トランスクリプトーム関連解析によるコムギ種子関連シス・トランス因子の網羅的単離

通过转录组相关分析全面分离小麦种子相关顺反因子

• 批准号: 21K20585
• 负责人: 西嶋 遼
• 金额: $ 2万
• 依托单位: Fukui Prefectural University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-08-30 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K20585/
• 关键词: 合成パンコムギ; タルホコムギ; ゲノム間クロストーク; シス・トランス因子; 種子; 胚乳; RNA-seq; トランスクリプトーム関連解析; 合成６倍体コムギ; トランスクリプトーム; 異質倍数体; 祖先野生種; コムギ

一般に異質倍数体種は祖先二倍体種に比べて高いストレス耐性を示す。これは、様々な環境に応じて同祖遺伝子の発現を調整し、使い分けることで、適応性を向上させてきたためと考えられている。近年、モデル植物の異質倍数体種において、ゲノム間クロストークによる発現バイアスと有用形質との関連性が議論されてきたが、特にコムギではゲノムの大きさと複雑性から理解が進んでこなかった。本研究では、倍数性進化の過程を人為的に再現した合成６倍体コムギ系統群と、祖先二倍体種のゲノム多型情報を組み合わせることによって、コムギにおけるトランスクリプトーム関連解析の適用可能性を検証する。植物の発生段階の任意の一点、あるいはストレス条件下で働くシス・トランス因子を網羅的に単離できれば、エンハンサーの改変など、新たな育種への展開が期待される。本年度は、合成パンコムギ82系統ならびにABゲノム提供親の４倍体品種Langdonの開花１週間後の胚乳を材料にトランスクリプトーム解析を行った。研究計画時点ではBrAD-seq法(Townsley et al. 2015)による3’末端RNA-seqライブラリを予定していたが、同祖遺伝子を判別できなくなると考え、全長のライブラリに変更した。パンコムギ参照配列(the IWGSC RefSeq v2.1 from URGI repository: Alaux et al. 2018)由来のABゲノムとタルホコムギ参照配列(Aet_v5.0: Wang et al. 2021)を統合した擬似合成パンコムギ参照配列に対し、EAGLE-RC (Kuo et al. 2018)を用いて同祖遺伝子を区別しながらリードをマッピングした。その結果、発現していた7726同祖遺伝子群のうち、84.1%はサブゲノム間で発現に差がなく、15.9%はいずれか１つのサブゲノムで高発現ないし低発現を示した。

Generally, the に heteroploid species に and the ancestral diploid species に are higher than the べて. The ストレス tolerance を indicates す. こ れ は, others 々 な environment に 応 じ て to heritage 伝 son の 発 を adjust し now, make い け る こ と で upward, optimum 応 を さ せ て き た た め と exam え ら れ て い る. In recent years, モ デ ル の heterogeneous multiple body species に お い て, ゲ ノ ム between ク ロ ス ト ー ク に よ る 発 now バ イ ア ス と useful character と の masato even sex talk が さ れ て き た が, に コ ム ギ で は ゲ ノ ム の big き さ と complex 雑 sex か ら understand が into ん で こ な か っ た. This study で は, ploidy evolution の を artificial に reappears し た 6 times synthetic body コ ム ギ system group of と, diploid ancestors の ゲ ノ ム type intelligence group を み multiplexing わ せ る こ と に よ っ て, コ ム ギ に お け る ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム masato analytical の applicable possibility even を 検 card す る. Plant の 発 raw Duan Jie の arbitrary の point, あ る い は ス ト レ ス conditions で 働 く シ ス · ト ラ ン ス factor を snare に 単 from で き れ ば, エ ン ハ ン サ ー の change - な ど, new た な breeding へ の expand が expect さ れ る. This year は, synthetic パ ン コ ム ギ 82 system な ら び に AB ゲ ノ ム offers 4 times pro の body Langdon の flowering after 1 week between の endosperm を material に ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing line を っ た. Research projects point で は BrAD - seq method (Townsley et al. 2015) に よ る 3 'ends of RNA - seq ラ イ ブ ラ リ を designated し て い た が, to chose 伝 を discriminant で き な く な る と え test, the total length of の ラ イ ブ ラ リ に - more し た. Youdaoplaceholder0 コムギ コムギ コムギ reference configuration (the IWGSC RefSeq v2.1 from URGI repository: Alaux et al. 2018) from the <s:1> ABゲノムとタ ホコムギ ホコムギ reference configuration (Aet_v5.0:) Wang et al. 2021) を integration し た quasi synthetic パ ン コ ム ギ reference to match column に し polices, the EAGLE - RC (Kuo et al. 2018) を い て to heritage 伝 son を difference し な が ら リ ー ド を マ ッ ピ ン グ し た. そ の results, 発 now し て い た 7726 to heritage 伝 subgroup の う ち, 84.1% は サ ブ ゲ ノ ム で between poor 発 now に が な く, 15.9% は い ず れ か 1 つ の サ ブ ゲ ノ ム で high 発 now な い し low 発 を now shown し た.

项目成果

畑作条件で栽培した世界のイネ品種のトランスクリプトーム解析

世界各地旱作水稻品种的转录组分析

• 发表时间: 2021
• 作者: 川勝泰二;寺本翔太;西嶋遼;高安聡子;丸山奈津子;木富悠花;宇賀優作
• 通讯作者: 宇賀優作

Targeted Amplicon Sequencingによる国内コムギ品種の深根性遺伝子DRO1の多型解析

定向扩增子测序对国产小麦品种深根基因DRO1多态性分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 中野悠平;西嶋遼
• 通讯作者: 西嶋遼

ナデシコ属植物における接触刺激に対する遺伝子発現変動解析

石竹植物响应接触刺激的基因表达变异分析

• 发表时间: 2022
• 作者: 西嶋 遼;アルビン サンジャヤ;篠山 治恵;風間 裕介
• 通讯作者: 風間 裕介

シロイヌナズナ染色体における遺伝子量補正の調査

拟南芥染色体基因剂量校正的研究

• 发表时间: 2022
• 作者: 生駒拓也;サンジャヤ アルビン;池田美穂;西嶋遼;村井耕二;阿部知子;風間裕介
• 通讯作者: 風間裕介

Touch-Induced Transcriptional Changes in Flower Buds of a Non-Model Horticultural Plant Dianthus hybrida

非模型园艺植物石竹花芽中触摸诱导的转录变化

• DOI: 10.3390/horticulturae8100918
• 发表时间: 2022
• 期刊: Horticulturae
• 影响因子: 3.1
• 作者: Nishijima Ryo;Sanjaya Alvin;Shinoyama Harue;Kazama Yusuke
• 通讯作者: Kazama Yusuke