トランスクリプトーム関連解析によるコムギ種子関連シス・トランス因子の網羅的単離

通过转录组相关分析全面分离小麦种子相关顺反因子

基本信息

  • 批准号:
    21K20585
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 2万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
  • 财政年份:
    2021
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2021-08-30 至 2024-03-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

一般に異質倍数体種は祖先二倍体種に比べて高いストレス耐性を示す。これは、様々な環境に応じて同祖遺伝子の発現を調整し、使い分けることで、適応性を向上させてきたためと考えられている。近年、モデル植物の異質倍数体種において、ゲノム間クロストークによる発現バイアスと有用形質との関連性が議論されてきたが、特にコムギではゲノムの大きさと複雑性から理解が進んでこなかった。本研究では、倍数性進化の過程を人為的に再現した合成6倍体コムギ系統群と、祖先二倍体種のゲノム多型情報を組み合わせることによって、コムギにおけるトランスクリプトーム関連解析の適用可能性を検証する。植物の発生段階の任意の一点、あるいはストレス条件下で働くシス・トランス因子を網羅的に単離できれば、エンハンサーの改変など、新たな育種への展開が期待される。本年度は、合成パンコムギ82系統ならびにABゲノム提供親の4倍体品種Langdonの開花1週間後の胚乳を材料にトランスクリプトーム解析を行った。研究計画時点ではBrAD-seq法(Townsley et al. 2015)による3’末端RNA-seqライブラリを予定していたが、同祖遺伝子を判別できなくなると考え、全長のライブラリに変更した。パンコムギ参照配列(the IWGSC RefSeq v2.1 from URGI repository: Alaux et al. 2018)由来のABゲノムとタルホコムギ参照配列(Aet_v5.0: Wang et al. 2021)を統合した擬似合成パンコムギ参照配列に対し、EAGLE-RC (Kuo et al. 2018)を用いて同祖遺伝子を区別しながらリードをマッピングした。その結果、発現していた7726同祖遺伝子群のうち、84.1%はサブゲノム間で発現に差がなく、15.9%はいずれか1つのサブゲノムで高発現ないし低発現を示した。
A heteroploid species is more tolerant than an ancestral diploid species. The environment is different from the environment. The environment is different from the environment. The environment is different from the environment. In recent years, the heteroploid species of plants have been discussed in detail, and the relationship between heteroploid species and useful species has been discussed in detail. In this study, we artificially reproduced the process of polyploidy evolution, synthesized hexploidy phylogenetic groups, and ancestral diploid species, and demonstrated the applicability of polytypic information to association analysis. Any point in the growth stage of a plant, under the condition that the plant is growing, and the plant is growing. This year, the analysis of endosperm material from tetraploid variety Langdon within one week after flowering was carried out. The time point of the study plan was determined by BrAD-seq method (Townsley et al. 2015), and the 3 'terminal RNA-seq method was used to determine the identity, identity, and length of the gene. The IWGSC RefSeq v2.1 from URGI repository: Alaux et al. 2018) is derived from the AB RefSeq v5.0: Wang et al. 2021), which is integrated into the EAGLE-RC (Kuo et al. 2018). The results showed that 7726 of them were found to be related to the genetic group, 84.1% of them were found to be related to the genetic group, and 15.9% of them were found to be related to the genetic group.

项目成果

期刊论文数量(12)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
畑作条件で栽培した世界のイネ品種のトランスクリプトーム解析
世界各地旱作水稻品种的转录组分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    川勝泰二;寺本翔太;西嶋遼;高安聡子;丸山奈津子;木富悠花;宇賀優作
  • 通讯作者:
    宇賀優作
Targeted Amplicon Sequencingによる国内コムギ品種の深根性遺伝子DRO1の多型解析
定向扩增子测序对国产小麦品种深根基因DRO1多态性分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    中野悠平;西嶋遼
  • 通讯作者:
    西嶋遼
ナデシコ属植物における接触刺激に対する遺伝子発現変動解析
石竹植物响应接触刺激的基因表达变异分析
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西嶋 遼;アルビン サンジャヤ;篠山 治恵;風間 裕介
  • 通讯作者:
    風間 裕介
シロイヌナズナ染色体における遺伝子量補正の調査
拟南芥染色体基因剂量校正的研究
  • DOI:
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    生駒拓也;サンジャヤ アルビン;池田美穂;西嶋遼;村井耕二;阿部知子;風間裕介
  • 通讯作者:
    風間裕介
Touch-Induced Transcriptional Changes in Flower Buds of a Non-Model Horticultural Plant Dianthus hybrida
非模型园艺植物石竹花芽中触摸诱导的转录变化
  • DOI:
    10.3390/horticulturae8100918
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.1
  • 作者:
    Nishijima Ryo;Sanjaya Alvin;Shinoyama Harue;Kazama Yusuke
  • 通讯作者:
    Kazama Yusuke
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  • DOI:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
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  • 作者:
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  • 通讯作者:
    寿崎 拓哉
硝酸に応答した根粒形成制御におけるNRSYM1及びNRSYM2の役割
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西田 帆那;鈴木 孝征;伊藤 百代;野元 美佳;多田 安臣;西嶋 遼;川勝 泰二;川口 正代司;寿崎 拓哉
  • 通讯作者:
    寿崎 拓哉
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  • DOI:
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西田 帆那;野元 美佳;伊藤 百代;鈴木 孝征;川勝 泰二;西嶋 遼;多田 安臣;川口 正代司;寿崎 拓哉
  • 通讯作者:
    寿崎 拓哉

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    19J01028
  • 财政年份:
    2019
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    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows

相似海外基金

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  • 批准号:
    23K23573
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    2024
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  • 批准号:
    22K05586
  • 财政年份:
    2022
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    2022
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  • 批准号:
    20K05777
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 2万
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    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
パンコムギの起原地はどこか?:植物遺伝学と考古植物学の協働による学際的研究
面包小麦的原产地是哪里?
  • 批准号:
    20K20720
  • 财政年份:
    2020
  • 资助金额:
    $ 2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
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  • 批准号:
    19KK0157
  • 财政年份:
    2019
  • 资助金额:
    $ 2万
  • 项目类别:
    Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
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  • 批准号:
    18H02179
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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  • 批准号:
    18F18080
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
高速シーケンサーを用いたコムギ遺伝子の迅速単離法の開発
利用高速测序仪开发小麦基因快速分离方法
  • 批准号:
    16J03477
  • 财政年份:
    2016
  • 资助金额:
    $ 2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Gene mining of wheat-related wild species for heat tolerant breeding
小麦相关野生物种的基因挖掘用于耐热育种
  • 批准号:
    15H04437
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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