仮親を伴うシングル・ステップ法における育種価予測値のバイアス発生メカニズムの解明

点击翻译按钮获取中文摘要

シングルステップ法は、観測データ、血縁関係、ゲノム情報を結びつけることで個々の育種価を予測し、特に情報量の少ない若齢個体の選抜の正確度を向上させるゲノミック選抜手法である。血縁情報はしばしば欠損するため、血統表の不明親に「仮親」を割り当て、育種価予測値の偏りを軽減するモデルが提案されている。本研究の目的は、血縁関係に欠損がある場合に、情報量の欠落に応じて育種価予測値がどのように偏るかを調査し、偏りの少ない最適な仮親モデルを提案することを目指す。以下、本年度の進捗をシミュレーションデータの解析、実データの解析、および脱回帰（de-regression）法による実用度の検討に分けて記す。シミュレーションデータの解析にあたり、データを生成するコンピュータプログラムの改修を行った。このプログラムは、乳用牛の繁殖構造を模した集団を想定し、表現型値と血縁関係のほか、各個体の一塩基多型（SNP）を含むゲノム情報を生成した。データ生成後に母方の血縁情報を欠損させた。いくつかの欠損のパターンを試験した。育種価の予測にはシングルステップ法を採用した。結果は、昨年の血縁のみを含むデータと類似した。すなわち、仮親を含めると、遺伝的トレンドは真値に近づいたが、仮親のもつ個体数が十分ではない場合にはバイアスを除去できなかった。実データの解析においては、モデルの違いは、遺伝的トレンドの違いに大きなインパクトを及ぼさなかった。しかしながら、分析に用いるゲノム情報が比較的少ないとき、特定の仮親モデルでは育種価の予測が不安定となった。本研究では、シングルステップ法における脱回帰の方法を新たに提案し、そのためのコンピュータソフトウエアも開発した。脱回帰にかかる時間は、12万頭分のゲノム情報を用いても2分程度であり、十分に実用的とみなされた。