レトロトランスポゾンによる植物ゲノムのヘテロクロマチン化:その制御と進化の解析

逆转录转座子对植物基因组的异染色质化:其调控和进化分析

基本信息

  • 批准号:
    16011210
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 3.78万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2004
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2004 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

全塩基配列が解析されたイネとシロイヌナズナの系で、ヘテロクロマチン領域を形成するレトロトランスポゾンに着目し、植物ゲノムにおけるヘテロクロマチンのサイレンシングとその解除の機構解明を研究目的とした。その成果は以下の3点にまとめられる。(1)イネゲノムの低メチル化状態におけるトランスポゾンの発現量の網羅的解析:ゲノムDNAの低メチル化を誘導するイネDDM1ホモログのアンチセンス形質転換体(葉)及び5-azacitidine処理後の懸濁培養細胞を用いて、レトロトランスポゾンの発現量の変化を網羅的に解析した。イネ・トランスポゾンマクロアレイを作成し、低メチル化で発現が上昇するレトロトランスポゾンを網羅的に同定した。さらに、イネセントロメア/ペリセントロメア領域に局在するレトロトランスポゾンに的を絞り、以降の実験を行った。(2)イネセントロメア/ペリセントロメア特異的レトロトランスポゾン、RIRE7のクロマチン状態の解析:上記形質転換植物体、および培養細胞を材料として、レトロトランスポゾン、RIRE7を含むヘテロクロマチン領域について、bisulfite sequencing法によってシトシンのメチル化部位とメチル化の種類を明らかにした。(3)シロイヌナズナの第3染色体ペリセントロメア領域に存在するtRNA synthetase遺伝子の偽遺伝子化に、繰り返し起きたレトロトランスポゾンの挿入がどのようにかかわったかを、挿入年代を含めて詳細なデータベース解析から明らかにした。
Salt base full column が parsing さ れ た イ ネ と シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ の で, ヘ テ ロ ク ロ マ チ ン field を formed す る レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン に し, plants ゲ ノ ム に お け る ヘ テ ロ ク ロ マ チ ン の サ イ レ ン シ ン グ と そ の remove の agencies interpret を research purpose と し た. Youdaoplaceholder0 そ achievements そ the following are three points にまとめられる. (1) イ ネ ゲ ノ ム の low メ チ ル change state に お け る ト ラ ン ス ポ ゾ ン の 発 is の a net amount of parsing: ゲ ノ ム DNA の low メ チ ル change induced す を る イ ネ DDM1 ホ モ ロ グ の ア ン チ セ ン ス form quality planning in body (leaf) and 5 - azacitidine び 処 reason after の clouding culture cell を with い て, レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン The に analysis of the <s:1> occurrence quantity <s:1> variation を network and the た た. イ ネ · ト ラ ン ス ポ ゾ ン マ ク ロ ア レ イ を made し, low メ チ ル change で 発 now rising が す る レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン を snare に with fixed し た. さ ら に, イ ネ セ ン ト ロ メ ア / ペ リ セ ン ト ロ メ ア field に bureau in す る レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン に を ground り, with の be 験 を line っ た. (2) イ ネ セ ン ト ロ メ ア / ペ リ セ ン ト ロ メ ア specific レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン, RIRE7 の ク ロ マ チ ン state の analytic: written form quality planning in plants, お よ び culture cell を material と し て, レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン, RIRE7 を containing む ヘ テ ロ ク ロ マ チ ン field に つ い て, bisulfite sequencing method: によってシトシ <s:1> <s:1> メチ メチ メチ た to sequence parts とメチ to sequence species を Ming ら に に た た. (3) シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ の chromosome 3 ペ リ セ ン ト ロ メ に ア field exist す る tRNA synthetase posthumous son 伝 の pseudo heritage 伝 son に, Qiao り return し up き た レ ト ロ ト ラ ン ス ポ ゾ ン の scions into が ど の よ う に か か わ っ た か を, scions into s を め て detailed な デ ー タ ベ ー ス parsing か ら Ming ら か に し た.

项目成果

期刊论文数量(6)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Rice retroposon p-SINE1 and origin of the cultivated rice.
水稻反座子 p-SINE1 和栽培稻的起源。
  • DOI:
  • 发表时间:
    2004
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ohtsubo;H.;Cheng;C.;Tsuchimoto;S.;Ohtsubo E.
  • 通讯作者:
    Ohtsubo E.
Australian wild rice species Oryza meridionalis consists of annual and perennial ecotype strains.
澳大利亚野生稻物种 Oryza meridionalis 由一年生和多年生生态型菌株组成。
レトロエレメントからみたイネゲノム
从复古元素看水稻基因组
  • DOI:
  • 发表时间:
    2005
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Xu;J.-H.;Cheng C.;Tsuchimoto;S.;Ohtsubo;H.;Ohtsubo;E.;大坪 久子
  • 通讯作者:
    大坪 久子
Polyphyletic origin of cultivated rice: Based on the interspersion pattern of SINEs
  • DOI:
    10.1093/molbev/msg004
  • 发表时间:
    2003-01-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    10.7
  • 作者:
    Cheng, CY;Motohashi, R;Ohtsubo, E
  • 通讯作者:
    Ohtsubo, E
Intermediate molecules generated by transposase in the pathways of transposition of bacterial insertion element IS3
细菌插入元件IS3转座途径中转座酶产生的中间分子
  • DOI:
  • 发表时间:
    2004
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    Ohtsubo;E.Minematsu;H.Tsuchida;K.;Ohtsubo;H.;Sekine;Y.
  • 通讯作者:
    Y.
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Gender Equality as a Japanese Academic Strategy in the Global Age: Empowerment of Women and Nurturing the Next Generation
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  • 发表时间:
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  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    大坪 久子;小川 温子;佐藤 恵;平田 典子
  • 通讯作者:
    平田 典子
バーバラマクリントックの生涯
芭芭拉·麦克林托克的一生
  • DOI:
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    大坪 久子;田中 順子;土本 卓;福井 希一
  • 通讯作者:
    福井 希一

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    2024
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    2024
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    $ 3.78万
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