グラフィカル・モデリングに基づく相互作用推定法の理論的研究と適用

基于图解建模的交互估计方法的理论研究与应用

• 批准号: 15014208
• 负责人: 堀本 勝久
• 金额: $ 3.14万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15014208/
• 关键词: ネットワーク; 統計解析; 遺伝子制御; 蛋白質相互作用; ゲノム; ウェブサイト; グラフィカル・モデル

本研究は、多変量解析法の一手法であるグラフィカル・モデリングに基づいて、直接的な相互作用を間接的な相互作用から判別し相互作用の全体像を推定する方法を開発し、遺伝子発現プロファイル、配列情報、立体構造情報などの生物情報に適用し、生命を構成する物質間の関係性の理解を深めることを目的とした。本年度の具体的な目標として、以下の課題を挙げた。(1)データの収集と整備遺伝子発現プロファイルについては、web上に公開されている遺伝子発現データを収集し、プログラムに取り込めるように整備する。同時に立体構造既知の蛋白質配列についても、各種データベースより収集し、配列アライメントを行う。(2)グラフイカル・ガウシアン・モデリングによる相互作用推定法を統合したシステムの構築クラスター法を利用し自動的にグループ化されたデータから、グラフィカル・ガウシアン・モデリングによって直接相互作用を推定する方法を、一つのシステムとして実行できるように統合する。(3)統合システムの遺伝子発現プロファイルへの適用統合システムによって、遺伝子の相互作用を推定、推定結果を転写因子による制御関係などの既知の知識と照応を行う。(4)統合システムの配列・立体構造データへの適用統合システムによって、配列の相互作用領域の推定を行い、その結果を立体構造データを照応し、評価を行う。上記、課題のうち、(1)(2)については、達成できた。特に、相互作用推定法を統合したシステムの構築し、web上で公開した(URL:http://eureka.ims.u-tokyo.ac.jp/asian/)。(3)(4)については、一部の解析は終了し、その成果を部分的には発表した。解析を継続し、更なる成果を公表する準備をしている。

This study aims to develop a method for analyzing the relationship between substances, such as the basis, direct interaction, indirect interaction discrimination, and total image estimation of interaction, and to deepen the understanding of the relationship between substances, such as genetic discovery, alignment information, three-dimensional structure information, biological information, and life composition. The specific objectives of this year are as follows: (1)The collection and preparation of information on the web is open to the public. The collection and preparation of information on the web is open to the public. At the same time, the three-dimensional structure of the known protein alignment, a variety of data sets, alignment of the line (2)The method of direct interaction estimation is integrated into the method of construction of the system by using the automatic system optimization method. (3)The application of the integrated system to the development of genetic information, genetic interaction, estimation results, writing factors, control relationships, knowledge and illumination (4)The application of the integrated system configuration, the interaction domain of the integrated system configuration, and the results of the integrated system configuration are discussed. (1)(2)(3)(4)(5)(6)(7)(8)(9)(10)(11)(12)(13)(14)(15)(16)(17)(18)(19)(10)(11)(10 The interaction estimation method is open to the public on the web (URL:http://eureka.ims.u-tokyo.ac.jp/asian/). (3)(4) A part of the analysis is completed, and a part of the results is revealed. Analysis of the results of the preparation

项目成果

Sato, T: "Prediction of Protein-Protein Interactions from Phylogenetic Trees Using Partial Correlation Coefficient, Genome Informatics"Genome Informatics. 14. 496-497 (2003)

Sato, T：“使用偏相关系数，基因组信息学从系统发育树预测蛋白质-蛋白质相互作用”基因组信息学。

堀本勝久: "遺伝子発現プロファイルからの制御機構の推定"ソフトウェアバイオロジー. 2. 26-29 (2003)

Katsuhisa Horimoto：“从基因表达谱推断调控机制”软件生物学 2. 26-29 (2003)。

Imaizumi, A.: "Reconstruction of Genetic Network in Tryptophan Metabolism from Gene Expression Profiles"Proceedings of 8^<th> World Conference on Systematics, Cybernetics and Informatics. (印刷中). (2004)

Imaizumi, A.：“从基因表达谱重建色氨酸代谢的遗传网络”第 8 届世界系统学、控制论和信息学会议论文集（2004 年）。

Aburatani, S: "Deduction of a gene regulatory relationship framework from gene expression data by the application of graphical Gaussian modeling"Signal Processing. 83. 777-788 (2003)

Aburatani, S：“通过应用图形高斯建模从基因表达数据中推论基因调控关系框架”信号处理。

Horimoto, K.: "A Web Site for Network Inference"Genome Informatics. 14. 278-279 (2003)

Horimoto, K.：“网络推理网站”基因组信息学。