ゲノム資源を活用した新規間期核FISH法の開発と癌ゲノム異常の包括的解析への応用

利用基因组资源开发新型间期核FISH方法及其在癌症基因组异常综合分析中的应用

• 批准号: 14013051
• 负责人: 嘉数 直樹
• 金额: $ 2.11万
• 依托单位: Kyoto Prefectural University of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14013051/
• 关键词: 間期核spextral FISH法; 癌ゲノム異常; 増幅遺伝子; 乳癌; BACクローン; スペクトル解析

本研究の目的は,多数の遺伝子のコピー数を1回の解析で同定できる新しい方法(間期核spectral FISH法)を開発することである.そして最終的には,癌の病型ごとに病態・悪性度に関連した重要な遺伝子をできるだけ多数選定し,それらのコピー数の異常を包括的に検出できる癌ゲノム異常の解析法を確立する.当該研究は,まず乳癌を対象に開始した.乳癌では既に多数の増幅遺伝子が知られている.その中でも,FGFR1(8p11),MYC(8q24),CCND1(11q13),HER2(17q21),ZNF217(20q13)の5つの遺伝子が,比較的高頻度に増幅していることが報告されている.これら各遺伝子を含むBACクローンを選定し,4種類の蛍光色素を用いて異なる組み合わせになるように直接標識した.これらの標識化合物を混合しプローブとして正常分裂中期染色体を対象にspectral karyotyping (SKY)法と同じ原理でスペクトル解析によって蛍光シグナルを検出した.この際,各遺伝子プローブに対応した蛍光色素の組み合わせに特有なスペクトルパターンを識別させ,その遺伝子ごとに指定した固有の疑似カラーで表示するようにスペクトル同定アルゴリズムを設定しておいた.その結果,それぞれの染色体上の局在に一致して異なる色調でシグナルを識別することができた.また,同じプローブで乳癌細胞株(MDA-MB-453)の間期核を対象として同様な方法による解析を行った.その結果,一回の解析で同時に5つの乳癌関連増幅遺伝子それぞれについて,異常なコピー数を包括的に決定することが可能であった.細胞単位に一回の解析でコピー数の異常を包括的に検出できる方法として間期核spectral FISH法を確立し,その有用性を評価できた.現在は対象を広げ,他の種類の癌についても間期核spectral FISH法を検討している.

The purpose of this study is to develop a new method (interphase spectral FISH method) for the determination of the number of fragments in a single cycle. Finally, the type of cancer is pathologically related to the severity of the disease, and most of the important genes are selected, and the number of abnormalities in the cancer is detected, and the analysis method of the abnormality in the cancer is established. When the study began, breast cancer was detected. Breast cancer is the most common form of breast cancer. There are 5, FGFR1 (8p11),MYC(8q24), CCND1 (11q13), HER2 (17q21), ZNF217 (20q13), and the higher frequency of comparison has increased. The four types of fluorescent pigments are selected from the group consisting of BAC and can be directly identified. The spectral karyotyping (SKY) method is based on the same principle as the spectral karyotyping (SKY) method. At this time, each of the sub-sub-sub As a result, the chromosomes on both sides of the chromosome are consistent and different in color. The analysis of the interphase nuclear mapping of breast cancer cell line (MDA-MB-453) was performed using the same method. As a result, a loop of analysis is performed simultaneously to determine the number of abnormal breast cancer related genes included in the five breast cancer related genes. Cell cycle analysis, including the detection of abnormal numbers, methods, and the establishment and usefulness of interphase nuclear spectral FISH. Now, we can investigate the interphase nuclear spectral FISH method for different types of cancer.

项目成果

Miyagi J: "Acute myeloid leukemia (FAB-M2) with a masked type of t(8;21) translocation revealed by spectral karyotyping (SKY)"Int J Hematol. 76. 338-343 (2002)

Miyagi J：“光谱核型分析 (SKY) 揭示了具有掩蔽型 t(8;21) 易位的急性髓系白血病 (FAB-M2)”Int J Hematol。

Imamura T: "A novel acute lymphoblastic leukemia cell line with MLL-AF5q31 fusion transcript"Leukemia. 16. 2302-2308 (2002)

Imamura T：“一种具有 MLL-AF5q31 融合转录本的新型急性淋巴细胞白血病细胞系”白血病。

Imamura T: "Rearrangement of the MOZ gene in pediatric therapy-related myelodysplastic syndrome with a novel chromosomal translocation t(2;8)(p23;p11)"Genes, Chromosomes & Cancer. 36. 413-419 (2003)

Imamura T：“儿科治疗相关骨髓增生异常综合征中 MOZ 基因的重排，具有新型染色体易位 t(2;8)(p23;p11)”基因，染色体

Kakazu N: "A New Chromosome Banding Technique, "Spectral Color Banding (SCAN)", for Full Characterization of Chromosomal Abnormalities"Genes, Chromosomes & Cancer. (in press). (2003)

Kakazu N：“一种新的染色体显带技术，“光谱色带（SCAN）”，用于全面表征染色体异常”基因，染色体

Tasaka T: "Marked Thrombocytosis following relapse of acute myeloblastic leukemia associated with development of translocation (2;14)(p13;q32)"Leuk Lymphoma. 43. 2063-2065 (2002)

Tasaka T：“急性成髓细胞白血病复发后明显的血小板增多，与易位的发生有关 (2;14)(p13;q32)”白细胞淋巴瘤。