Pathophysiological study of NMD-targeted transcripts by trans-omics analysis
通过跨组学分析对 NMD 靶向转录本进行病理生理学研究
基本信息
- 批准号:22H02597
- 负责人:
- 金额:$ 10.98万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
- 财政年份:2022
- 资助国家:日本
- 起止时间:2022-04-01 至 2026-03-31
- 项目状态:未结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
ナンセンス変異依存mRNA分解機構 (NMD)は、ナンセンス変異や選択的スプライシングによって生じる早期終止コドンにより、有害なタンパク質を翻訳する可能性のある転写産物を分解・除去する。NMD標的転写産物(NMDT)の一部は分解が不十分であることが知られており、自己免疫疾患感受性遺伝子WDFY4のように、その発現量が遺伝子多型によって制御され、翻訳されたタンパク質が疾患の原因となるものもある。本研究では、選択的スプライシングを介してNMDTの発現量に影響する遺伝子多型(sQTL)を網羅的に同定し、これまで様々な多因子疾患で行われたゲノムワイド関連解析(GWAS)の結果と統合解析することによって、NMD標的転写産物の遺伝学的役割を明らかにする。今年度は、免疫細胞28種のロングリードシークエンス技術を用いたRNA解析を行い、NMDTを含むアイソフォームカタログの作成を行った(Immune Isoform Catalog)。またNMDTの全長配列を用いて、ショートリードシークエンス技術で行われたRNA-seqデータを再解析することとによって、自己免疫疾患に関連するsQTLの網羅的同定も行った。さらに、マクロファージ系のTHP1細胞株、不死化B細胞株からタンパク質を精製したうえで、タンパク質C末端由来ペプチドを濃縮した独自のプロテオーム解析によって、タンパク質に翻訳される疾患関連NMDTを網羅的に同定した。
The NMD is responsible for the decomposition and removal of mRNA products from the early termination of gene expression and the possibility of harmful gene expression. Part of NMDT (NMDT) is decomposed into two parts: one part is known as WDFY4, the other part is detected as WDFY4. In this study, we investigated the identification and identification of genetic polymorphisms (sQTL) in the presence of selected genes and their effects on the occurrence of NMDT. This year, 28 kinds of immune cells were used in RNA analysis and NMDT (Immune Isoform Catalog). NMDT full-length alignment is used to determine the identity of the RNA-seq locus and its association with immune disorders. The THP1 cell line and the immortal B cell line were purified and purified from the C-terminal of the protein, and the protein was isolated and analyzed independently.
项目成果
期刊论文数量(1)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
高地 雄太其他文献
新規関節リウマチ関連遺伝子FCRL3
新型类风湿性关节炎相关基因FCRL3
- DOI:
- 发表时间:
2006 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Kochi Y;Shimane K;Yamamoto K;高地 雄太 - 通讯作者:
高地 雄太
自己免疫疾患感受性遺伝子FCRL3
自身免疫性疾病易感基因FCRL3
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Kobayashi S;and;et. al.;高地 雄太;高地 雄太 - 通讯作者:
高地 雄太
関節リウマチ患者の末梢血CD4+T細胞で同定された疾患活動性と相関する遺伝子群とアバタセプトの影響
类风湿性关节炎患者外周血CD4+T细胞中与疾病活动相关的基因及阿巴西普的影响
- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
住友 秀次;永渕 泰雄;土田 優美;土屋 遥香;太田 峰人;石垣 和慶;神田 浩子;立石 晶子; 鈴木 亜香里;高地 雄太;藤尾 圭志;山本 一彦 - 通讯作者:
山本 一彦
関節リウマチ感受性遺伝子FCRL3
类风湿性关节炎易感基因FCRL3
- DOI:
- 发表时间:
2006 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
Kochi Y;Shimane K;Yamamoto K;高地 雄太;高地 雄太 - 通讯作者:
高地 雄太
関節リウマチ患者由来滑膜維芽細胞の統合的機能ゲノム解析
类风湿性关节炎患者滑膜成纤维细胞的综合功能基因组分析
- DOI:
- 发表时间:
2019 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
土屋 遥香;太田 峰人;住友 秀次;石垣 和慶;鈴木 亜香里;坂田 豊典;高地 雄太;門野 夕峰;白髭 克彦;田中 栄;山本 一彦;藤尾 圭志 - 通讯作者:
藤尾 圭志
高地 雄太的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('高地 雄太', 18)}}的其他基金
トランスオミックス解析によるNMD標的転写産物の生理病理学的意義の解明
通过转组学分析阐明 NMD 靶转录本的生理病理学意义
- 批准号:
23K23860 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
関節リウマチ感受性遺伝子FCRL3を標的とした創薬のための基盤研究
针对类风湿性关节炎易感基因FCRL3的药物发现基础研究
- 批准号:
18790697 - 财政年份:2006
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
相似海外基金
植物の栄養環境に応じた選択的スプライシング制御の分子機構の解明
阐明响应植物营养环境的选择性剪接控制的分子机制
- 批准号:
23K23497 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
腫瘍環境におけるFibulin 2の選択的スプライシングによる腫瘍進展制御機構の解明
阐明肿瘤环境中 Fibulin 2 选择性剪接控制肿瘤进展的机制
- 批准号:
24K02300 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
多発性骨髄腫の抗体療法への耐性獲得における選択的スプライシングの異常
多发性骨髓瘤抗体治疗耐药性中的选择性剪接缺陷
- 批准号:
24K11525 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
口腔・頭頸部扁平上皮癌におけるRNA選択的スプライシングの病理学的意義の解明
阐明RNA选择性剪接在口腔/头颈鳞状细胞癌中的病理意义
- 批准号:
24K12895 - 财政年份:2024
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
葉緑体型アスコルビン酸ペルオキシダーゼの選択的スプライシング制御機構の解明
阐明叶绿体型抗坏血酸过氧化物酶的选择性剪接控制机制
- 批准号:
23K05030 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
選択的スプライシング制御因子RBM10欠損による精子形成不全の分子機序解明
阐明选择性剪接调节因子 RBM10 缺陷导致精子发生缺陷的分子机制
- 批准号:
23K08784 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
代謝制御性アミノ酸シグナルによる選択的スプライシングを介した転写後調節機構の解明
阐明代谢调节氨基酸信号选择性剪接介导的转录后调节机制
- 批准号:
22KJ0720 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
冬眠様選択的スプライシング制御による低体温障害耐性メカニズムの解明
通过控制冬眠样选择性剪接阐明低温抵抗机制
- 批准号:
22K15009 - 财政年份:2022
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
熱ストレスに応答した選択的スプライシング機構の研究
热应激响应的选择性剪接机制研究
- 批准号:
21K06018 - 财政年份:2021
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
選択的スプライシング異常をモデル化・制御可能にするエピゲノム編集技術の開発
开发表观基因组编辑技术,能够建模和控制选择性剪接异常
- 批准号:
20J13292 - 财政年份:2020
- 资助金额:
$ 10.98万 - 项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows