太陽菌外膜構成タンパク質発現制御因子OmpRのDNA結合ドメインの精密構造解析

OmpR DNA 结合域的精确结构分析，OmpR 是太阳真菌外膜组成蛋白的表达调节因子

• 批准号: 09249201
• 负责人: 中川 敦史
• 金额: $ 0.9万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09249201/
• 关键词: 構造生物学; シンクロトロン放射光; 転写制御因子

大腸菌における外膜の浸透圧変化への対応は,膜に存在して外界の浸透圧を感知するセンサータンパク質EnvZと,EnvZからの情報を受け取り,膜の構成タンパク質であるOmpCとOmpFの発現量を制御するOmpRの2つのタンパク質が関与している.OmpRは,情報を受け取る部分(N末端側のリン酸化ドメイン)と遺伝子を制御する部分(C末端側のDNA結合ドメイン)の2つのドメインから構成されている.本研究では,このOmpRのC末端側のDNA結合ドメイン(OmpR-C)の構造を2.0Å分解能の回折強度データを用いて精密化を行なった.OmpR-Cの結晶はX線照射に対して不安定で室温下では高分解能の回折強度データを収集することができなかったのが,100Kの窒素気流中で結晶を急速に凍結させた状態で,放射光を用いて回折強度データを収集し,2.0Å分解能の回折強度データを得ることができた.構造の精密化は,X-PLOR3.851およびREFMACを用いて行なった.最終的に,収集した2.0Å分解能までのすべての回折強度データを用いて,R=0.212,Rfree=0.259の構造が得られている.この時の構造の標準値からのずれは,結合距離,結合角がそれぞれ,0.006Å,1.230°であった.得られた構造から,他の類似タンパク質とDNA複合体の構造を参考にしてOmpR-CとDNAとの結合モデルの作製を行ったところ,立体障害がほとんどない比較的妥当な構造が得られた.このモデルによると,α3と呼んでいるDNA認識ヘリックスの中で,DNAと相互作用していると考えられるアミノ酸残基は多様性に富んでいるのに対し,タンパク質内部に存在して構造保持に必要と考えられるアミノ酸は良く保存されている.このことから,OmpRのDNA認識部位がこの領域であることはほぼ間違いないであると考えている.

Coliform outer membrane permeation pressure change response, membrane presence, external permeation pressure perception, membrane composition, membrane quality control, OmpC and OmpF production, OmpR and OmpR quality control, OmpR and OmpF production, OmpR and OmpR quality control, OmpR and OmpR quality control, OmpR and OmpF production, OmpR and OmpR quality control, OmpR and OmpR quality control. The information receiving part (N-terminal DNA binding part), the gene controlling part (C-terminal DNA binding part) and the 2-terminal DNA binding part are composed of two parts. In this study, the structure of OmpR C-terminal DNA binding protein (OmpR-C) was refined to 2.0 ° C resolution energy and reflection intensity.OmpR-C crystals were unstable under X-ray irradiation, but the reflection intensity of high resolution energy was not stable at room temperature. 2.0. Structure refinement,X-PLOR3.851 REFMAC Finally,R= 0.212, Rfree =0.259 and the structure is obtained. The standard value of this time structure is, the combination distance, the combination angle, 0.006,1.230°. The structure of DNA complex is similar to that of OmpR-C complex. The structure of DNA complex is similar to that of OmpR-C complex. DNA is understood to be diverse, DNA interacts with DNA, and the acid residues are abundant in diversity. OmpR DNA recognition site