遺伝子配置情報に基づいた巨視的ゲノム構造比較法の確立と適用

基于基因位置信息的宏观基因组结构比对方法的建立及应用

• 批准号: 14015229
• 负责人: 堀本 勝久
• 金额: $ 2.37万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015229/
• 关键词: 遺伝子配置; ゲノム; 構造比較

1.環状ゲノム比較法の確立-既に開発済みであった環状ゲノム配置比較法について、類似度の統計的評価に関して改良を行った。その結果、極値分布に基づく類似性確率の推定が可能となった。2.遺伝子配置情報の整備-各種データベースより、46の細菌ゲノムのorthologous遺伝子及び13の細菌ゲノムと酵母ゲノムのparalogous遺伝子に関して、既存のデータベースから遺伝子位置情報を収集し、解析プログラムに取り込めるフォーマットに整備した。3.ゲノム比較の実行-細菌ゲノム及び酵母ゲノムの配置情報データそれぞれについて、解析プログラムを実行った。細菌ゲノムについては、遺伝子機能の観点から既に提唱済みの相対的位置1が保存される遺伝子群について分類を行い、遺伝子群を特徴付けることができた。酵母ゲノムについては、ゲノム重複の可能性を示す結果が得られ、さらに祖先型クロモゾームのモデルを得た。4.遺伝子発現データ解析法の開発-遺伝子位置と遺伝子発現を網羅的に解析するための準備として、ゲノムレベルで遺伝子発現を解析する方法を開発した。5.線形クロモゾーム比較法の開発-異なる生物種間の複数線形クロモゾームの遺伝子配置比較法開発の予備的な調査として、既存の統計ソフトウェアパッケイジによって、様々な既存の統計解析法を適用した。6.解析ソフトウェアの公開-解析ソフトウェアを利用できるホームページの作成を行い、仮設のサーバ上で公開した(http://wwwmse.kagu.sut.ac.jp)。現在ホームページの本格的な専用サーバへの移行を行っている。

1. The establishment of the circular comparison method- The results, extreme value distributions, and similarity accuracy estimates are possible. 2. The preparation of gene allocation information-all kinds of DNA, 46 kinds of bacteria, 46 kinds of orthological genes and 13 kinds of bacteria, yeast, paralogous genes, collection of existing DNA, analysis of DNA, selection of DNA, preparation of DNA. 3. Comparison and implementation-Bacterial and yeast profiles are configured to analyze and implement profiles. The bacteria must be stored in the corresponding position of the gene group. The gene group must be classified in the middle of the line. The gene group must be characterized in the same way. The results show that the yeast has a high probability of duplication, and that the yeast has a high probability of duplication 4. Development of a method for the analysis of gene expression-the preparation and preparation of a method for the analysis of gene expression in a gene expression network 5. Development of Linear Comparison Method-Multiple Linear Comparison Method between Species of Different Organisms Development of Preliminary Investigation and Application of Existing Statistical Methods; Application of Existing Statistical Methods. 6. Analysis of software for public use-analysis of software for public use to create a home page, set up a home page for public use (wwwmse.kagu.sut.ac.jp). Now select a page for this category and use it for migration.

项目成果

Hiroyuki Toh: "Inference of a genetic network by a combined approach of cluster analysis and graphical Gaussian modeling"BIOINFORMATICS. 18,2. 287-297 (2002)

Hiroyuki Toh：“通过聚类分析和图形高斯建模相结合的方法来推断遗传网络”生物信息学。

Hiroyuki Toh: "System for automatically inferring a genetic network from expression profiles"J.Biol.Phys.. 28. 449-464 (2002)

Hiroyuki Toh：“根据表达谱自动推断遗传网络的系统”J.Biol.Phys.. 28. 449-464 (2002)

Sachiyo Aburatani: "Deduction of a gene regulatory relationship frame work from gene expression data by the application of graphical Gaussian modeling"Signal Processing. 83. 777-788 (2003)

Sachiyo Aburatani：“通过应用图形高斯建模从基因表达数据中推导出基因调控关系框架”信号处理。