遺伝子発現と塩基多型に基づくオオムギ系統進化の推定

・約93,000のESTからUnigeneを作成し,DNAアレイに利用するクローンを選抜して,blast検索結果に基づいて一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.また,植物RNAの自動抽出システムの開発に目処がついた.・本研究で開発したオオムギcDNA情報を網羅したデータベースを構築し公開した(http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/).・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でESTデータベースを開発した(http://harvest.ucr.edu/).また,この結果に基づいて米国NSF予算でAffymetrix杜からカスタムオリゴアレイを開発済みで,2003年6月頃から販売予定である.・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,約1,300のUnigeneに存在する約4,000個のSNPを検出し,少なくとも500Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,これらのSNPを特許申請した.・Unigene由来のプライマーを設計し,100以上のESTを連鎖地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR増幅も確認し,Triticeae(コムギ連)の比較ゲノム解析の準備を進めている.さらに,これらの情報に基づいて,SNPを利用したオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で進めている.

・約93,000のESTからUnigeneを作成し,DNAアレイに利用するクローンを選抜して,blast検索結果に基づいて一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.また,植物RNAの自動抽出システムの開発に目処がついた.・本研究で開発したオオムギcDNA情報を網羅したデータベースを構築し公開した(http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/).・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でESTデータベースを開発した(http://harvest.ucr.edu/).また,この結果に基づいて米国NSF予算でAffymetrix杜からカスタムオリゴアレイを開発済みで,2003年6月頃から販売予定である.・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,約1,300のUnigeneに存在する約4,000個のSNPを検出し,少なくとも500Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,これらのSNPを特許申請した.・Unigene由来のプライマーを設計し,100以上のESTを連鎖地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR増幅も確認し,Triticeae(コムギ連)の比較ゲノム解析の準備を進めている.さらに,これらの情報に基づいて,SNPを利用したオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で進めている.