遺伝子配置情報に基づくゲノム構造比較法の開発
基于基因位置信息的基因组结构比对方法的发展
基本信息
- 批准号:12208038
- 负责人:
- 金额:--
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
- 财政年份:2000
- 资助国家:日本
- 起止时间:2000 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
既に開発した環状ゲノム比較法に更に改良を加え、ゲノム間の遺伝子配置の類似性について統計的有意性を推定することができるようにした。19種細菌ゲノムのorthologous遺伝子の配置情報を既存のデータベースから収集し、この方法によって、各ゲノム間でorthologous遺伝子の配置の数理的特性を解析した。その結果、ランダムな配置に対して相対的位置が統計的有意に維持された遺伝子群の存在が明らかになった。さらに、真正細菌ゲノム間で最も類似な配置を実現する方向は、2つのゲノムの複製開始・終止点が一致する方向であった。最近、近縁細菌のゲノム比較によって、複製点を対称軸とした遺伝子の移動が遺伝子再配置において最も頻繁に起こる遺伝子移動のパターンの一つである事が報告されている。この報告は、我々の方法の解析結果を支持する。複製点に対する対称移動が再配置の駆動力であれば、最も類似な配置は複製点が一致する方向で実現される可能性が高いからである。線形ゲノム比較のために、関連遺伝子のクロモゾーム上の配置を比較する方法のプロトタイプを開発した。この方法によって、酵母ゲノム上の重複遺伝子について、それらの種類と位置を考慮して16の酵母クロモゾームを比較した結果、7つのクラスターにクロモゾームが分類された。このことは、従来提唱されている、現在の酵母ゲノムが2倍体であるという仮説を支持すると共に、祖先型のクロモゾーム・ペアを具体的に示唆する。このように、従来の遺伝子配列比較に基づくボトムアップのアプローチに加え、遺伝子配置に基づくトップダウンのアプローチの開発は、ゲノム比較において新しい巨視的な観点を提供し、新しい知見を得ることができた。また、環状ゲノム比較の方法を更に多数のゲノム間の多様な関連遺伝子群に適用すると共に、線形ゲノム比較においても巨視的且つ網羅的な方法を開発・改良する必要性を示唆する。
Both open に 発 し た annular ゲ ノ ム comparison に more に improved を え, ゲ ノ ム の between heritage 伝 child configuration の similarity に つ い て statistical presumption to sexual を す る こ と が で き る よ う に し た. Traces of 19 kinds of bacteria ゲ ノ ム の orthologous 伝 son の configuration information を existing の デ ー タ ベ ー ス か ら 収 し, こ の way に よ っ て, various ゲ ノ ム で between orthologous heritage 伝 son の configuration characteristics of の mathematical analytical し を た. そ の results, ラ ン ダ ム な configuration に し seaborne て in the location of the seaborne が statistics intentionally に maintain さ れ た heritage 伝 subgroup の exist が Ming ら か に な っ た. さ ら に, real bacteria ゲ ノ ム で も most similar between な configuration を be presently す る direction は, 2 つ の ゲ ノ ム の consistent copy start, end point が す る direction で あ っ た. Recently, nearly try bacteria の ゲ ノ ム compare に よ っ て, copy some を said shaft seaborne と し た posthumous son 伝 の mobile が heritage 伝 son relocation に お い て since the most frequent も に こ る posthumous son 伝 mobile の パ タ ー ン の a つ で あ る matter が report さ れ て い る. The <s:1> <s:1> report and the parsing result of my 々 <s:1> method <e:1> を support する. Copy some に す seaborne る called mobile seaborne が relocation の 駆 power で あ れ ば, the most similar な も configuration は consistent copy some が す る direction で be presently さ れ likely が る い か ら で あ る. Linear ゲ ノ ム is の た め に, masato even survived 伝 の ク ロ モ ゾ ー ム の configuration を comparative す る method の プ ロ ト タ イ プ を open 発 し た. こ の way に よ っ て, yeast ゲ ノ ム の repeat on heritage 伝 son に つ い て, そ れ ら の kinds と position を consider し て 16 の yeast ク ロ モ ゾ ー ム を compare し た results, 7 つ の ク ラ ス タ ー に ク ロ モ ゾ ー ム が classification さ れ た. こ の こ と は, 従 to sing さ れ て い る, now の yeast ゲ ノ ム が double body で あ る と い う 仮 says を support す る と に, ancestral type の ク ロ モ ゾ ー ム · ペ ア を specific に in stopping す る. こ の よ う に, 従 の heritage 伝 with sequence comparison に base づ く ボ ト ム ア ッ プ の ア プ ロ ー チ に え, heritage 伝 son configuration に base づ く ト ッ プ ダ ウ ン の ア プ ロ ー チ の open 発 は, ゲ ノ ム compare に お い て new し い the macroscope な 観 point を し, new し い knowledge を have る こ と が で き た. Compared ま た, annular ゲ ノ ム の way more に を most の ゲ ノ ム の among many others な masato even heritage 伝 subgroup に applicable す る と に, linear ゲ ノ ム compare に お い て も macroscope and つ snare を open 発 な method, improved す る necessity を in stopping す る.
项目成果
期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Hiroyuki Toh: "Inference of Genetic networks from Expression profile by Graphical Gaussian Modeling"Genome Informatics 2000. 11. 242-243 (2000)
Hiroyuki Toh:“通过图形高斯建模从表达谱推断遗传网络”基因组信息学 2000. 11. 242-243 (2000)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Katsuhisa Horimoto: "A Procedure for Estimating Cluster Boundaries in Gene Expression Profile Data"Genome Informatics 2000. 11. 247-248 (2000)
Katsuhisa Horimoto:“基因表达谱数据中估计簇边界的程序”Genome Informatics 2000. 11. 247-248 (2000)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Katsuhisa Horimoto: "Feasibility of Gene-Location Distance in Microbial Genome Analysis"INFORMATION. 3. 263-269 (2000)
Katsuhisa Horimoto:“微生物基因组分析中基因位置距离的可行性”信息。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Satoshi Fukuchi: "Classification of linear chromosomes"Proceedings of Second International Congress ISAAC. 2. 1199-1207 (2000)
Satoshi Fukuchi:“线性染色体的分类”第二届国际大会 ISAAC 论文集。
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Hiroaki Saitoh: "A Comprehensive Comparison between Locations of Orthologs in Circular Microbial Genomes"Genome Informatics 2000. 11. 333-334 (2000)
Hiroaki Saitoh:“环状微生物基因组中直向同源物位置的综合比较”基因组信息学 2000. 11. 333-334 (2000)
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
堀本 勝久其他文献
光学活性α-アレニルグリシンの合成
光学活性α-烯酰甘氨酸的合成
- DOI:
- 发表时间:
2010 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
R.Nakabayashi;K.Yonekura-Sakakibara;F.Matsuda;T.Tohge;M.Kitajima;H.Takayama;M.Yamazaki;K.Saito;W. Zhao and C. Watanabe;岡田拓也(大船泰史);Hones Sheila;別所康太郎;堀本 勝久;Aya Tanatani;古矢旬;I.Hirao;小田奈穂子(大船泰史) - 通讯作者:
小田奈穂子(大船泰史)
Development of Novel Progesterone Antagonists Bearing A6-Arylcoumarin Skeleton
带有A6-芳基香豆素骨架的新型黄体酮拮抗剂的研制
- DOI:
- 发表时间:
2010 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
R.Nakabayashi;K.Yonekura-Sakakibara;F.Matsuda;T.Tohge;M.Kitajima;H.Takayama;M.Yamazaki;K.Saito;W. Zhao and C. Watanabe;岡田拓也(大船泰史);Hones Sheila;別所康太郎;堀本 勝久;Aya Tanatani - 通讯作者:
Aya Tanatani
創薬・副作用予測にむけた生命分子ネットワーク解析法の開発
开发用于药物发现和副作用预测的生物分子网络分析方法
- DOI:
- 发表时间:
2007 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
R.Nakabayashi;K.Yonekura-Sakakibara;F.Matsuda;T.Tohge;M.Kitajima;H.Takayama;M.Yamazaki;K.Saito;W. Zhao and C. Watanabe;岡田拓也(大船泰史);Hones Sheila;別所康太郎;堀本 勝久 - 通讯作者:
堀本 勝久
堀本 勝久的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('堀本 勝久', 18)}}的其他基金
グラフィカル・モデルに基づく生命情報からの因果・関連性解析
基于图模型的生物信息因果关系分析
- 批准号:
20016028 - 财政年份:2008
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
グラフィカルモデルに基づく相互作用推定法の開発と適用
基于图模型的交互估计方法的开发与应用
- 批准号:
18016008 - 财政年份:2006
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
グラフィカル・ガウシアン・モデルによる相互作用推定法の拡張とその適用
图解高斯模型交互估计方法的扩展及其应用
- 批准号:
17017015 - 财政年份:2005
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
グラフィカル・モデリングに基づく相互作用推定法の確立と適用
基于图解建模的交互估计方法的建立及应用
- 批准号:
16014203 - 财政年份:2004
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
グラフィカル・モデリングに基づく相互作用推定法の理論的研究と適用
基于图解建模的交互估计方法的理论研究与应用
- 批准号:
15014208 - 财政年份:2003
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
遺伝子配置情報に基づいた巨視的ゲノム構造比較法の確立と適用
基于基因位置信息的宏观基因组结构比对方法的建立及应用
- 批准号:
14015229 - 财政年份:2002
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
遺伝子配置情報に基づくゲノム構造比較法の開発と適用
基于基因位置信息的基因组结构比对方法的开发与应用
- 批准号:
13208028 - 财政年份:2001
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
相似海外基金
Coupled Evolution of Ice Shelf and Ocean in the Amundsen Sea Sector of Antarctica
南极阿蒙森海区冰架与海洋的耦合演化
- 批准号:
NE/Y001338/1 - 财政年份:2026
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Research Grant
Coupled Evolution of Ice Shelf and Ocean in the Amundsen Sea Sector of Antarctica
南极阿蒙森海区冰架与海洋的耦合演化
- 批准号:
NE/Y000811/1 - 财政年份:2026
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Research Grant
SHINE: The Evolution of Coronal Dimmings and Their Relationship to Eruptive Phenomena
闪耀:日冕变暗的演变及其与喷发现象的关系
- 批准号:
2400789 - 财政年份:2025
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Continuing Grant
Human-Robot Co-Evolution: Achieving the full potential of future workplaces
人机协同进化:充分发挥未来工作场所的潜力
- 批准号:
DP240100938 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Discovery Projects
Population genomic methods for modelling bacterial pathogen evolution
用于模拟细菌病原体进化的群体基因组方法
- 批准号:
DE240100316 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Discovery Early Career Researcher Award
Seeing in the dark: evolution of supraglacial lakes on the Greenland and Antarctic ice sheets during polar night
黑暗中的视觉:极夜期间格陵兰岛和南极冰原上冰上湖泊的演化
- 批准号:
2902592 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Studentship
The Role of Climate Change in Early Human Behavioural Evolution
气候变化在早期人类行为进化中的作用
- 批准号:
2903287 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Studentship
Directed and adaptive evolution of photosynthetic systems
光合系统的定向和适应性进化
- 批准号:
MR/Y011635/1 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Fellowship
Sex-specific fitness landscapes in the evolution of egg-laying vs live-birth
产卵与活产进化中的性别特异性适应性景观
- 批准号:
NE/Y001672/1 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Research Grant
The evolution of developmental system drift in axial specification in Spiralia
螺旋体轴向规格发育系统漂移的演变
- 批准号:
BB/Y004140/1 - 财政年份:2024
- 资助金额:
-- - 项目类别:
Research Grant














{{item.name}}会员




