三次元モチーフ構造の自動認識とゲノム情報解析への応用

三维基序结构自动识别及其在基因组信息分析中的应用

• 批准号: 09272211
• 负责人: 高橋 由雅
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: Toyohashi University of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09272211/
• 关键词: タンパク質; モチーフ探索; 三次アライメント; PDB; タンパク質の類似性

本研究は、局所三次元構造アライメントを基礎とする三次元モチーフ(厳密にはモチーフ候補部位)の自動認識手法の開発とそのゲノム情報解析への応用を目指すものであり、本年度研究ではタンパク質の三次元構造縮約表現をもとに、制約付き局所三次元構造アライメントを基礎とする三次元モチーフ候補部位の自動認識のためのアルゴリズムの開発を行った。特に、ここではhelixやstrandの二次構造セグメントを考慮した縮約表現されたタンバク質の三次元構造データをもとに、その距離行列で定義されるラベル付きグラフをもとに比較対象とする蛋白質間の最大共通う部分構造の自動認識プログラムとしてこれを実現した。作成したプログラムについては、Protein Data Bank(PDB)に収載されている三次元構造既知の二種のカルシュウム結合蛋白タンパク質を用いて本法の妥当性を検討した。Troponin C (PDBコード:1TOP)並びにParvalbumin(1PAL)を用いた試行実験の結果、探索時の距離の許容度(δ)をδ=3.0Aとした場合、カルシュウム結合部位であるEF-handモチーフを形成する1TOPのE131-S141及びF151-E159また1PALのD79-G89及びV99-I106の二つの直行するヘリックスセグメントをその最大共通部分構造として同定することができた。またδ=4.5Aでの探索の場合、二つのanti-parallel β-strandsとα-helices(1TOP:D36-S38,L42-M48,K55-V65,T72-D74.1PAL:F57-I58,F66-N69,D79-G89,I97-G98)からなる、より大きな共通部分構造を見出すことができた。

In this study, three-dimensional information system is used in this study. In this study, three-dimensional information system is used in this study. in this study, three-dimensional information system is used in this study. in this study, three-dimensional information system is used in this study. in this study, three-dimensional information system is used in this study. in this study, three-dimensional information system is used in this study. in this study, three-dimensional information system is used in this study. The system pays the bureau to make the three-dimensional information system. The waiting part of the three-dimensional train station is used to start the operation of the train. In this paper, we can see that there are three dimensions in the system, such as the number of users, the number of users, the number of people in the queue, and the number of This method is used to make a three-dimensional analysis of the combination of proteins known to be known as Protein Data Bank (PDB). This method is used to verify the validity of this method. Troponin C (PDB isolation: 1TOP) and compare the results of Parvalbumin (1PAL) test results, explore the distance tolerance (δ) δ = 3.0A, The joint between the two parts forms the 1TOP E131-S141 and the F151-E159 1PAL D79-G89 and the V99-I106 two parts that are the most common to each other. Anti-parallel β-strands alpha-helices (1TOPVOR D36L38, L42M48, K55, V6, T72MAL, D74.1, PALJV, F57M58, F66, M66, N69MAG, G89MAG, I97MAG98), and the common parts of these two parts have created the same parts.

项目成果

Hiroaki Kato: "Three-dimensional structural feature search of proteins" Bull.Chem.soc.Jpn.,. 70. 1523-1529 (1997)

Hiroaki Kato：“蛋白质的三维结构特征搜索”Bull.Chem.soc.Jpn.，。

Hiroaki Kato: "SS3D-P2 : A three-dimensional substructure search program for Protein motifs based on secondary structure elements" Comput.Applic.Biosci.,. (印刷中).

Hiroaki Kato：“SS3D-P2：基于二级结构元素的蛋白质基序的三维子结构搜索程序”Comput.Application.Biosci.（正在出版）。