オオムギ系統進化の解明に向けたESTの大量シーケンシング

大规模 EST 测序以阐明大麦谱系进化

• 批准号: 12202037
• 负责人: 佐藤 和広
• 金额: --
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12202037/
• 关键词: オオムギ; ゲノム解析; Expressed Sequence Tag; cDNAライブラリー

<背景と目的>オオムギのゲノムサイズは約5,000Mbpと極めて大きいので,cDNA配列を用いたESTプロジェクトはゲノム解析を進める上で効率的な手法である.1999年末までにNCBIのESTデータベース上にオオムギのシーケンスはわずか80件しかなかった.しかし,複数のオオムギESTプロジェクトが精力的に解析を進めた結果.2001年1月現在で約7万件のオオムギESTがNCBIに登録されている.現在,米国(60,000シーケンス解析済み),ドイツ(同13,000)フィンランド(9,000),英国(3,000)などで解析が進んでいる.<検討結果>材料には醸造用オオムギ「はるな二条」(発芽時の芽,幼苗の葉身,止葉期の上位3葉),「赤神力」(栄養成長期の葉身)および野生オオムギH.spontaneum(OUH602)(止葉期の上位3葉)を使用し,cDNAライブラリーをそれぞれ作成した.シーケンス解析は国立遺伝学研究所のシーケンシングセンターで行った.シーケンシングは各クローン3′および5′の両端から行い.2001年1月末現在で約43,000シーケンスの解析を終了している.<考察>現在,我々を含めた各国のESTプロジェクトはデータを共有するコンソシアムを形成し,Unigene化したデータと直ちに利用可能なDNAサンプルを共同開発する方向で合意している.また,ESTデータベースについても,いくつかのプロジェクトで我々とデータを共有する予定である.イネのESTとの相同性を検索し,シンテニーを利用してオオムギのESTをマップ上に配列する仮想ESTマップは,イネのマップと遺伝子の情報が効率的に利用できるので,オオムギのESTを利用する上で極めて有用である.さらに,現在,ESTの大規模STS化や,そのPCR産物のシーケンスを系統間で比較して検出するSNP情報など,遺伝子配列に基づいた効率的なゲノム研究手法を開発中である.

<Background and Objective> The cDNA sequence of NCBI is about 5,000 Mbp, and the cDNA sequence of NCBI is about 80 pieces in late 1999. In January 2001, about 70,000 pieces of multi-domain EST were registered with NCBI. Now, the United States (60,000), Germany (same as 13,000), United Kingdom (3,000), Germany (9,000), Germany (60,000), Germany (6000), Germany (60,000), Germany (6000), Germany (600), Germany (6000), Germany (6000), <Results> The material was prepared by using the right side of the cDNA sequence: ""(bud at budding stage, leaf body of seedling, upper 3 leaves at leaf stopping stage),""(leaf body at leaf stopping stage) and "H.spontaneum(OUH602)"(upper 3 leaves at leaf stopping stage). The National Institute of Genetic Sciences (NIGS) has launched a series of research projects. At the end of January 2001, there are about 43,000 cases in which the analysis of each case has been completed. <Investigation> Now, we want to include all countries 'EST list and share the common information system to form,Unigene transformation and direct use of possible DNA list and common development direction.また,ESTデータベースについても,いくつかのプロジェクトで我々とデータを共有する予定である. The identity of ESTs is realized, and the ESTs are utilized in order to match the ESTs. The ESTs are utilized in order to provide information on the efficiency of ESTs. Currently, large-scale STS of ESTs is being developed to compare the PCR products between systems and to detect SNP information and gene alignment.

项目成果

L.A.Marquez-Cedillo,P.M.Hayes,B.L.Jones,A.Kleinhofs,W.G.Legge,B.G.Rossnagel,K.Sato,S.E.Ullrich,D.M.Wesenberg and The North American Barley Genome Mapping Project: "QTL analysis of malting quality based on the doubled haploid progeny of the two elite varie

L.A.Marquez-Cedillo、P.M.Hayes、B.L.Jones、A.Kleinhofs、W.G.Legge、B.G.Rossnagel、K.Sato、S.E.Ullrich、D.M.Wesenberg 和北美大麦基因组作图计划：“基于双单倍体的麦芽品质的 QTL 分析”

K.Sato,T.Inukai and P.M.Hayes: "QTL analysis for resistance to the rice blast pathogen in barley."Theor.Appl.Genet.. (印刷中). (2001)

K.Sato、T.Inukai 和 P.M.Hayes：“大麦中稻瘟病菌抗性的 QTL 分析”。Theor.Appl.Genet..（出版中）。

H.Takahashi,K.Sato and K.Takeda.: "Mapping genes for deep-seeding tolerance in barley."Euphyutica. (印刷中). (2001)

H.Takahashi、K.Sato 和 K.Takeda.：“绘制大麦深播耐受性的基因。”Euphyutica（出版中）。