, and the same base number is 20. For example, if you want to re-design, you can re-design if you want to re-design The design of the first batch of samples is based on the analysis of the total number of samples collected, the number of samples collected and the number of samples collected. The conditions for the identification, identification, analysis, and identification of microbial dissimilation are appropriate, and the possibility and limit of identification are indicated. The analysis of soil contamination, including the actual number of soil samples, is carried out in the design process. The results show that the decomposition of the sample is very diverse, and the sample is the same as the sample.
项目成果
期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Development of an oligonucleotide microarray to detect di- and monooxygenase genes for benzene degradation in soil.
- DOI:10.1111/j.1574-6968.2008.01223.x
- 发表时间:2008-08
- 期刊:
- 影响因子:2.1
- 作者:S. Iwai;F. Kurisu;H. Urakawa;O. Yagi;I. Kasuga;H. Furumai
- 通讯作者:S. Iwai;F. Kurisu;H. Urakawa;O. Yagi;I. Kasuga;H. Furumai
An oligonucleotide microarray for analysis of benzene oxygenase genes in soils
用于分析土壤中苯加氧酶基因的寡核苷酸微阵列
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Iwai;S.;Kurisu;F.;Urakawa;H.;Kasuga;I.;Yagi;O.;and Furumai;H.
- 通讯作者:H.
NEW APPLICATION OF THE ISOTOPE ARRAY USING RANDON GENOMIC DNA PROBES DERIVED FROM A MICROBIAL COMMUNITY
使用源自微生物群落的 RANDON 基因组 DNA 探针进行同位素阵列的新应用
- DOI:
- 发表时间:2008
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Tobino T;Kurisu F;Kasuga I;Furumai
- 通讯作者:Furumai
Development of a 60-mer oligonucleotide microarray on the basis of benzene monooxygenase gene diversity
基于苯单加氧酶基因多样性的60聚体寡核苷酸微阵列的开发
- DOI:
- 发表时间:2007
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Iwai;S.;F. Kurisu.;H. Urakawa;O. Yagi and H. Furumai
- 通讯作者:O. Yagi and H. Furumai
微生物叢ゲノム断片を用いたアイソトープアレイにおける特異性および検出感度の検討
使用微生物基因组片段检查同位素阵列的特异性和检测灵敏度
- DOI:
- 发表时间:2009
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:飛野智宏;栗栖太;春日郁朗;古米〓
- 通讯作者:古米〓
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- 影响因子:0
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Pretreatment Methods Suitable for Comprehensive Non-Target Analysis of Dissolved Organic Matter In Urban River Water by High-Resolution LC/MS
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- 影响因子:0
- 作者:
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古米 弘明
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- DOI:
- 发表时间:
2014 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
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古米 弘明
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- DOI:
- 发表时间:
2003 - 期刊:
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- 作者:
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味埜 俊
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- 批准号:
23K17329 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
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- 批准号:
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- 资助金额:
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- 批准号:
21651028 - 财政年份:2009
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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- 资助金额:
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- 批准号:
22H04438 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
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- 批准号:
21H04948 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
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Nuclear magnetic resonance methods for environmental diagnostics
用于环境诊断的核磁共振方法
- 批准号:
501109-2016 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
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- 批准号:
501109-2016 - 财政年份:2019
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- 批准号:
19K14193 - 财政年份:2019
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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- 批准号:
501109-2016 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
Collaborative Research and Development Grants
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- 批准号:
1915131 - 财政年份:2017
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
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- 批准号:
03J00824 - 财政年份:2003
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$ 2.24万 - 项目类别:
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- 批准号:
12878086 - 财政年份:2000
- 资助金额:
$ 2.24万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Exploratory Research
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