パターン認識手法にもとづくタンパク質アミノ酸配列データの高次処理に関する研究

基于模式识别方法的蛋白质氨基酸序列数据高阶处理研究

• 批准号: 04261204
• 负责人: 高橋 由雅
• 金额: $ 0.96万
• 依托单位: Toyohashi University of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1992
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1992 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-04261204/
• 关键词: タンパク質の高次構造; パターン認識; クラスター分析; タンパク質主鎖の二面角; アミノ酸配列; PDB

本研究はタンパク質のアミノ酸配列データとその高次構造や機能との相関解析を通じ、パターン認識の応用にもとづく配列データの高次解析手法の確立を目指すものである。筆者らは先に立体構造既知のタンパク質構造データをもとに、各種アミノ酸残基のポリペプチド鎖中でのφ-ψ配座パターンのクラスター分析を行い、各残基種ごとに2〜5個の主要な配座パターンのクラスターを見いだすと共に、モード探索の手法を用いてそれぞれのクラスターに対応する代表配座パターンを明らかにした。本研究では、これらの配座パターンとその注目する残基の配列環境との関係を調べることを目的とし、その解析に必要なツールの一つとして特徴解析・表示システムの開発を試みた。本システムは注目するアミノ酸残基(Target amino acid residue,TA)を中心に、N-及びC-末端両方向の近接残基を考慮しながら、TA周辺の配列環境の特徴解析を行うものである。システムの基本構成としては(1)ファイル管理、(2)配列環境の特徴解析、(3)三次元構造表示の各モジュールから構成される。ファイル管理モジュールではペプチドセグメントデータがもつアミノ酸配列や二面角配座パターンクラスの帰属、PDBファイル中の二次構造帰属など様々な構造情報の一括表示やデータセットの編集などを行うとともに、他のモジュールを起動する。特徴解析モジュールでは、指定した特性値に基づき、アミノ酸の配列環境をカラーセルにより表示することが可能である。また、種々の物理化学的特性値にもとづく類似性評価の機能を含む。一方、構造表示モジュールでは主鎖の三次元構造表示を行うことができる。表示構造の回転変換や構造重ね合わせ表示の機能も含む。尚、本システムはUNIXワークステーション上でXウィンドウシステムをベースにC言語を用いて作成した。

In this study, in order to improve the performance of high-order machine tools, we need to make sure that the target is correct. In the first place, we know that all kinds of acid residues are used in the production of carbon dioxide, and that all kinds of acid residues are used in the process of chemical analysis, and that there are two or five major equipment in the system, and there are two or five major equipment. The method of exploration is to represent the seat of the seat by using the method of exploration. In this study, we should pay close attention to the environmental protection of the environment. In this study, we should pay close attention to the environmental protection of the environment. In this study, we should pay close attention to the environmental protection. This paper focuses on the determination of acid residues (Target amino acid residue,TA) in the center, N-and C-end directions of the proximity residues and the environmental analysis of the TA perimeter. The basic requirements are as follows: (1) information management, (2) special analysis of the environment, and (3) three-dimensional representation. In order to improve the quality of the system, you need to know that the configuration of the dihedral seat is located in the dihedral seating. in the PDB system, the secondary system in the system is used to create the information system, which indicates that the system is in line with the data. Special information is required to analyze the information, specify the basic information of the properties, and allocate the environmental information to indicate that it is possible. The characteristics of physics and chemistry of different kinds of materials. The similarity of the physical chemistry. On the other hand, it means that the master has three dimensions, which means that he is in the right direction. It means that it is possible to make a duplicate contract, which means that the machine is capable of causing damage. In this book, you have to use the UNIX language to make a copy of the computer.

项目成果

Motokazu Kamimura,Yoshimasa Takahashi,Shi-ichi Sasaki: "φ-4 Conformational Pattern Clustering of Protein Amino Acid Residues Using Potential Function Methed." Journal of Protein Chemistry.11. 393-394 (1992)

Motokazu Kamimura、Yoshimasa Takahashi、Shi-ichi Sasaki：“使用势函数法进行蛋白质氨基酸残基的 φ-4 构象模式聚类。” 蛋白质化学杂志 393-394（1992）。