Spectral color banding(SCAN)法によるゲノム構造の解析

使用光谱色带 (SCAN) 方法分析基因组结构

• 批准号: 13204073
• 负责人: 嘉数 直樹
• 金额: $ 2.43万
• 依托单位: Kyoto Prefectural University of Medicine
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13204073/
• 关键词: Gバンド法; SKY法; 染色体カラーバンディング法; SCAN法; 染色体解析

われわれは、spectral karyotyping(SKY)法を基盤にして、特定の染色体についてGバンドに一致したバンド単位でおのおの異なる色調により識別することができる新しい染色体カラーバンディング法、spectral color banding(SCAN)法を開発した。本研究の当初の目的は、このSCAN法を染色体レベルで全ゲノムをカバーし網羅的に解析できる方向へと進展させていくことであった。しかし、サイズが短くバンド数も少ない染色体(19〜22番染色体、Y染色体)では、SCAN法はあまり有用でないため、これらを除いた19種類の染色体について優先的に解析用のバンディングプローブを調整することにした。このうちの13種類(1,3,5,7〜16番染色体)の染色体について、SCAN法でのゲノム構造解析を可能にした。われわれは、このSCAN法で用いる特定の染色体のバンディングプローブとその染色体のペインティングプローブだけを除いたSKYプローブとを一定の比率で混合して使用すると、特定の染色体はカラーバンド像で、他の染色体は従来のSKY法と同様にそれぞれを固有の色調で識別することに成功した。この結果は、全種類の染色体のバンディングプローブを揃えて混合すれば、ゲノム全体を網羅的に解析できる可能性があることを示唆するものである。本研究のもうひとつの目的は、SCAN法を癌のゲノム構造異常が解析できるツールとして実用化させることであった。SCAN法によって、癌の染色体異常を解析した結果、由来不明の異常断片の同定が、従来のSKY法による染色体単位からバンド単位へと、飛躍的に精度を向上させることに成功した。また、複雑な構造異常においては、この方法で転座切断点を精確に決定できた。SCAN法は、癌のゲノム異常の解析技術として有用であり、実用可能であることが示せた。

わ れ わ れ は, spectral karyotyping (SKY) method を base plate に し て, specific の chromosome に つ い て G バ ン ド に consistent し た バ ン ド 単 a で お の お の different な る tonal に よ り recognition す る こ と が で き る new し い chromosome カ ラ ー バ ン デ ィ ン グ method, spectral color The banding(SCAN) method を issues た. は の の original purpose, this study こ の SCAN method を chromosome レ ベ ル で full ゲ ノ ム を カ バ ー し snare に resolution で き る direction へ と progress さ せ て い く こ と で あ っ た. Short し か し, サ イ ズ が く バ ン ド number less も な い chromosomes (19 ~ 22 times chromosome and Y chromosome) で は, SCAN method は あ ま り useful で な い た め, こ れ ら を except い た 19 kinds の chromosome に つ い て priority に parsing using の バ ン デ ィ ン グ プ ロ ー ブ を adjustment す る こ と に し た. Hc-positie こ の う ち の 13 species (1 ~ 16 times a chromosome) の chromosome に つ い て, SCAN method で の ゲ ノ ム structure を may に し た. わ れ わ れ は, こ の で SCAN method with い る の specific chromosome の バ ン デ ィ ン グ プ ロ ー ブ と そ の chromosome の ペ イ ン テ ィ ン グ プ ロ ー ブ だ け を except い た SKY プ ロ ー ブ と の を fixed rate で mixed し て use す る と, specific の chromosome は カ ラ ー バ ン ド like で, he の chromosome は 従 to の と SKY method with others に そ れ ぞ れ Youdaoplaceholder0 inherent block tone で recognition する とに とに successful た た. は こ の results, all kinds の chromosome の バ ン デ ィ ン グ プ ロ ー ブ を Jian え て mixed す れ ば, ゲ ノ ム all を snare に parsing で き る possibility が あ る こ と を in stopping す る も の で あ る. Purpose this study の も う ひ と つ の は, SCAN method を carcinoma の ゲ ノ ム tectonic anomaly が parsing で き る ツ ー ル と し て be in turn さ せ る こ と で あ っ た. SCAN method に よ っ て, cancer を の chromosome abnormality analytic し た results, abnormal origin unknown の の fragment with が, 従 の SKY method に よ る chromosome 単 a か ら バ ン ド 単 a へ と, leap に precision を upward さ せ る こ と に successful し た. ま た, complex 雑 な tectonic anomaly に お い て は, こ の way で planning base cutoff point を に decided で き た. The SCAN method and the tumor ゲノム anomaly <s:1> analysis technique と て て are useful であ, and the practical application may である とが とが とが show せた.

项目成果

Chu D, et al.: "Cloning and characterization of LUN, a novel RING-finger protein that is highly expressed in lung and specifically binds to a palindromic sequence."J Biol Chem. 276. 14004-14013 (2001)

Chu D 等人：“LUN 的克隆和表征，LUN 是一种在肺中高度表达并特异性结合回文序列的新型环指蛋白。”J Biol Chem。

Kakazu N, et al.: "Involvement of the NUP98 gene in achromosomal translocation t(11;20)(p15;q11.2) in apatient withacute monocytic leukemia(FAB-M5b)"Int J Hematol. 74. 53-57 (2001)

Kakazu N 等人：“NUP98 基因参与急性单核细胞白血病 (FAB-M5b) 患者的非染色体易位 t(11;20)(p15;q11.2)”Int J Hematol。

Kitabayashi I, et al.: "Fusion of MOZ and p300 histone acetyltransferases in acute monocytic leukemia with at(8;22)(p11;q13)chromosome translocation"Leukemia. 15. 89-94 (2001)

Kitabayashi I 等人：“急性单核细胞白血病中 MOZ 和 p300 组蛋白乙酰转移酶的融合与 at(8;22)(p11;q13) 染色体易位”白血病。

Kakazu N, et al.: "Development of spectral colour banding in cytogenetic analysis"Lancet. 357. 529-530 (2001)

Kakazu N 等人：“细胞遗传学分析中光谱色带的发展”《柳叶刀》。

嘉数直樹, 阿部達生: "ゲノムサイエンスの新たなる挑戦"共立出版. 448 (2001)

Naoki Kakazu、Tatsuo Abe：“基因组科学的新挑战”Kyoritsu Shuppan 448 (2001)。