15年コホートに基づく口腔常在微生物叢の長期動態と構成異常をもたらす要因の解明

基于 15 年队列阐明导致口腔常驻微生物群长期动态和组成异常的因素

• 批准号: 22H03303
• 负责人: 竹下 徹
• 金额: $ 10.9万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03303/
• 关键词: 口腔常在微生物叢; 16S rRNA; 唾液; 長期動態; 16S rRNA遺伝子; マイクロバイオーム

本年度は2007年、2012年、2017年に行われた住民健診のいずれにも参加し歯科健診と唾液の提供を行った対象者の一部について口腔常在微生物叢の微生物量と微生物構成の経時変化の分析を進めた。保管されている唾液微生物群集DNA検体から節目年齢に該当する対象者の三時点の検体を抽出し、細菌16S rRNA遺伝子全長を網羅的に増幅・回収した。ロングリードシーケンサーを用いてHiFi Readモードで含まれる塩基配列を高精度に解読した。取得した塩基配列の解読エラーを補正したのち口腔細菌データベースeHOMDに登録されている口腔細菌16S rRNA遺伝子塩基配列に基づき構成細菌種を同定していくことで各検体の細菌構成を決定した。細菌16S rRNA遺伝子全長の塩基配列から決定した細菌構成は過去に次世代シーケンサーを用いて細菌16S rRNA遺伝子V1-V2領域を用いて決定した細菌構成と比較評価を行ない概ね一致することを確認したのち、各年度の横断データを用いて対象者の年齢と細菌構成との関連について検討した。さらに同一対象者の5年、10年間の細菌構成の変化について確認を行った。真菌構成の分析を行うため、口腔真菌構成の解析に適した遺伝子領域について再検討を行った。また細菌、真菌それぞれの共通配列をプライマーとした定量PCR法を用いて総細菌数および総真菌数の測定を進めた。加えて、2023年度に予定している口腔常在微生物叢追跡調査の遂行に向けて関係部署と打ち合わせを行い準備を進めた。

This year, the analysis of the microbial composition of the oral microbiota has been improved since 2007, 2012 and 2017. DNA samples from saliva microbial populations were collected at three different times during the study period, and the full length of bacterial 16S rRNA was collected at three different times during the study period. HiFi Read is used to detect and detect the presence and absence of any missing elements. To obtain the correct nucleotide sequence of all oral bacteria, eHOMD was registered in the oral bacteria 16S rRNA nucleotide sequence, and the bacterial species were determined in the same way. The gene sequence of bacterial 16S rRNA gene determined the bacterial composition in the past generation and the next generation. The gene sequence of bacterial 16S rRNA gene V1-V2 domain was determined in the past generation. The gene sequence of bacterial 16S rRNA gene V2 domain The changes in bacterial composition of the same target within 5 and 10 years were confirmed. Analysis of Fungal Composition, Analysis of Oral Fungal Composition, Sub-Domain, Re-examination, etc. The quantitative PCR method was used to determine the number of bacteria and fungi. In addition, the year 2023 is scheduled for the implementation of the oral microbiome tracing survey, the deployment of the relationship, and the preparation of the operation.