遺伝子発現に基づくオオムギ系統進化の推定

基于基因表达的大麦谱系进化估计

• 批准号: 13202046
• 负责人: 佐藤 和広
• 金额: $ 3.84万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13202046/
• 关键词: オオムギ; ゲノム解析; cDNA; EST; SNP

1.栽培および野生オオムギ由来の5種類のcDNAライブラリーから,計画班が運営しているシーケンシングセンターで約43,000シーケンスの解析を終了し,約1万のUnigeneを得た.さらに5万クローン程度の解析が進行中で,年度内に完了する予定である.また,Unigeneの作成手法に改良を加えた.さらに,Unigeneから代表クローンを選び出し,DNAマイクロアレイに利用するクローンを選抜した.これらのクローンのblast相同性検索結果に基づき,一部を選抜して予備的なDNAアレイシステムを開発した.これらのcDNA情報を網羅したデータベースを開発中で近日中に公開予定である.2.国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でカスタムオリゴアレイを生産することを2002年1月の国際会議で合意し,そのためのデータ解析を開始した.2002年中に約2万個の遺伝子が検出可能なオオムギDNAチップが利用可能となる.3.農水省イネゲノム研究プロジェクトに了解を得て,当該プロジェクトで作成したイネのESTマップのクローンと本プロジェクトのクローンの相同性を比較してオオムギESTの仮想的なシンテニーマップを作成した.4.Unigeneに存在するクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認したところ,352のUnigeneに存在する約1,000個のSNPを検出し,少なくとも66Unigeneに存在するSNPがアミノ酸の非同義置換によることを明らかにした.また,検出したSNPを特許申請した.さらに上記352UnigeneのSNPを含む領域にプライマーを設計し,ダイレクトシーケンシングによってSNPの存在を再確認した.さらに,これらのSNPをマップする方法を確認した.

1. About 43,000 cDNAs were analyzed from 5 species of cDNA in cultivated and wild plants, and about 10,000 Unigenes were obtained. The analysis of the 50,000-degree program is in progress and will be completed within the year. The method of making Unigene is improved. Today,Unigene represents the selection of DNA,DNA, and the use of DNA. The blast identity search results of these samples show that a part of the prepared DNA sequence was developed. The cDNA information of this gene is collected, developed and published in the near future. 2. The international EST system is formed in the United States, Germany, Britain and the United Kingdom. In mid-2002, about 20,000 DNA fragments were identified and possibly utilized. 3. Agricultural and water resources development research was conducted. When the list was created, the EST was compared with the identity of the original list, and the desired EST was created. 4. The SNP was identified between the 352 Unigenes. A few SNPs exist that are not synonymous with acid. For example, if you want to apply for a SNP license, you can apply for it. 352Unigene SNPs were re-identified in the design of SNPs in the domain of Unigene. The method of identification of SNP

项目成果

J.M.Costa, A.Corey, P.M.Hayes, C.Jobet, A.Kleinhofs, A.Kopisch-Obusch, S.F.Kramer, D.Kudrna, M.Li, O.Riera-Lizarazu, K.Sato, P.Szucs, T.Toojinda, M.I.Vales, R.I.Wolfe: "Molecular mapping of the Oregon Wolfe Barleys : a phenotypically polymorphic doubled-h

J.M.Costa、A.Corey、P.M.Hayes、C.Jobet、A.Kleinhofs、A.Kopisch-Obusch、S.F.Kramer、D.Kudrna、M.Li、O.Riera-Lizarazu、K.Sato、P.Szucs、T

L.A.Marquez-Cedillo, P.M.Hayes, A.Kleinhofs, W.G.Legge, B.G.Rossnagel, K.Sato, S.E.Ullrich, D.M.Wesenberg: "QTL analysis of agronomic traits in barley based on the doubled haploid progeny of two elite North American varieties representing different germpl

L.A.Marquez-Cedillo、P.M.Hayes、A.Kleinhofs、W.G.Legge、B.G.Rossnagel、K.Sato、S.E.Ullrich、D.M.Wesenberg：“基于代表不同品种的两个北美优良品种的双单倍体后代的大麦农艺性状 QTL 分析

C.Miyazaki, E.Osanai, K.Saeki, K.Ito, T.Konishi, K.Sato, A.Saito: "Mapping of quantitative trait loci conferring resistance to barley yellow mosaic virus in a Chinese barley landrace, Mokusekko 3"Breeding Science. 51. 171-178 (2001)

C.Miyazaki、E.Osanai、K.Saeki、K.Ito、T.Konishi、K.Sato、A.Saito：“中国大麦地方品种 Mokusekko 3 中赋予大麦黄花叶病毒抗性的数量性状位点图谱”

H.Raman J.S.Moroni K.Sato B.J.Read B.J.Scott: "Identification of AFLP and microsatellite markers linked with an aluminium tolerance gene in barley (Hordeum vulgare L)"Theor Appl Genet. (印刷中).

H.Raman J.S.Moroni K.Sato B.J.Read B.J.Scott：“与大麦 (Hordeum vulgare L) 铝耐受基因相关的 AFLP 和微卫星标记的鉴定”Theor Appl Genet（出版中）。