Protein function and module shuffling

蛋白质功能和模块改组

• 批准号: 11559007
• 负责人: GO Mitiko
• 金额: $ 8.83万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 1999
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1999 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-11559007/
• 关键词: module; Protein function; 3D keynote; intron; Gonome information; molecular interaction; protein conformation; deta base; タンパク質機能; イントロン; ゲノム機能予測; モジュールシャッフリング; DNA結合; 形質転換; らん藻ゲノム; 金属イオン結合; リン酸基結合; キシラナーゼ

The aim of this research project was to develop a method to predict function of proteome on the bases of knowledge of protein module.Since module is defined by using three-dimensional structure of proteins, its conformation and function are conserved during evolutionary processes. Thus, it is valuable, to use module information than to use amino acid sequence signature or motifs in prediction of genome function. We have deduced sequence pattern information by classification of modules, developed 3D-key note method and applied it to predict function of genome sequences of various species. Our prediction for a gene was proved experimentally in cyanobacterium Synechocystis. Particularly, we applied our method to annotate human genome. We published several papers and data bases as products of this project (URL:http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/golab/hetpdbnavi.html), (URL:http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/famsbase/index.html), (URL:http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/keynote/AK074299.html).

本研究的目的是在蛋白质模块知识的基础上发展一种预测蛋白质组功能的方法，由于模块是由蛋白质的三维结构定义的，所以它的构象和功能在进化过程中是保守的。因此，在基因组功能预测中，使用模块信息比使用氨基酸序列签名或基序更有价值。我们通过模块分类推导了序列模式信息，发展了3D-Key Note方法，并将其应用于各种物种基因组序列的功能预测。我们对一个基因的预测在蓝藻聚球藻中得到了实验验证。特别是，我们将我们的方法应用于人类基因组的注释。作为(URL:http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/golab/hetpdbnavi.html)，(URL:http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/famsbase/index.html)，(URL:http://daisy.nagahama-i-bio.ac.jp/keynote/AK074299.html).项目的产品，我们发表了多篇论文和数据库

项目成果

Hiroike, T.et al.: "A local structural alignment method that accommodates with circular permutation."CBI Journal. 1. 103-114 (2001)

Hiroike, T.et al.：“一种适应循环排列的局部结构对齐方法。”CBI 杂志。

由良敬(分担執筆): "タンパク質立体構造に基づくゲノム機能予測,「ゲノム情報生物学-bio-informatics と information biology」"中山書店. 210 (2000)

Takashi Yura（合著者）：“基于蛋白质3D结构的基因组功能预测，‘基因组信息生物学-生物信息学和信息生物学’”Nakayama Shoten 210（2000）。

Shionyu, M. et al.: "Variable subunit contact and cooperativity of hemoglobins."J.Mol.Evol.. 53. 416-429 (2001)

Shionyu, M. 等人：“血红蛋白的可变亚基接触和协同性。”J.Mol.Evol.. 53. 416-429 (2001)

Yura, K., Go, M.: "Prediction of Genome Function on the Basis of Module : 3D-Key note"Tanpakushitsu Kakusan Kouso. 47. 1090-1096 (2002)

Yura, K., Go, M.：“基于模块的基因组功能预测：3D-Key note”Tanpakushitsu Kakusan Kouso。

Go, M., (joint contribution): "Basic Proteomics, "Exploring Protein Function from Its Structure""Kodansha. 166 (2000)

Go, M.（共同贡献）：“基础蛋白质组学，“从结构探索蛋白质功能””讲谈社。