15年コホートに基づく口腔常在微生物叢の長期動態と構成異常をもたらす要因の解明

本年度は2007年、2012年、2017年に行われた住民健診のいずれにも参加し歯科健診と唾液の提供を行った対象者の一部について口腔常在微生物叢の微生物量と微生物構成の経時変化の分析を進めた。保管されている唾液微生物群集DNA検体から節目年齢に該当する対象者の三時点の検体を抽出し、細菌16S rRNA遺伝子全長を網羅的に増幅・回収した。ロングリードシーケンサーを用いてHiFi Readモードで含まれる塩基配列を高精度に解読した。取得した塩基配列の解読エラーを補正したのち口腔細菌データベースeHOMDに登録されている口腔細菌16S rRNA遺伝子塩基配列に基づき構成細菌種を同定していくことで各検体の細菌構成を決定した。細菌16S rRNA遺伝子全長の塩基配列から決定した細菌構成は過去に次世代シーケンサーを用いて細菌16S rRNA遺伝子V1-V2領域を用いて決定した細菌構成と比較評価を行ない概ね一致することを確認したのち、各年度の横断データを用いて対象者の年齢と細菌構成との関連について検討した。さらに同一対象者の5年、10年間の細菌構成の変化について確認を行った。真菌構成の分析を行うため、口腔真菌構成の解析に適した遺伝子領域について再検討を行った。また細菌、真菌それぞれの共通配列をプライマーとした定量PCR法を用いて総細菌数および総真菌数の測定を進めた。加えて、2023年度に予定している口腔常在微生物叢追跡調査の遂行に向けて関係部署と打ち合わせを行い準備を進めた。

本年度は2007年、2012年、2017年に行われた住民健診のいずれにも参加し歯科健診と唾液の提供を行った対象者の一部について口腔常在微生物叢の微生物量と微生物構成の経時変化の分析を進めた。保管されている唾液微生物群集DNA検体から節目年齢に該当する対象者の三時点の検体を抽出し、細菌16S rRNA遺伝子全長を網羅的に増幅・回収した。ロングリードシーケンサーを用いてHiFi Readモードで含まれる塩基配列を高精度に解読した。取得した塩基配列の解読エラーを補正したのち口腔細菌データベースeHOMDに登録されている口腔細菌16S rRNA遺伝子塩基配列に基づき構成細菌種を同定していくことで各検体の細菌構成を決定した。細菌16S rRNA遺伝子全長の塩基配列から決定した細菌構成は過去に次世代シーケンサーを用いて細菌16S rRNA遺伝子V1-V2領域を用いて決定した細菌構成と比較評価を行ない概ね一致することを確認したのち、各年度の横断データを用いて対象者の年齢と細菌構成との関連について検討した。さらに同一対象者の5年、10年間の細菌構成の変化について確認を行った。真菌構成の分析を行うため、口腔真菌構成の解析に適した遺伝子領域について再検討を行った。また細菌、真菌それぞれの共通配列をプライマーとした定量PCR法を用いて総細菌数および総真菌数の測定を進めた。加えて、2023年度に予定している口腔常在微生物叢追跡調査の遂行に向けて関係部署と打ち合わせを行い準備を進めた。