カキのゲノム進化に基づく果実の形状多様性獲得モデルの構築
基于牡蛎基因组进化的果实形状多样性获取模型的构建
基本信息
- 批准号:22H02339
- 负责人:
- 金额:$ 11.15万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2026-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
当該年度までは栽培ガキの近縁二倍体野生種マメガキを参照ゲノムとして用いていたが、新たに、PacBio HiFiリードを用いたアセンブルおよびマニュアルアンカリングにより、六倍体栽培ガキ「太秋」の染色体レベルでの全ゲノム配列を決定した。これを新たな参照ゲノム情報として、多様なカキ品種群におけるGWAS・eGWAS解析および集団構造解析を行った。この結果から、栽培ガキでは、品種群ごとに独自の果実形状多様性を獲得しており、その分子機作も系統群ごとに異なっている可能性が示唆された。一方、この決定分子機作には潜在的な共通性があり、いずれもサイトカイニンシグナルに応答する経路を基礎とするものであり、六倍体化によって得られた新しい応答系を参照している可能性も考えられた。一方、カキ品種群の集団構造はランダムに分布しており、果実形状主成分軸と相関する構造軸やクラスタ化は見られなかった。栽培ガキ主要品種である「平核無」とその枝変わりでコマ型果実形を示す「孝子丸」における比較経時的トランスクリプトーム解析から、細胞分裂や障害応答性因子、サイトカイニンシグナル経路に関与する因子群(AP3, HB4, NAC29など)を原因因子候補として捉えており、これらの因子を中果皮生育期特異的に発現するプロモーター群に接続し、タバコでの異所的発現を試みた。その結果、特にAP3およびHB3において、中果皮相当部の細胞分裂に変化を生じるとともに、いずれの系統に置いても単為結果性の誘導が認められた。
When the annual ま で は cultivation ガ キ の nearly try diploid wild マ メ ガ キ を reference ゲ ノ ム と し て in い て い た が, new た に, PacBio HiFi リ ー ド を with い た ア セ ン ブ ル お よ び マ ニ ュ ア ル ア ン カ リ ン グ に よ り, hexaploid cultivation ガ キ "autumn" の chromosome レ ベ ル で の full ゲ ノ ム match column を decided し た. こ れ を new た な reference ゲ ノ ム intelligence と し て, many others な カ キ varieties of に お け る GWAS · eGWAS parsing お よ び set 団 structure line を っ た. こ の results か ら, cultivation ガ キ で は, variety of ご と に の fruit be alone shape how others を acquired し て お り, そ の molecular machine system も group ご と に different な っ て い が る possibility in stopping さ れ た. Side, こ の decided molecular machine be に は potential な convergence が あ り, い ず れ も サ イ ト カ イ ニ ン シ グ ナ ル に 応 answer す る を 経 road foundation と す る も の で あ り, hexaploid に よ っ て have ら れ た new し い 応 answer is を reference し て い る possibility も exam え ら れ た. Party, カ キ varieties の set 団 constructing は ラ ン ダ ム に distribution し て お り, fruit shape be principal component shaft と masato す る tectonic axis や ク ラ ス タ change は see ら れ な か っ た. Main varieties cultivated ガ キ で あ る "flat nuclear without" と そ の branch - わ り で コ マ type fruit be shaped を shown す "son pill" に お け る compare when 経 ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム parsing か ら, cell division や handicap of 応 answer sex factor, サ イ ト カ イ ニ ン シ グ ナ ル 経 road に masato and す る factor group (AP3, HB4, NAC29 な ど) を reason factor alternate と し て catch え て お り, こ れ ら の factor を mesocarp growth period specific に 発 now す る プ ロ モ ー タ ー group に meet 続 し, タ バ コ で の 発 を now try by different み た. そ の results, に AP3 お よ び HB3 に お い て, mesocarp quite に の cell division - the を raw じ る と と も に, い ず れ の system に buy い て も 単 sex for results の induced が recognize め ら れ た.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
カキ品種 '太秋' の全ゲノム解読から紐解くポストY染色体の急速進化
牡蛎品种“太叔”全基因组测序揭示后Y染色体的快速进化
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Ayano Horiuchi;Kanae Masuda;Noriyuki Onoue;Ryusuke Matsuzaki;Kenta Shirasawa;Yasutaka Kubo;Koichiro Ushijima;Takashi Akagi;堀内綾乃・増田佳苗・白澤健太・尾上典之・藤田尚子・牛島幸一郎・赤木剛士
- 通讯作者:堀内綾乃・増田佳苗・白澤健太・尾上典之・藤田尚子・牛島幸一郎・赤木剛士
Evolution of lineage-specific fruit shape diversification in hexaploid persimmon cultivars
六倍体柿品种谱系特异性果形多样化的进化
- DOI:
- 发表时间:2023
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Ayano Horiuchi;Kanae Masuda;Noriyuki Onoue;Ryusuke Matsuzaki;Kenta Shirasawa;Yasutaka Kubo;Koichiro Ushijima;Takashi Akagi
- 通讯作者:Takashi Akagi
六倍体カキ品種群の分化経路と果実形状多様性の獲得
六倍体柿品种分化途径及果实形状多样性的获得
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Shiraki Saaya;Fujiwara Kazumasa;Kamiya Yoshiki;Akter Mst. Arjina;Dennis Elizabeth S.;Fujimoto Ryo;Mehraj Hasan;吉野早紀・豊福恭子・曽根千晴・小川敦史;堀内綾乃・増田佳苗・尾上典之・松崎隆介・白澤健太・久保康隆・牛島幸一郎・赤木剛士
- 通讯作者:堀内綾乃・増田佳苗・尾上典之・松崎隆介・白澤健太・久保康隆・牛島幸一郎・赤木剛士
六倍体カキ品種群に特異な果実形状多様性に関わる集団遺伝学的解析
六倍体牡蛎品种果实形状多样性相关的群体遗传分析
- DOI:
- 发表时间:2022
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:堀内綾乃・増田佳苗・尾上典之・松崎隆介・白澤健太・久保康隆・牛島幸一郎・赤木剛士
- 通讯作者:堀内綾乃・増田佳苗・尾上典之・松崎隆介・白澤健太・久保康隆・牛島幸一郎・赤木剛士
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赤木 剛士其他文献
作物ゲノムへのディープラーニングによるシス配列デコーディング
使用深度学习对作物基因组进行顺式序列解码
- DOI:
- 发表时间:
2020 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
赤木 剛士;増田 佳苗;竹下 孔喜;内田 誠一 - 通讯作者:
内田 誠一
深層学習によるトマト果実の遺伝子発現デザインへ向けたゲノムワイドcisデコーディング
使用深度学习进行番茄果实基因表达设计的全基因组顺式解码
- DOI:
- 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
赤木 剛士;増田 佳苗;桒田 恵理子;竹下 孔喜;川勝 泰二;有泉 亨;久保 康隆;牛島 幸一郎;内田 誠一 - 通讯作者:
内田 誠一
キウイフルーツ果実における成熟応答cisモチーフのゲノムワイド探索
全基因组搜索猕猴桃成熟响应顺式基序
- DOI:
- 发表时间:
2020 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
桒田 恵理子;藤田 尚子;竹下 孔喜;牛島 幸一郎;久保 康隆;内田 誠一;赤木 剛士 - 通讯作者:
赤木 剛士
「植物ゲノム進化×AI技術進化」から見る作物の新規デザイン
“植物基因组进化×AI技术进化”视角下的作物新设计
- DOI:
- 发表时间:
2022 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Yasukawa S;Eguchi E;Tamakoshi A;Iso H; for JACC Study Group.;赤木 剛士 - 通讯作者:
赤木 剛士
Comprehensive identification of ribosomal collision by disome profiling
通过二体分析全面鉴定核糖体碰撞
- DOI:
10.14952/seikagaku.2022.940087 - 发表时间:
2022 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
榎那 津美;藤田 尚子;内田 誠一;赤木 剛士;岩崎信太郎 - 通讯作者:
岩崎信太郎
赤木 剛士的其他文献
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カキのゲノム進化に基づく果実の形状多様性獲得モデルの構築
基于牡蛎基因组进化的果实形状多样性获取模型的构建
- 批准号:
23K23604 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
相似海外基金
AIによる多剤耐性菌モルフォミクスとバイオインフォマティクスの融合研究
利用AI进行多重耐药细菌形态组学与生物信息学融合研究
- 批准号:
23K21717 - 财政年份:2024
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$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
バイオインフォマティクスに基づく間質性肺炎合併肺癌、術後急性増悪のメカニズム解析
基于生物信息学的肺癌术后急性加重并发间质性肺炎的机制分析
- 批准号:
24K19448 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
長寿は代々続くのか? 日本一長寿の村の腸内をバイオインフォマティクスで検証する
长寿会代代相传吗?
- 批准号:
23K21814 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Mechanical response of bone under the light of biological evolution
生物进化视角下骨骼的机械响应
- 批准号:
23K08670 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Comparative single-cell analysis of disease-derived stem cells to identify the cell fate defect on the cell differentiation trajectory
对疾病来源的干细胞进行比较单细胞分析,以确定细胞分化轨迹上的细胞命运缺陷
- 批准号:
23H02466 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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- 批准号:
22KJ1177 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Activation of silent gene clusters using microbial communication tools and elucidation of the mechanism
使用微生物通讯工具激活沉默基因簇并阐明其机制
- 批准号:
22KJ1546 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Development of multi omics data analysis method using short/long read integration and complete human reference sequences
使用短/长读长集成和完整的人类参考序列开发多组学数据分析方法
- 批准号:
23K11300 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Development of a haplotype-aware structural variant analysis method for polyploid genomes
开发多倍体基因组的单倍型感知结构变异分析方法
- 批准号:
23K19338 - 财政年份:2023
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$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
Use of deep learning and development of statistical prediction result evaluation methods for the acceleration of personalized medicine
利用深度学习和开发统计预测结果评估方法加速个性化医疗
- 批准号:
23K11014 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 11.15万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)














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