多因子疾患の要因としてのインプリント遺伝子の網羅的探索:cSNPを利用したアプローチ

全面搜索印记基因作为多因素疾病的因素：使用 cSNP 的方法

• 批准号: 14013017
• 负责人: 萩原 百合子
• 金额: $ 5.31万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14013017/
• 关键词: インプリンティング; メチル化

ゲノムインプリンティングは親の性に依存的なゲノムの修飾を意味しインプリント遺伝子はどちらの親に由来したかに応じて片方のアレルからのみ選択的に発現しているか発現量が著しく異なる。この奇妙な現象は、細胞の増殖・分化や個体の発生で重要な役割を果たし、メンデル遺伝に従わない遺伝病の他に癌・糖尿病・躁鬱病などの疾患への関与が報告されている。インプリント遺伝子の近傍には片アレル特異的に高メチル化されている領域DMR(differentially methylated region)が存在し、DMRの脱メチル化と共にインプリンティングの破綻がみられることから、DMRのアレル別メチル化はインプリンティングを担う重要な機構であると考えられている。DMRはCpG island (CGI)様の配列と縦列反復構造をとるという構造的特徴を持つ。通常CGIは遺伝子のプローモーター領域に存在し、メチル化を免れているのに対し、インプリント遺伝子の近傍や不活性化されたX染色体では例外である。したがって、片アレルのみメチル化されているCGIを検索することでDMRを効率的に同定でき、その周辺領域から新規インプリント遺伝子が検出できると考えられる。本研究では、多くの疾患遺伝座がマップされ、塩基配列が正確であるヒト第11番染色体長腕をターゲットにした。in sillicoでそのゲノム塩基配列中からプログラムによるCGIの抽出を行い、SINE、LINEなどの反復配列を含むCGIをプログラムにより検出した後排除した結果、657個のCGIを得た。このとき同時に、抽出されたCGIの縦列反復構造をHarr-Plot解析により検出した。メチル化状況の解析には、独自に考案したHpa II-McrBC-PCR法を用い、DMRの網羅的検索を行った.現在、205個のCGIのHpa II-McrBC-PCR法による解析を終えている。哺乳類の多くのCGIがそうであるように、解析を終えた205個のうちそのほとんど(161個)が非メチル化を示した。そして、完全メチル化、不完全メチル化を示したものはそれぞれ、28個、1個であった.現在のところ、DMRである可能性を示したCGIは15個である。今後、残りのCGIのHpa II-McrBC-PCR解析を進めるとともに、DMRである可能性のあるCGIについてアレル別メチル化をBisulfite genomic sequencing法により調べる。そして、アレル別にメチル化状況の異なるCGIはSNPを利用してメチル化アレルの由来を明らかにし、その近傍の遺伝子発現のインプリンティングを検討する。

ゲノムインプリンティングは の性にdependenceなゲノムのmodificationをmeaningしインプリント伝子はどちらThe origin of the kiss is the same as the original one. It is a wonderful phenomenon, the growth and differentiation of cells and the development of individuals are important.伝に従わない伝 Disease のOTHER にCancer, diabetes, bipolar disorder などの Disease へのrelated and が report されている. DMR(differentially methylated) region), DMR's existence, DMR's detachment, and its existence.ら. DMR は CpG island (CGI) 様のarray と縦线 Repeated structure をとるという structure has the characteristics of 徴徴つ. In general, CGI is the only one that exists in the field and is free of charge.に対し, インプリント伝子の near や inactivation されたX chromosome では exception である.したがって、片アレルのみメチル化されているCGIを検SO することでDMRをefficiencyに同定でき、その徺区から新regulationインプリント伝子が検出できると考えられる. In this study, it was found that the 11th phase of chromosome 11 is long-armed and has a correct chromosome arrangement. in Sillico's でそのゲノム塩中 からプログラムによるCGI's を行い, SINE, LIN E-などのrepeatedly arranged and eliminated the results after including the CGI をプログラムにより検した, and 657 CGI をwas obtained.このときAt the same time, extract the されたCGI の縦 sequence and repeatedly construct をHarr-Plot analysis により検出した. Analyzing the status of chemicalization, using the Hpa II-McrBC-PCR method alone, and using the DMR snare. Currently, 205 CGI Hpa II-McrBC-PCR method is used for analysis and final analysis. Mammal type CGI がそうであるように, analysis をfinal えた 205 のうちそのほとんど(161) が无メチル化をshow した.そして, complete メチル化, incomplete メチル化をshowing したものはそれぞれ, 28, 1であった.Now のところ、DMR であるpossibility をshow したCGI は 15 である. In the future, the remaining CGI Hpa II-McrBC-PCR analysis will be carried out, and the DMR will be possible. The sequencing method is the best method.そして、アレル不　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　ious にメチル化 situation のdifferentなるCGIはSNPをutilization The origin of the ルのを明らかにし, the その near the vicinity of the remaining 伝子発appears のインプリンティングを検検する.