Target identification with systematic CRISPR-based chemical-genetic profiling in human HAP1 cells
在人类 HAP1 细胞中使用基于 CRISPR 的系统化学遗传分析进行靶标识别
基本信息
- 批准号:22H02224
- 负责人:
- 金额:$ 11.23万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2025-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
We proposed to build and apply a genome-wide chemical genomic interaction screening platform in a human HAP1 cell line (a near-haploid cell line derived from a leukemic cell line), to functionally characterize compounds and elucidate their targets in human cells. Our unique and innovative approach will lead to the establishment of a reference human chemical-genetic interaction database for compounds with known modes of action, and the functional annotation of previously uncharacterized compounds from the RIKEN Natural Product Depository (NPDepo) or the University of Tokyo Drug Discovery Initiative (DDI) Core Library. We will biochemically validate roles of a collection of promising tool compounds that can be used to explore diverse aspects of cell biology and exploited as potential leads for drug development. In FY2022, we employed and set up a unique CRISPR-Cas9 gRNA library, the Toronto KnockOut library v3, covering ~18,000 human genes to enable genome-wide scale loss of function screens in mammalian cells. To select bioactive compounds to be examined in the human chemical genomics pipeline, we screened the RIKEN NPDepo and the University of Tokyo DDI Core Library for the compounds that possess strong and highly conserved target predictions based on our integrated yeast chemical-genetic platform.
我们建议在人类HAP 1细胞系(一种来自白血病细胞系的近单倍体细胞系)中建立并应用全基因组化学基因组相互作用筛选平台,以功能表征化合物并阐明其在人类细胞中的靶点。我们独特的创新方法将导致建立一个参考人类化学-遗传相互作用数据库,用于具有已知作用模式的化合物,以及来自RIKEN天然产物保藏中心(NPDepo)或东京大学药物发现倡议(DDI)核心图书馆的先前未表征化合物的功能注释。我们将生物化学验证一系列有前途的工具化合物的作用,这些化合物可用于探索细胞生物学的各个方面,并可作为药物开发的潜在线索。于2022财政年度,我们采用并建立了一个独特的CRISPR-Cas9 gRNA文库(多伦多KnockOut library v3),涵盖约18,000个人类基因,以在哺乳动物细胞中进行全基因组规模的功能缺失筛选。为了选择在人类化学基因组学管道中进行检查的生物活性化合物,我们筛选了RIKEN NPDepo和东京大学DDI核心库,以获得基于我们的集成酵母化学遗传平台具有强大和高度保守的目标预测的化合物。
项目成果
期刊论文数量(9)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
University of Toronto/University of British Columbia(カナダ)
多伦多大学/英属哥伦比亚大学(加拿大)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Mapping Genetic and Chemical Genetic Interaction Networks in Yeast and Human Cells
绘制酵母和人类细胞中的遗传和化学遗传相互作用网络
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Persaud;R.;Li;SC.;Chao;JD.;Forestieri;R.;Donohue;E.;Balgi;AD.;Zheng;X.;Chao;JT.;Yashiroda;Y.;Yoshimura;M.;Loewen;CJR.;Gingras;AC.;Boone;C.;Av-Gay;Y.;Roberge;M.;Andersen;RJ.;Boone C
- 通讯作者:Boone C
S. pombeケミカルゲノミクス法を用いた海産環状グアニジンアルカロイド化合物の作用機序解明
利用粟酒裂殖酵母化学基因组学方法阐明海洋环胍生物碱化合物的作用机制
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:八代田陽子;木村寛美;吉村麻美;野口峻太朗;Sheena Li;Luis A. Vega I.;河村優美;吉田稔;酒井隆一;Charles Boone
- 通讯作者:Charles Boone
Clionamines stimulate autophagy, inhibit Mycobacterium tuberculosis survival in macrophages, and target Pik1
Clionamines 刺激自噬,抑制巨噬细胞中结核分枝杆菌的存活,并靶向 Pik1
- DOI:10.1016/j.chembiol.2021.07.017
- 发表时间:2021
- 期刊:
- 影响因子:8.6
- 作者:Persaud;R.;Li;SC.;Chao;JD.;Forestieri;R.;Donohue;E.;Balgi;AD.;Zheng;X.;Chao;JT.;Yashiroda;Y.;Yoshimura;M.;Loewen;CJR.;Gingras;AC.;Boone;C.;Av-Gay;Y.;Roberge;M.;Andersen;RJ.
- 通讯作者:RJ.
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