多因子疾患の要因としてのインプリント遺伝子の網羅的探索:cSNPを利用したアプローチ

全面搜索印记基因作为多因素疾病的因素：使用 cSNP 的方法

基本信息

批准号：
13204020
负责人：
萩原百合子
金额：
$ 4.48万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13204020/
关键词：
ゲノムインプリンティング

项目摘要

スクリーニングに用いる、核移植により作成した新しいマウスの系はすでに確立し、昨年よりこれを用いて片親由来の発現をするような遺伝子の探索と機能解析を開始し、母性発現遺伝子24と父性発現遺伝子18の合計42遺伝子を同定する事が出来た。現在これらを単離中であり今後とも順次見いだされたものから解析を進める。これらの中には、Beckwith-Wiedemann症候群重要責任座位のインプリンティング制御因子であるLit1、15番染色体Angelman症候群原因遺伝子Snrpn、Prader-Willi Syndrome領域のNecdin、またがん抑制遺伝子Peg3およびIgf2rが含まれ(他研究グループにより既得)、この系がインプリント遺伝子の単離に有効であることが実際に示された。この他にも父性発現遺伝子ImpactのヒトホモログIMPACTは第18番長腕にマップされたことから躁うつ病との関連が示唆されたのでこれの近隣遺伝子Hrh4の発現を調べたが、マウスでもヒトでもインプリンティングは受けていなかった。またあるがん転移関連遺伝子がゆるいインプリンティングを受けていることを見つけた。未同定のものに関しては現在その解析を急いでいる。さらに、インプリント遺伝子の近傍にはアレル特異的なメチル化を受けるゲノム領域の存在することが多いことを利用し、ヒトゲノムドラフトシーケンスより抽出した特徴的反復配列(TR)構造のメチル化を新たに考案したHpall-McrBC-PCR法で検討し、単アレル性メチル化を受けるCpGアイランド(CpGi)の検索を行った。配列情報がもっとも正確であるヒト21番染色体をモデルに、そのCpGiのメチル化状態を網羅的に検討しまた同時にHarrプロット解析を行うことでTR構造とメチル化の相関を検証した。一定基準で抽出した同染色体上のCpGiほぼ全体にあたる140個を解析した結果、TR型CpGは高い割合でメチル化されていること(通常CpGiは遺伝子のプロモータ領域の存在しメチル化を逃れている)、また、うち数個は母親由来のアレルのみが選択的にメチル化されていることを明らかにした。現在近傍遺伝子のアレル別発現状況を解析している。

自去年开始搜索和功能分析以来，通过核转移而创建的新的小鼠系统已经建立了对单亲表达的基因的搜索和功能分析，并且能够确定总共42个基因，包括母体表达的Gene 24和Paternally Expranced Gene 18。其中包括LIT1，Beckwith-Wiedemann综合征关键责任基因座，SNRPN，染色体15染色体Angelman综合征，Prader-Willi综合征区域的基因原因，癌症抑制基因PEG3和IGF2R（实际上由其他研究组所划分的基因），该系统有效地分离了该系统。此外，人类同源物的影响，含父表达的基因影响，映射到纵向臂的长臂上，表明它与躁狂抑郁症有关，并且检查了相邻基因HRH4的表达，但均未执行小鼠和人类的烙印。我还发现，某些与癌症转移相关的基因正在散布印记。我们目前急于分析身份不明的物品。此外，利用了一个事实，即经常存在于烙印基因附近存在等位基因特异性甲基化的基因组区域，我们研究了从人类基因组草稿序列中提取的特征重复序列（TR）结构的甲基化，并使用新设计的HPALL-MCRBC-PCR方法和CPGGIS（CPGI）（CPGI）（CPGI）（CPGI）（cpGO）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）（cpgo）。使用具有最精确序列信息的人类染色体21，我们全面检查了CPGI的甲基化状态，并同时进行了Harr图分析，以验证TR结构与甲基化之间的相关性。在分析了140个CPGI（几乎完全是使用特定标准提取的CPGI）之后，我们发现Tr型CPG以高速率甲基化（通常CPGI存在于基因的启动子区域中并逃脱甲基化的甲基化），并且只有少数几个是由母亲甲基甲基由母亲甲基选择性的。目前，我们正在分析附近基因的等位基因特异性表达状态。