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パターン認識手法にもとづくタンパク質アミノ酸配列データの高次処理に関する研究

基于模式识别方法的蛋白质氨基酸序列数据高阶处理研究

基本信息

批准号：
05254203
负责人：
高橋由雅
金额：
$ 0.83万
依托单位：
Toyohashi University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1993
资助国家：
日本
起止时间：
1993 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究はタンパク質のアミノ酸配列データとその高次構造や機能との相関解析を通じ、パターン認識手法に基づく配列データの高次解析手法の確立を目指すものである。筆者らは先に立体構造既知のタンパク質構造データをもとに、各種アミノ酸残基のポリペプチド鎖中でのφ-ψ配座パターンのクラスター分析を行い、各残基種ごとに2〜5個の主要な配座パターンクラスターを見いだすと共に、モード探索の手法を用いてそれぞれのクラスターに対応する代表配座パターンを明らかにしている。本研究では、これらの各配座パターンクラスターに属するアミノ酸残基を中心に、N,C-両末端側各5残基までを考慮したタンパク質ポリペプチドフラグメントを対象に、これらの主鎖の三次元構造クラスタリングを行うことによって、それぞれのクラスター内における局所的な共通構造特徴や類似構造特徴の解析を行った。クラスタリングに際しては対応する主鎖構成原子間の平方平均距離を用いた。個々の残基の両側各2残基を考慮したペンタペプチドフラグメントでの解析の結果、αヘリックス構成残基に支配的クラスターからは真性ヘリックス、ヘリックス開始領域、並びにβターンに対応するいくつかの代表的なサブクラスターが得られた。一方、βシート構成残基に支配的なクラスターからは典型的なβシート領域の一部やβターン構造のI、II型に対応するサブクラスターが検出された。この他、比較的小規模ではあるがこうした従来の二次構造分類には必ずしも当てはまらないいくつかのサブクラスターも検出された。これらのサブクラスターの存在は極めて興味深いものであるが、現時点ではこれらのクラスターに対する明確な特徴づけは困難であった。

The purpose of this study is to analyze the correlation between the high-order structure and function of the acid ligation system of はタンパク性のアミノ, the パターン recognition technique is based on the づく arrangement of the データの high-order analysis technique のEstablishment of the object refers to すものである. The author has already known the three-dimensional structure of the のタンパク substance structure データをもとに and various アミノ acid residuesポリペプチド Lock in the φ-ψ coordination パターンのクラスター analysis を row い, each residue species ごとに2~5 main parts are matched with パターンクラスターを见いだすと公に, and モードExplore the techniqueいてそれぞれのクラスターに対応する represents the matching seat パターンを明らかにしている. In this study, the acid residues of the acid residues of the では and これらの coordinating パターンクラスターに, N, C-terminal side of each 5 residues are considered to be the sameを対Elephant, これらのmain lock, three-dimensional structure, クラスタリングを行, うことによって, それぞThe common structure characteristics of the れのクラスター内におけるbureau are similar to the structure characteristics 徴のANALYSIS を行った. The main lock of クラスタリングに久しては対応する constitutes the average squared distance between atoms. Two residues on each side of each residue are considered The result of the analysis of the ントでのの, α ヘリックス structure residues dominated by the クラスターからは真性ヘリックス, ヘリックス开户, and びにβターThe representative of Nobuhiko is Nakota. On the one hand, β-switch constitutes a typical β-switch field controlled by residues.の一一βやターンstructureのI,II typeに対応するサブクラスターが検出された.この他、Comparative small-scale ではあるがこうした従来のSecondary structure classification には必ずしも道てはまらないいくつかのサブクラスターも検出された. The existence of the present The point is clear and the problem is difficult.