Studying Function of Alternative Splicing Products Based on Protein Structure Modeling

基于蛋白质结构建模的选择性剪接产物功能研究

• 批准号: 18370061
• 负责人: GO Mitiko
• 金额: $ 11.65万
• 依托单位: Ochanomizu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18370061/
• 关键词: タンパク質立体構造; 選択的スプライシング; ホモロジーモデリング; データベース; RNA編集; 機能部位; モジュール; 蛋白質間相互作用; 理論生物学; バイオインフォマティクス; RNA; リガンド結合部位

The number of genes in the genome was turned out to be unexpectedly small and alternative splicing (AS), a mechanism to produce more than one product out of a single gene, is expected to fill the gap in the numbers. It is difficult to experimentally elucidate the mechanisms of functional diversity of proteins produced by alternative splicing of the single genes. We built methods to identify AS products from the measured data, to predict structures of AS products (proteins), and to estimate difference of biochemical function of the products. The methods elucidated the differences in a number of cases.

基因组中的基因数量出人意料地少，而选择性剪接（AS）——一种从单个基因中产生多个产物的机制——有望填补这一数量上的空白。单基因选择性剪接产生的蛋白的功能多样性机制很难通过实验来阐明。我们建立了从测量数据中识别AS产物的方法，预测AS产物（蛋白质）的结构，并估计产物的生化功能差异。这些方法阐明了在许多情况下的差异。

项目成果

選択的スプライシングがもたらすタンパク質構造への影響

选择性剪接对蛋白质结构的影响

• 发表时间: 2007
• 作者: 郷通子;由良敬;高橋健一;塩生真史
• 通讯作者: 塩生真史

Systematic detection of protein regions affected by alternative splicing

系统检测受选择性剪接影响的蛋白质区域

• 发表时间: 2006
• 作者: Shionyu;M.;Yura;K.;Hijikata;A.;Nakahara;T.;Shinoda;K.;Yamaguchi;A.;Takahashi;K.;Go;M.
• 通讯作者: M.

遺伝情報の流れの複雑性からみる生物進化

从遗传信息流的复杂性看生物进化

• 发表时间: 2010
• 作者: Masafumi Shionyu;Ken-ichi Takahashi;Mitiko Go;郷通子
• 通讯作者: 郷通子

植物オルガネラにおけるRNAエディティングの部位とタンパク質立体構造の関係

植物细胞器中RNA编辑位点与蛋白质结构的关系

• 发表时间: 2008
• 作者: 郷通子;由良敬
• 通讯作者: 由良敬

Survey of conserved alternative splicing events of mRNAs encoding SR proteins in land plants

• DOI: 10.1093/molbev/msj118
• 发表时间: 2006-05-01
• 期刊: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
• 影响因子: 10.7
• 作者: Iida, K;Go, M
• 通讯作者: Go, M