遺伝子発現と塩基多型に基づくオオムギ系統進化の推定

基于基因表达和核苷酸多态性的大麦谱系进化估计

• 批准号: 14011234
• 负责人: 佐藤 和広
• 金额: $ 3.9万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14011234/
• 关键词: オオムギ; ゲノム解析; cDNA; EST; SNP; DNAアレイ; 遺伝地図

・約93,000のESTからUnigeneを作成し,DNAアレイに利用するクローンを選抜して,blast検索結果に基づいて一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.また,植物RNAの自動抽出システムの開発に目処がついた.・本研究で開発したオオムギcDNA情報を網羅したデータベースを構築し公開した(http://www.shigen.nig.ac.jp/barley/).・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でESTデータベースを開発した(http://harvest.ucr.edu/).また,この結果に基づいて米国NSF予算でAffymetrix杜からカスタムオリゴアレイを開発済みで,2003年6月頃から販売予定である.・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,約1,300のUnigeneに存在する約4,000個のSNPを検出し,少なくとも500Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,これらのSNPを特許申請した.・Unigene由来のプライマーを設計し,100以上のESTを連鎖地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR増幅も確認し,Triticeae(コムギ連)の比較ゲノム解析の準備を進めている.さらに,これらの情報に基づいて,SNPを利用したオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で進めている.

・About 93,000のESTからUnigeneをproduced,DNAアレイにutilizedするクローンを选抜して,blast検资源search resultsにbasedづいてPart を选抜してpreparedなDNAアレイシステムを开発した.また,Plant RNA's automatic extraction システムの开発に目部がついた.・This studyで开発したオオムギcDNA INFORMATION NETWORK NETWORK CONSTRUCTION し PUBLICATION した(http:/ /www.shigen.nig.ac.jp/barley/).・国际オオムギES Tコンソシアムをformed the country of America,ドイツ,フィンランド, and the United Kingdom jointlyでESTデータベースを开発した(http://harvest.ucr.edu/) .また,このRESULTSにbasedづいて美国NSF开户でAffymetrixDuからカスタムオリゴアレイを开発済みで, in June 2003, it was sold by である.・Unigene のクローンをalignment して, the existence between varieties するSNP をconfirmation したところ, about 1,300のUnige There are about 4,000 SNPs in ne and there are 500 Unigenes in them. In the non-synonymous substitution of するSNPがアミノ acidのによることを明らかにした.また,これらのSNPをLicense application.・Unigene origin and design, ESTを chain with more than 100 sales地図上にマップした.また,コムギにおけるPCR AmplificationもConfirmationし,Triticeae(コムギ连)のComparisonゲノムanalyticのpreparationを进めている.さらに,これらのinformationにbasedづいて,S NPをutilizationしたオオムギESTのマッピングをオオムギおよびコムギの集団で入めている.

项目成果

J.Ma, A.Higashitani, K.Sato, K.Takeda: "Genotypic variation in Si concentration of barley grain"Plant and Soil. (印刷中). (2003)

J.Ma、A.Higashitani、K.Sato、K.Takeda：“大麦籽粒硅浓度的基因型变化”植物和土壤（2003 年出版）。

K.Hori, T.Kobayashi, A.Shimizu, K.Sato, K.Takeda, S.Kawasaki: "Efficient construction of high-density linkage map and its application to QTL analysis in barley"Theor Appl Genet. (印刷中). (2003)

K.Hori、T.Kobayashi、A.Shimizu、K.Sato、K.Takeda、S.Kawasaki：“高密度连锁图谱的高效构建及其在大麦 QTL 分析中的应用”Theor Appl Genet（出版中）。 (2003)

H.Raman, J.S.Moroni, K.Sato, B.J.Read, B.J.Scott: "Identification of AFLP and microsatellite markers linked with an aluminium tolerance gene in barley (Hordeum vulgare L)"Theor Appl Genet. 105. 458-464 (2002)

H.Raman、J.S.Moroni、K.Sato、B.J.Read、B.J.Scott：“与大麦 (Hordeum vulgare L) 铝耐受基因相关的 AFLP 和微卫星标记的鉴定”Theor Appl Genet。