グラフィカルモデルに基づく相互作用推定法の開発と適用

基于图模型的交互估计方法的开发与应用

• 批准号: 18016008
• 负责人: 堀本 勝久
• 金额: $ 5.31万
• 依托单位: National Institute of Advanced Industrial Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-18016008/
• 关键词: ゲノム; ネットワーク; グラフィカル・モデル; 遺伝子制御; タンパク質相互作用; 生体生命情報学; マイクロアレイ; プロテオーム

研究実績は,以下の通りである。[1]グラフィカル連鎖モデルに基づく時系列発現データ解析法の確立[2]Path Consistency(PC)アルゴリズムに基づく遺伝子制御ネットワーク解析法の確立[3]PC アルゴリズムに基づくSNP解析法の開発[4]PC アルゴリズムに基づくタンパク質相互作用領域推定法の開発[5]推定ネットワーク構造に連携した動態解析法の開発[1]については,既に予備的な研究を発展させ,進展性の疾患からの発現プロファイルへの適用により最終的な手法を確立した。[2]についても,既に解析手法の基礎部分の実装に基づき,既知の制御ネットワークに関する計測データにより最終的な手法の確立を行った。[3]では,カテゴリーデータに適用可能なPC アルゴリズムに基づき,SNPデータの解析に特化した手法を開発した。[4]では,既に進化系統樹に基づくタンパク質相互作用推定法に基づき,タンパク質自体の特性を示すデータに基づく推定法を開発した。また,[1]と[2]での実数データに関するPC アルゴリズムと[3]でのカテゴリーデータ用アルゴリズムを用いて,既知のデータを利用して相互作用領域のための採用する特性を選定した。[5]これまで開発したマクロな関連を推定するトップダウンの推定法と,本研究で集中的に開発するミクロな関連を推定するボトムアップ推定法を統合し,マクロとミクロな立場からの関連を実行及び照応可能なシステムを構築した。

Research achievements である, the following is である である. [1] グ ラ フ ィ カ ル chain モ デ ル に base づ く series 発 now when デ ー タ analytical method [2] の established Path Consistency (PC) ア ル ゴ リ ズ ム に base づ く posthumous son 伝 suppression ネ ッ ト ワ ー ク analytical method [3] の established PC ア ル ゴ リ ズ ム に base づ く SNP analytic method の open 発 [4] a PC ア ル ゴ リ ズ ム に base づ く タ ン パ ク qualitative interaction domain estimate の open 発 [5] presumption ネ ッ ト ワ ー ク tectonic に し link-up た dynamic analytic method の open 発 [1] に つ い て は, both に reserve な research を 発 exhibition さ せ, advanced の disorders か ら の 発 now プ ロ フ ァ イ ル へ の applicable に よ り な technique を eventually establish し た. [2] に つ い て も, both analytical technique based part の に の be に based づ き, both known の suppression ネ ッ ト ワ ー ク に masato す る measuring デ ー タ に よ り eventually な gimmick の line established を っ た. [3] で は, カ テ ゴ リ ー デ ー タ に may apply な PC ア ル ゴ リ ズ ム に base づ き, SNP デ ー タ の parsing に specialized し た gimmick を open 発 し た. [4] で は, both に evolutionary tree に base づ く タ ン パ ク qualitative interaction estimate に base づ き, タ ン パ ク qualitative autologous の features を shown す デ ー タ に base づ く estimate を open 発 し た. ま た, [1] と [2] で の be several デ ー タ に masato す る PC ア ル ゴ リ ズ ム と [3] で の カ テ ゴ リ ー デ ー タ with ア ル ゴ リ ズ ム を with い て, both known の デ ー タ を using し て interaction field の た め の using す る features を selected し た. [5] こ れ ま で open 発 し た マ ク ロ な masato presumption even を す る ト ッ プ ダ ウ ン の と presumption method, this study で concentrated に open 発 す る ミ ク ロ な masato presumption even を す る ボ ト ム ア ッ プ integration estimate を し, マ ク ロ と ミ ク ロ な position か ら の masato even を be line and び according 応 な シ ス テ ム を build し た.

项目成果

Partial correlation coefficient between distance matrices as a new indicator of protein-protein interactions

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btl419
• 发表时间: 2006-10-15
• 期刊: BIOINFORMATICS
• 影响因子: 5.8
• 作者: Sato, Tetsuya;Yamanishi, Yoshihiro;Toh, Hiroyuki
• 通讯作者: Toh, Hiroyuki

Symbolic-numeric estimation of parameters in biochemical models by quantifier elimination.

通过量词消除对生化模型中的参数进行符号数值估计。

• 发表时间: 2006
• 期刊: J. Bioinfo. Comput. Biol. 4
• 作者: Anai;H.;Orii;S.;Horimoto;K
• 通讯作者: K

代数生物学一記号計算による生命現象解析

代数生物学-用符号计算分析生命现象

• 发表时间: 2007
• 作者: Horimoto;K.;堀本 勝久
• 通讯作者: 堀本 勝久

創薬・副作用予測にむけた生命分子ネットワーク解析法の開発

开发用于药物发现和副作用预测的生物分子网络分析方法

• 发表时间: 2007
• 作者: R.Nakabayashi;K.Yonekura-Sakakibara;F.Matsuda;T.Tohge;M.Kitajima;H.Takayama;M.Yamazaki;K.Saito;W. Zhao and C. Watanabe;岡田拓也(大船泰史);Hones Sheila;別所康太郎;堀本 勝久
• 通讯作者: 堀本 勝久

Gene systems network inferred from expression profiles in hepatocellular carcinogenesis by graphical gaussian model

通过图形高斯模型从肝细胞癌变过程中的表达谱推断基因系统网络

• 发表时间: 2007
• 期刊: EURASIP J Bioinform Syst Biol
• 作者: Aburatani S;Sun F;Saito S;Honda M;Kaneko S;Horimoto K.
• 通讯作者: Horimoto K.