ローカスワイドSNPハプロタイプ解析による代謝異常症候群疾患感受性遺伝子の探索

通过全基因座SNP单倍型分析寻找代谢综合征疾病易感基因

• 批准号: 16012266
• 负责人: 森崎 隆幸
• 金额: $ 2.24万
• 依托单位: National Cardiovascular Center Research Institute
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16012266/
• 关键词: 一塩基多型; ハプロタイプ; 代謝異常; 連鎖不均衡; 相関解析

一塩基多型(SNP)を用いた疾患関連遺伝子探索に際しては、SNPの集団ごとの違い、物理的距離とSNP間相互の関係等に関する情報の集積を踏まえて、解析手法の改良と検証が必要である。本研究は代謝異常症候群の遺伝要因の解明を最終目標に、候補染色体・遺伝子領域について稠密なSNP解析を行い、SNP間相互の連鎖不平衡解析、SNPハプロタイプ形成、個々人のハプロタイプ決定により、疾患の遺伝素因としての遺伝子領域の同定を目的として検討をおこなった。今年度は、家系を用いた連鎖解析により代謝異常症候群に関係する種々の表現型との間に関連があることが示唆されている3q27領域について、SNPハプロタイプを用いた連鎖不平衡ブロックを検討し、この領域のマーカーSNPを用いて、糖尿病及び代謝異常症候群との関連解析ならびに種々の糖脂質代謝パラメーターとの相関解析を行った。また、ブロックごとのSNPハプロタイプを決定し、ハプロタイプと臨床型との相関解析を行った。糖尿病との関連解析では5ブロックに属する7SNPsが有意な相関を認め、このうち3SNPは、一般集団でも、空腹時インスリン値やHOMA-IR値との間に有意相関を認めた。他の2SNPは、BMI値との間に有意相関を認めた。この2SNPに関連する3SNPによりSNPハプロタイプの検討では、一般集団においてBMI値との間に有意な相関を示し、この領域が肥満に関連のあることが示唆された。さらに、leptin値とadiponectin値との有意な相関を認めるSNPもそれぞれ5SNPで認め、上記のSNPとは一致せず、別の機序での関与が示唆された。代謝異常症候群との関連解析では、5SNPで有意な相関を認め、1SNPはHOMA-IR値と間に有意な相関を認めた。以上より、3q27領域は、日本人においても、種々の代謝異常と関連することが明らかとなった。

It is necessary to improve the analysis methods for the accumulation of information related to SNP clustering, physical distance, and relationship among SNPs in the exploration of disease-related genes. The purpose of this study is to clarify the genetic causes of metabolic disorders, candidate chromosomes and genetic domains, analyze SNP density, analyze linkage disequilibrium between SNPs, SNP formation, individual genetic determination, and identify genetic causes of disorders and genetic domains. This year, the genetic linkage analysis of the relationship between the phenotype of the species and the metabolic disorder syndrome in the family, the genetic linkage analysis of the relationship between the phenotype and the species, the genetic linkage analysis of the SNP, the genetic linkage analysis of the SNP, the genetic linkage analysis of the metabolic disorder syndrome in the family, the genetic linkage analysis of the phenotype and the genetic linkage analysis of the carbohydrate and lipid metabolism in the species. The relationship between SNP and clinical type was analyzed. Association analysis of diabetes mellitus: 5. 7 SNPs: 7. 7 SNPs: 7 SNPs: 7. 7 SNPs: 7. 7 SNPs: 7 SNPs: 7. 7 SNPs: He has 2 SNPs, BMI and 2 SNPs. These 2 SNPs are associated with 3 SNPs and 3 SNPs are associated with 3 SNPs and 3 SNPs. For example, if a SNP is present, the SNP is present. If a SNP is present, the SNP is present. The analysis of the relationship between metabolic dysfunction syndrome and 5 SNPs is an intentional association, and 1SNP is an intentional association between HOMA-IR values. The above 3q27 domain is related to metabolic abnormalities in Japanese.

项目成果

Single nucleotide polymorphism g.1548G>A (E469K) in human ICAM-1 gene affects mRNA splicing pattern and TPA-induced apoptosis

人ICAM-1基因中的单核苷酸多态性g.1548G>A (E469K)影响mRNA剪接模式和TPA诱导的细胞凋亡

• 发表时间: 2004
• 期刊: Biochemical Biophysical Research Communications 317
• 作者: Kurahashi H;Taniguchi M;Meno C;Taniguchi Y;Takeda S;et al.;K.Furukawa et al.;Toyama K et al.;Mizuguchi T et al.;Iwao M et al.
• 通讯作者: Iwao M et al.

Haplotype analysis of human AMPD1 gene. Origin of common mutant allele

人类 AMPD1 基因的单倍型分析。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Journal of Medical Genetics 41
• 作者: Kurahashi H;Taniguchi M;Meno C;Taniguchi Y;Takeda S;et al.;K.Furukawa et al.;Toyama K et al.
• 通讯作者: Toyama K et al.

Heterozygous TGFBR2 mutations in Marfan syndrome

• DOI: 10.1038/ng1392
• 发表时间: 2004-08-01
• 期刊: NATURE GENETICS
• 影响因子: 30.8
• 作者: Mizuguchi, T;Collod-Beroud, G;Matsumoto, N
• 通讯作者: Matsumoto, N