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ディスプレイクローニングと計算科学による結合タンパク質の戦略的決定

通过展示克隆和计算科学战略性确定结合蛋白

基本信息

批准号：
15651101
负责人：
菅原二三男
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Tokyo University of Science
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至 2004
项目状态：
已结题

项目摘要

植物ホルモン,ジベレリンの結合タンパク質を決定するため,イネcDNAをファージに組み込み,ディスプレイクローニング法によりジベレリン結合タンパク(gibberellin binding Protein : GBP)の決定を試みた。ビオチン化GA4)をリガンドとし,イネ(Oryza sativa)の培養細胞及び出芽組織(発芽3日目,7日目)から作成したT7ファージライブラリをファージディスプレイ法でスクリーニングした。ファージとビオチン化GA4の結合を,再度ファージディスプレイ法を用いて確かめると,培養細胞ライブラリ由来の1種,出芽組織ライブラリ由来の2種のファージで結合が見られた。これら3種のファージが提示しているアミノ酸配列をDNA配列から推測すると,それぞれ,培養細胞ライブラリ由来ファージは17残基,出芽組織ライブラリ由来ファージは5残基及び10残基のペプチドを提示していた。ファージディスプレイ法で結合の最も強く見られた,培養細胞ライブラリ由来の17残基のペプチドを表面プラズモン共鳴によって結合解析をした結果,センサーチップ上に固定したペプチドとジベレリンA4の結合が確認された。この3種のペプチドのアミノ酸配列を,遺伝子データベースで検索すると,5残基で構成されるペプチド1種について,alpha-expansin2及び,nodulinと相同性が見られた。alpha-expansin2及び,nodulinをクローニングしてタンパク質を得,表面プラズモン共鳴センサーにより生体分子相互作用解析を試みようとした。しかしながら,当該遺伝子は大腸菌では全く発現しなかった。そこで,無細胞タンパク質発現系なども試みたが,事態は全く改善されていない。今後ファージディスプレイを改変した結合解析法を開発しているので,その方法を適用する予定である。

Plant cDNA binding protein (Gibberellin binding protein : GBP) determination was performed using the cDNA binding protein (Gibberellin binding Protein : GBP) method. Culture cells and budding tissues of Oryza sativa (3 days, 7 days) were prepared by the method of culture. The combination of GA4 and GA4 was confirmed by the method of culture, and the combination of GA 4 and GA 4 was confirmed by the method of culture. These three types of DNA sequences suggest that the sequence of DNA sequences may be derived from the 17 residues in cultured cells, and the sequence of DNA sequences may be derived from the 5 residues and 10 residues in budding tissues. The most intense binding activity was observed by the method of protein synthesis, and the binding activity of 17 residues in cultured cells was confirmed by the method of protein synthesis. These three kinds of amino acid sequences, gene sequences, and 5 residue compositions were selected from one kind of amino acid sequence,alpha-expansin2, and nodulin. Alpha-expansin2 and nodulin-based molecular interaction analysis When the bacteria turn to E. coli, they turn to E. coli. The situation is completely improved. In the future, the method of combining analytical methods will be developed and applied.

项目成果

期刊论文数量（44）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

hEP1 Receptor Third Cytoplasmic Loop : A New Target for Camptothecin Identified by Phage Display Technology

hEP1 受体第三胞质环：噬菌体展示技术鉴定喜树碱的新靶点

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Biochemistry (In press)
影响因子：
0
作者：
Yoichi Takakusagi;Keisuke Ohta;Kouji Kuramochi;Kengo Morohashi;Susumu Kobayashi;Kengo Sakaguchi;Fumio Sugawara
通讯作者：
Fumio Sugawara

Structure-activity relationships of epolactaene analogs as DNA polymerases inhibitors.

DOI：
10.1016/j.bmc.2004.03.007
发表时间：
2004-05
期刊：
Bioorganic & medicinal chemistry
影响因子：
3.5
作者：
Kouji Kuramochi;Y. Mizushina;Seigo Nagata;F. Sugawara;K. Sakaguchi;Susumu Kobayashi
通讯作者：
Kouji Kuramochi;Y. Mizushina;Seigo Nagata;F. Sugawara;K. Sakaguchi;Susumu Kobayashi

Precise structural elucidation of dehydroaltenusin, a specific inhibitor of mammalian DNA polymerase alpha.

脱氢阿藤菌素（一种哺乳动物 DNA 聚合酶 α 的特异性抑制剂）的精确结构阐明。