微生物叢ゲノム断片アイソトープアレイによる環境汚染物質分解微生物の特定技術の開発
利用微生物组基因组片段同位素芯片开发环境污染物降解微生物鉴定技术
基本信息
- 批准号:21651028
- 负责人:
- 金额:$ 1.98万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
- 财政年份:2009
- 资助国家:日本
- 起止时间:2009 至 2010
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
本年度の研究では、ショットガンアレイにおいて1)さらに近縁な微生物種間の検出における特異性について検討するとともに、アイソトープアレイにおいて2)得られたシグナルが本当に基質を資化した微生物由来のシグナルであるかを検証した。1)ショットガンアレイの特異性に関する検討については、同一の属(Pseudomonas属)に属し、互いの遺伝学的類似度が異なる4種の純菌株を用いた検討を行った。ゲノムDNAを断片化、クローニングを行い、1枚のメンブレンにスポットしたショットガンアレイを作成したのち、上記の純菌株由来のDNA断片をハイブリダイゼーションさせた。その結果、同属異種の菌株においては、高度に保存されているrrnオペロン配列では特異的な検出は不可能であるものの、そのほかの配列では条件を厳しくすることにより、特異的なシグナルを非特異的なものと比べ10倍以上の強度で得ることができることを明らかにした。2)アイソトープアレイで得られるシグナルの検証活性汚泥に対して放射性同位体標識した酢酸、メタノールを投与し、同一試料から抽出したDNAによるアレイとハイブリダイズさせて得られたシグナルのスポットについて、安定同位体プローブ法(SIP法)を用いて各基質を資化する微生物であるかどうかを検証した。5個の陽性プローブと4個の陰性プローブについて塩基配列を解読し、各塩基配列を用い、当該DNAの存在を定量的に測定できるプライマーを設計した。この特異的なPCRプライマーを用い、定量PCR法によりSIP法によって分離した各画分のDNAを定量し、標識基質のDNAへの取り込みを調べたところ、1つを除き検出結果が正しいことを検証した。この結果より、ショットガンアイソトープアレイ法が実際の微生物生態系において、基質を資化した微生物を特異的に検出できる手法であることを示すことができた。以上の結果により、クロスハイブリダイゼーションによる誤陽性の可能性を明らかにするとともに最小限に抑えたうえで、アイソトープアレイによる実環境試料の解析例を、その信頼性とともに示すことができた。
This year's research has been conducted to investigate the specificity of microbial interspecies identification in recent years, and to identify the origin of microorganisms. 1) The specificity of Pseudomonas spp. was studied by using four pure strains of Pseudomonas spp. The DNA fragment of the pure strain is recorded in the sequence of 1. As a result, the heterogeneous strains are highly conserved, and the specific strains are not possible to be identified. The specific strains are highly conserved, and the non-specific strains are more than 10 times stronger than the specific strains. 2) The detection of activated sludge by the method of stable isotope (SIP) is carried out on the basis of the identification of radioactive isotopes by acid and other substances, and the detection of microorganisms by the method of DNA extraction from the same sample. 5 positive and 4 negative DNA fragments were designed to detect the presence of DNA in the DNA fragment. This specific PCR method was used to isolate and quantify DNA in each sample, to identify DNA in the matrix, and to detect the positive results. The results show that the method of microbial ecosystem in practice is suitable for the detection of microbial species. The above results show that there is a minimum amount of information available.
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
微生物叢ゲノム断片プローブを用いたアイソトープアレイによる活性汚泥中の酢酸およびメタノール資化微生物の検出
使用微生物基因组片段探针通过同位素阵列检测活性污泥中的乙酸和甲醇同化微生物
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:飛野智宏;栗栖太;春日郁朗;古米弘明
- 通讯作者:古米弘明
微生物叢ゲノム断片をプローブとするアイソトープアレイによる基質特異的微生物検出手法の〓
以微生物基因组片段为探针的同位素阵列底物特异性微生物检测方法
- DOI:
- 发表时间:2009
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:飛野智宏;栗栖太、春日郁朗、古米弘明
- 通讯作者:栗栖太、春日郁朗、古米弘明
ショットガンアイソトープアレイ法を用いて活性汚泥中から基質特異的に探索した微生物の追跡
使用鸟枪同位素阵列法追踪活性污泥中的底物特异性微生物
- DOI:
- 发表时间:2011
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:飛野智宏;栗栖太;春日郁朗;古米弘明
- 通讯作者:古米弘明
ショットガンアイソトープアレイ法で用いるランダムゲノム断片プローブの特異性の検討
鸟枪式同位素阵列法中随机基因组片段探针特异性的检验
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:飛野智宏;栗栖太;春日郁朗;古米弘明
- 通讯作者:古米弘明
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