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SAGE解析法によるカイコ絹糸腺細胞のトランスクリプトーム解析

利用SAGE分析方法对家蚕丝腺细胞进行转录组分析

基本信息

批准号：
16011263
负责人：
三田和英
金额：
$ 3.46万
依托单位：
National Institute of Agrobiological Sciences
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

(1)SAGE解析用データベース作成(Reference db):SAGE解析用データベース作成(Reference db):カイコcDNAクローンをpolyA-tail側からシーケンスを決め、SAGE解析用のNlaIIIとBsmFIで切り出される14塩基断片(sequence tag)‘名札'のシーケンスを決め、ESTデータベースとリンクしたデータベースを作成する。このため、近交系p50T系統のカイコの11組織から作成したcDNAライブラリーを解析し、39,000個の5'ESTと38,000個の3'ESTを決め、CAP3プログラムを用いてクラスターリングをし、2,406個のclusterと6,255のsingletonを得た。これらから各cDNAのtagを決め、ホモロジー検索により各cDNAのアノーテーションを行い、データベース化した。(2)5令3日目の中部(MSG)および後部絹糸腺(PSG)から抽出したmRNAから10塩基の断片を得、これを連結したコンカテマーを作成し、中部および後部絹糸腺SAGEライブラリーを作成した。(3)SAGEクローンのシーケンスを各SAGEライブラリー当たり3,000-5,000個決め、10ベースのtagシーケンスを決めた。MSGライブラリーから27,442tags、PSGライブラリーから43,894tagsを決めた。(4)MSGとPSG SAGEライブラリーで得られたtagの頻度と分布を比較することにより、MSGおよびPSG特異的に出現するtagを解析した。25個のMSG特異的cDNAと13個のPSG特異的cDNAを得た。MSG特異的cDNAにはSericin1,2遺伝子の他、Photoreceptor hedrogenase, Retinal binding protein, SR family splicing factor等が同定されたが、大部分は未知遺伝子だった。PSG特異的cDNAにはfibroin H-chain, L-chain, P25遺伝子の他、Protease inhibitor, Arginine kinase等が見い出された。

(1) SAGE parsing is made with cursors (Reference db): SAGE parsers are made with cursors (Reference db): cDNA parsers are made with polyA-tail parsers, and SAGE parsers are used with NlaIII parsers to cut out the key fragments (sequence tag) of "14" base fragments (sequence tag). The inbred system p50T and inbred series p50T system were organized into a cDNA cluster analysis, 39000 5ESTs, 38000 3ESTs, and CAP3 truncations, and 2406 cluster were awarded 6255 singleton. Each cDNA tag makes a decision, each cDNA makes a decision, each cDNA makes a decision, the line is changed, and the line is changed. (2) in the middle of the eye (MSG), the rear part of the gland (PSG) was pulled out in the middle of the eye (MSG). The fragments were extracted, the fragments were linked and made, and the back of the middle was made. The back of the gland was SAGE. (3) the number of SAGE messages per SAGE is between 3000 and 5000, and that of each SAGE is 10 years old. MSG does not need to 27442tags, PSG does not need to make a decision on the 43894tags. (4) the distribution of MSG PSG SAGE data is much better than that of MSG tag analysis. 25 cDNA for MSG features and 13 cDNA scores for PSG features. MSG's special cDNA, Photoreceptor hedrogenase, Retinal binding protein, SR family splicing factor, etc., are the same as those of others, most of whom are unknown. The special cDNA of PSG, such as fibroin H-chain, L-chain, P25, he, Protease inhibitor, Arginine kinase, etc.

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Partial deletions of the W chromosome due to reciprocal translocation in the silkworm Bombyx mori

DOI：
10.1111/j.1365-2583.2005.00565.x
发表时间：
2005-08-01
期刊：
INSECT MOLECULAR BIOLOGY
影响因子：
2.6
作者：
Abe, H;Seki, M;Shimada, T
通讯作者：
Shimada, T

Survey and analysis of microsatellites in the silkworm, Bombyx mori:: Frequency, distribution, mutations, marker potential and their conservation in heterologous species

DOI：
10.1534/genetics.104.031005
发表时间：
2005-01-01
期刊：
GENETICS
影响因子：
3.3
作者：
Prasad, MD;Muthulakshmi, M;Nagaraju, J
通讯作者：
Nagaraju, J

Change in the expressed gene patterns of the wing discs during the metamorphosis of Bombyx mori.

家蚕变态过程中翅盘表达基因模式的变化。

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Gene 343
影响因子：
0
作者：
Kawasaki;H.;Ote;M.;Okano;K.;Shimada;T.;Quan;G-X.;Mita;K.
通讯作者：
K.

A baculovirus-encoded protein tyrosine phosphatase gene induces enhanced locomotory activity in a lepidopteran host

DOI：
10.1073/pnas.0409457102
发表时间：
2005-02-15
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
影响因子：
11.1
作者：
Kamita, SG;Nagasaka, K;Hammock, BD
通讯作者：
Hammock, BD