多因子疾患の要因としてのインプリント遺伝子の網羅的探索:cSNPを利用したアプローチ

全面搜索印记基因作为多因素疾病的因素：使用 cSNP 的方法

• 批准号: 13770055
• 负责人: 萩原 百合子
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13770055/
• 关键词: インプリンティング; メチル化; ゲノムインプリンティング

ゲノムインプリンティングは親の性に依存的なゲノムの修飾を意味し、インプリント遺伝子はどちらの親に由来したかに応じて片方のアレルからのみ選択的に発現しているか発現量が著しく異なる。この奇妙な現象は、細胞の増殖・分化や個体の発生で重要な役割を果たし、メンデル遺伝に従わない遺伝病の他に癌・糖尿病・躁鬱病などの疾患への関与が報告されている。インプリント遺伝子の近傍には片アレル特異的に高メチル化されている傾域DMR (differentially methylated region)が存在し、DMRの脱メチル化と共にインプリンティングの破綻がみられることから、DMRのアレル別メチル化はインプリンティングを担う重要な機構であると考えられている。DMRはCpG island (CGI)様の配列と縦列反復構造をとるという構造的特徴を持つ。通常CGIは遺伝子のプローモーター領域に存在し、メチル化を免れているのに対し、インプリント遺伝子の近傍や不活性化されたX染色体では例外である。したがって、片アレルのみメチル化されているCGIを検索することでDMRを効率的に同定でき、その周辺領域から新規インプリント遺伝子が検出できると考えられる。本研究では、多くの疾患遺伝座がマップされ、塩基配列が正確であるヒト第11番染色体長腕をターゲットにした。in sillicoでそのゲノム塩基配列中からプログラムによるCGIの抽出を行い、SINE、LINEなどの反復配列を含むCGIをプログラムにより検出した後排除した結果、657個のCGIを得た。このとき同時に、抽出されたCGIの縦列反復構造をHarr-Plot解析により検出した。メチル化状況の解析には、独自に考案したHpa II-McrBC-PCR法を用い、DMRの網羅的検索を行った。現在、205個のCGIのHpa II-McrBC-PCR法による解析を終えている。哺乳類の多くのCGIがそうであるように、解析を終えた205個のうちそのほとんど(161個)が非メチル化を示した。そして、完全メチル化、不完全メチル化を示したものはそれぞれ、28個、1個であった。現在のところ、DMRである可能性を示したCGIは15個である。今後、残りのCGIのHpa II-McrBC-PCR解析を進めるとともに、DMRである可能性のあるCGIについてアレル別メチル化をBisulfite genomic sequencing法により調べる。そして、アレル別にメチル化状況の異なるCGIはSNPを利用してメチル化アレルの由来を明らかにし、その近傍の遺伝子発現のインプリンティングを検討する。

In addition, the content of the content. These wonderful phenomena are related to cell proliferation, differentiation, and development of individuals, as well as to the development of other diseases such as cancer, diabetes, and depression. There is a DMR (differentially methylated region) in the vicinity of the INPLINENT gene that is highly methylated and specific to the INPLINENT gene, and the DMR's deconstruction and interoperability will reveal flaws in the INPLINENT gene programming. The DMR's deconstruction will become an important institution in the INPLINENT gene programming. DMR CpG island (CGI) configuration and repeated structure characteristics Generally CGI has the exception of X chromosome, which is not activated near the gene. The CGI module is implemented in the same way as the DMR module, and the new CGI module is implemented in the peripheral domain. In this study, we found that there were many disease loci, and the gene alignment was correct. In silico, 657 CGI were extracted from the CGI list, SINE, LINE, and repeated lists, including CGI list. This is the first time that CGI has been extracted from the database. The analysis of cluster analysis, independent case study, Hpa II-McrBC-PCR method, DMR and network search Now, 205 CGI and Hpa II-McrBC-PCR method for analysis and final analysis. Mammalian CGI: 205 (161) 28, 1 Now we have 15 CGI possibilities. In the future, CGI and Hpa II-McrBC-PCR analysis will be further developed, DMR and CGI will be further developed, and Bisulfid genomic sequencing will be further developed. The use of CGI SNPs to identify the origin of cluster diversity and the development of nearby clusters is discussed.