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トランスクリプトーム関連解析によるコムギ種子関連シス・トランス因子の網羅的単離

通过转录组相关分析全面分离小麦种子相关顺反因子

基本信息

批准号：
21K20585
负责人：
西嶋遼
金额：
$ 2万
依托单位：
Fukui Prefectural University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-08-30 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

一般に異質倍数体種は祖先二倍体種に比べて高いストレス耐性を示す。これは、様々な環境に応じて同祖遺伝子の発現を調整し、使い分けることで、適応性を向上させてきたためと考えられている。近年、モデル植物の異質倍数体種において、ゲノム間クロストークによる発現バイアスと有用形質との関連性が議論されてきたが、特にコムギではゲノムの大きさと複雑性から理解が進んでこなかった。本研究では、倍数性進化の過程を人為的に再現した合成６倍体コムギ系統群と、祖先二倍体種のゲノム多型情報を組み合わせることによって、コムギにおけるトランスクリプトーム関連解析の適用可能性を検証する。植物の発生段階の任意の一点、あるいはストレス条件下で働くシス・トランス因子を網羅的に単離できれば、エンハンサーの改変など、新たな育種への展開が期待される。本年度は、合成パンコムギ82系統ならびにABゲノム提供親の４倍体品種Langdonの開花１週間後の胚乳を材料にトランスクリプトーム解析を行った。研究計画時点ではBrAD-seq法(Townsley et al. 2015)による3’末端RNA-seqライブラリを予定していたが、同祖遺伝子を判別できなくなると考え、全長のライブラリに変更した。パンコムギ参照配列(the IWGSC RefSeq v2.1 from URGI repository: Alaux et al. 2018)由来のABゲノムとタルホコムギ参照配列(Aet_v5.0: Wang et al. 2021)を統合した擬似合成パンコムギ参照配列に対し、EAGLE-RC (Kuo et al. 2018)を用いて同祖遺伝子を区別しながらリードをマッピングした。その結果、発現していた7726同祖遺伝子群のうち、84.1%はサブゲノム間で発現に差がなく、15.9%はいずれか１つのサブゲノムで高発現ないし低発現を示した。

A heteroploid species is more tolerant than an ancestral diploid species. The environment is different from the environment. The environment is different from the environment. The environment is different from the environment. In recent years, the heteroploid species of plants have been discussed in detail, and the relationship between heteroploid species and useful species has been discussed in detail. In this study, we artificially reproduced the process of polyploidy evolution, synthesized hexploidy phylogenetic groups, and ancestral diploid species, and demonstrated the applicability of polytypic information to association analysis. Any point in the growth stage of a plant, under the condition that the plant is growing, and the plant is growing. This year, the analysis of endosperm material from tetraploid variety Langdon within one week after flowering was carried out. The time point of the study plan was determined by BrAD-seq method (Townsley et al. 2015), and the 3 'terminal RNA-seq method was used to determine the identity, identity, and length of the gene. The IWGSC RefSeq v2.1 from URGI repository: Alaux et al. 2018) is derived from the AB RefSeq v5.0: Wang et al. 2021), which is integrated into the EAGLE-RC (Kuo et al. 2018). The results showed that 7726 of them were found to be related to the genetic group, 84.1% of them were found to be related to the genetic group, and 15.9% of them were found to be related to the genetic group.