動く単純反復配列(mobileーSSR)による染色体高次構造の進化

由于移动简单重复序列（mobile-SSR）引起的染色体构象进化

• 批准号: 19651083
• 负责人: 彦坂 暁
• 金额: $ 1.86万
• 依托单位: Hiroshima University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19651083/
• 关键词: トランスポゾン; 単純反複配列(SSR); MITE; mobile-SSR; 染色体高次構造; 進化; ツメガエル(Xenopus); 単純反復配列(SSR)

1.単純反復配列(SSR)のRNA(Forward鎖、Reverse鎖、両鎖)を発現するベクターを作製するために、clontech社のpDsRed-Expressベクターにメガヌクレァーゼ(I-Sce I)サイトを組み込み、さらにDsRed遺伝子の上流にゼブラフィッシュ(Danio rerio)由来のヒートショック蛋白質hsp70のプロモータを、下流にニシッメガエル(Xenopus tropicalis)由来のSSR配列(Xstir,XR)をForwardとReverseの両方向に組み込んだ。2.SSRによる遺伝子発現への影響をモニターするためのベクターを作製するために、昨年度に作製したpBluescript II(I-Sce I)ベクターにclontech社のpAcGFP-NucベクターのCMVプロモータ-AcGFP遺伝子領域を組み込み、さらにCMVプロモータの領域上流にSSR配列(Xstir,XR)を組み込んだ。3.mobile-SSRが染色体の進化に与えた影響をバイオインフォマティックス的解析によって調べるために、Ruby言語を用いてmobile-SSRを探索するためのプログラムの改良版を作成し、これを用いてニシツメガエルのゲノムデータからmobile-SSRを網羅的に探した(JGIのデータベースを使用)。さらに、4.各T2-MITEサブファミリー由来のmobile-SSRが、ツメガエルの遺伝子に対してどのような位置(遺伝子のコード領域、非翻訳領域、イントロン領域、5'領域、3'領域)に挿入されているかを調べるためのプログラムをRuby言語を用いて作成し、解析を行った。(JGIのアノテーションデータを使用した。)

1. 単 pure repeatedly with column (SSR) の RNA (Forward, Reverse lock, lock that struck lock) を 発 now す る ベ ク タ ー を cropping す る た め に, clontech の pDsRed - Express ベ ク タ ー に メ ガ ヌ ク レ ァ ー ゼ (I - Sce Group I) サ イ ト を み 込 み, さ ら に DsRed posthumous son 伝 の upper に ゼ ブ ラ フ ィ ッ シ ュ (Danio rerio) origin の ヒ ー ト シ ョ ッ ク protein hsp70 の プ ロ モ ー タ を, obscene に ニ シ ッ メ ガ エ ル (Xenopus tropicalis (Xstir,XR)をForwardとReverse <s:1> two directions に groups み込んだ. 2. SSR に よ る posthumous son 伝 発 now へ の influence を モ ニ タ ー す る た め の ベ ク タ ー を cropping す る た め に, yesterday the annual に cropping し た pBluescript II (I - Sce I) ベ ク タ ー に clontech club の pAcGFP - Nuc ベ ク タ ー の CMV プ ロ モ ー タ - AcGFP heritage 伝 sub-fields を group み 込 み, さ ら に CMV プ ロ モ ー タ の field upper に SSR match column (Xstir, XR) を group み 込 ん だ. 3. の に evolution and mobile - SSR が chromosomes え た influence を バ イ オ イ ン フ ォ マ テ ィ ッ ク ス analytical に よ っ て adjustable べ る た め に, Ruby words を い て mobile - SSR を explore す る た め の プ ロ グ ラ ム の modified を し, consummate こ れ を with い て ニ シ ツ メ ガ エ ル の ゲ ノ ム デ ー タ か ら mob The に probe of the ile-SSRを net た(used by JGI <s:1> デ タベ タベ スを スを スを スを). さ ら に, 4. The T2 - MITE サ ブ フ ァ ミ リ ー origin の mobile - SSR が, ツ メ ガ エ ル の posthumous son 伝 に し seaborne て ど の よ う な location (legacy 伝 son の コ ー ド field, not turn 訳 field, イ ン ト ロ ン areas, 5 ', 3 ') に scions into さ れ て い る か を adjustable べ る た め の プ ロ グ ラ ム を を Ruby words Make a て with て and parse the を line った. (JGI アノテ アノテ ショ デ デ タを タを タを タを タを use た た.)

项目成果

Identification and expression-profiling of Xenopus tropicalis miRNAs including plant miRNA-like RNAs at metamorphosis

• DOI: 10.1016/j.febslet.2007.05.054
• 发表时间: 2007-06-26
• 期刊: FEBS LETTERS
• 影响因子: 3.5
• 作者: Hikosaka, Akira;Takaya, Kenji;Kawahara, Akira
• 通讯作者: Kawahara, Akira

カエルのTxpBトランスポゾン

青蛙 TxpB 转座子

• 发表时间: 2008
• 作者: Mitoh;N.;橋本敬;Ishikawa J;彦坂 暁
• 通讯作者: 彦坂 暁

ツメガエルのトランスポゾンTxpBは今も転移活性を保持しているか?

非洲爪蟾转座子 TxpB 是否仍保留转移活性？

• 发表时间: 2007
• 作者: Mitoh;N.;橋本敬;Ishikawa J;彦坂 暁;Liu Y;橋本敬;彦坂 暁
• 通讯作者: 彦坂 暁

Evolution of the Xenopus piggyBac transposon family TxpB:: Domesticated and untamed strategies of transposon subfamilies

• DOI: 10.1093/molbev/msm191
• 发表时间: 2007-12-01
• 期刊: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
• 影响因子: 10.7
• 作者: Hikosaka, Akira;Kobayashi, Toshihiro;Kawahara, Akira
• 通讯作者: Kawahara, Akira

ニシツメガエルのT2-MITE転移因子はサブファミリーごとに転移していた時代が違う

非洲爪蟾的 T2-MITE 转座元件已在不同时间转移至不同亚科。

• 发表时间: 2008
• 作者: 篠原直登;橋本敬;彦坂 暁;辻正二;彦坂 暁
• 通讯作者: 彦坂 暁